马英九触怒李登辉

但此事并未影响马英九作为国民党内政治新星的地位。1993年，连战组成“博士内阁”，因马英九时望颇佳，遂以哈佛法学博士之资，接任“法务部长”。在“部长”任上，马英九大力反贿选，所缉捕嫌疑人更以国民党人士为主，海内外皆颇注目。

结果，马英九触怒了李登辉及相关利益者，最后黯然下台，转任“政务委员”的闲职。此后，台湾治安日坏，多起严重凶杀案爆发，却未见有政务官负责。白晓燕案后，马英九辞去“政务委员”一职，称“不知为何而战”，从此挂官求去，后来在台湾政治大学任教，似乎就此离开政坛。此举使李登辉大动肝火。

2000年，国民党因李登辉挑动连战、宋楚瑜相争，使陈水扁渔人得利。选前，诺贝尔奖得主、“中央研究院”院长李远哲，呼吁各方支持陈水扁，希望民众在向上提升与向下沉沦之间作出抉择，已让各界嗅出异样。关键时刻，与李登辉关系密切的李远哲登高一呼，被视为“弃连保扁以打宋”的大旗由李远哲代替李登辉举起。

就在蓝军惨败大位易手的当晚，国民党的支持者蜂拥至“总统府”并将其包围，久久未散。时任台北市长的马英九，一方面呼吁民众散去以维护法纪，另一方面又自告奋勇，称愿面见李登辉提出陈情书。外界相信，李登辉对此极为不悦。李登辉之女李安妮在后来为绿营站台的场合中，也屡屡提及此事，称马英九半夜打扰李登辉，逼其交出党权。

8年以来，蓝营几经变化，李、连、宋、扁、马，再加上王金平、萧万长、吴伯雄等人分分合合，既无永远的敌人，也无永远的朋友。然而，自国民党失去政权、马英九“逼宫”后，李马二人，虽无恶言相向，却再无公开会面。