这时，驻苏大使刘晓奉命来找钱三强、钱学森两位科学家，征求对党内整风的意见。谈到当时的情景，钱三强说：“学森刚从美国回国不久，对情况不够了解，就没有谈什么意见”。这时的钱三强，已经参加工作9年，入党也已经3年了。他很深沉地说：“我自认为，党对我十分信任。我既然参加了这个组织，就应该爱护这个组织。党要求我帮助党整风，又派人来征求意见，我应该讲出真心话。当时，满腔热情，没有任何顾虑。”

他向刘晓谈出了心里话。他谈到法国和苏联的科学工作的管理和领导状况，第一次对党的领导工作提出建议：法国的科学家，每年有固定的经费，研究项目，由科学家征求各方面的意见自己来制定计划，政府在一般情况下不过问，科学院的管理工作由科学家自己来管理和领导。苏联从彼得大帝时期，就吸收法国的经验；在斯大林时期，党组织在科学院也只是做思想工作和后勤工作，一切由科学家自己来管理和领导。

因此，钱三强提出建议：“中国应该吸收法国、苏联这方面的经验，改进体制，充分信任知识分子，让他们有职有权，业务和行政工作可以由科学家自己来负责，党的工作可以抓思想教育，协助科学家搞好工作。”并且还提出具体建议：“如果体制上不好马上动，可以先选拔几位有才干的科学家到领导岗位上来，参加领导工作，这会很有力地推动科学事业的发展。”

钱三强是坦率的、真诚的。他自认是一位忠诚的共产党员，是在为改进党风献计献策。可是，他提出的建议，仍然被一些领导人认为是不尊重党的领导，实质上是取消党的领导，是反党言论。

早在反右派运动前，钱三强就感到科学院里有种不太协调的气氛。二机部直属于国务院第三办公室领导。第三办公室则由一位资格很老、威望很高、时任国务院副总理的老革命领导。

1955年，二机部有一位部长，另外还有几位副部长。在领导班子中只有钱三强一个是科学家。部长是来自晋察冀的老干部，高中文化水平。他懂得搞科学研究不能离开知识分子，但是，在思想深处他则坚信知识分子是属于资产阶级的，必须脱胎换骨。他带来一位得力助手担任原子能研究所党委书记。这个年轻人也来自晋察冀。反右派运动一开始，他就表现出一副敢冲敢闯的架式。有一次党内开会，他发言很激动：“什么你公、我公的？资产阶级思想泛滥……”

钱三强讲到此处摇了摇头：当时大家都互称“钱公、李公……”表示尊重。这位助手认为这就是资产阶级风气。当时国务院第三办公室副主任宋任穷也参加了会议，这位老革命对那个年轻助理说：“你这话过火了。那不过是一个尊敬的称呼，怎么能这样认识？”

助理脸红了：“我是想改变一下空气，横扫一切污泥浊水。”

宋任穷说：“你还年轻了一点，不要过火。过火了就不那么正确了。”

虽然有宋任穷那样的老革命尊重知识分子，但是，在那种紧张的政治空气里，许多人都变了，瞪大眼睛找资产阶级。而且，时隔不久，宋任穷又被调出二机部。这股歧视知识分子的风越来越盛。

钱三强建议要增加几位科学家进二机部的领导班子，这应该说是合理的。但在当时，这就变成了外行不能领导内行的右派观点。钱三强这样的思想、这样的观点，能不引起注意吗？

领导们都知道，钱三强在法国读书时就参加了地下党活动；毕业后放弃了法国优厚的待遇，毅然回到祖国；回国以后，国民党要员诱以高官厚禄，他都不为所动。他是如此衷心拥护党，怎么可能反党呢？但是，灾难仍然罩在头顶。反右派运动中几十万知识分子被戴上右派分子帽子，接受劳动改造。钱三强的右派问题也提到了议事日程，但由于毛泽东、周恩来和聂荣臻的保护，他才侥幸没有被扣上“帽子”。