三年后，台湾当局通过了“地方制度法”，将“省县自治法”和“直辖市自治法”一并纳入，台湾地区的行政架构变成了“中央”、直辖市和县、乡三级，省级机构彻底虚化。

在这种背景下，“行政院”于1999年8月25日制定“福建省政府组织规程”并发布施行。规程确定，“省政府”为“行政院”派出机关，受“行政院”指挥监督，办理监督县、市自治等事项，其主席和副主席均由“行政院长”提请台湾地区领导人任命。

原来地位就低的“福建省政府”，此后更不受重视。

长期以来，设置“福建省政府”的政治意义大于实质意义，除负责辖区内一般行政工作外，还负责研究“光复大陆”后的所谓“福建省重建计划”、对大陆地区的心理战、闽侨联系、人才储备等事务。

根据2001年的统计，“福建省政府”控制下的岛屿总面积为182.66 km2，总人口7万1000人。

历任台置“福建省政府”负责人

胡琏（1949年11月23日–1955年2月）

戴仲玉（1955年2月–1986年6月）

吴金赞（1986年6月–1998年2月）

颜忠诚（1998年2月–2007年5月）

代理主席 杨诚玺（2007年5月21日–2007年11月28日；以“省政府”第一组组长兼任代理“省主席”）

陈景峻（2007年11月28日–2008年5月20日；以“行政院”秘书长兼任）

薛香川（2008年5月20日–2009年9月；以“行政院”秘书长兼任）