日本又打着“两军精诚团结维护东北利益”的招牌，不断给张作霖派去顾问，意在刺探军事情报，控制奉军，物色培养亲日军官。自1916年起，奉军中的日本顾问从未间断过，前后多至50余人。这些顾问都是日军的高级参谋，军衔从少校到少将不等。他们有的在奉军司令部张作霖周围，有的在东北各奉军的师部；有的充当教官，有的充当联络官。其归根到底的任务是什么?1924年5月，当松井七夫上校应聘赴任时，外务省的指令道出了个中秘密:你在应聘期间，应当使奉天省的军事设施效法帝国的军事设施，以便使中日军队在紧急时刻能够彼此合作；你须在关东军司令部及帝国驻奉天城、哈尔滨等地的军官之间保持联系，还要与东三省应聘军官们保持密切的接触；必须努力为本部提供关于奉天的军事、地理等情报。

不仅于此，日本顾问还曾多次指挥奉军战斗:第一次直奉战争，奉军败军集结滦州，直军随后追来，一时风鹤频惊。日本顾问本庄繁(1913年升任关东军司令长官)自告奋勇，请求代为指挥守卫滦州，结果真的阻遏了直军攻势，使奉军残部得以顺利撤出关外。

第二次直奉战争尚未打响，日本军部业已制定了援奉覆直计划，陆军相宇垣指示在奉军司令部的顾问菊池武大少将:“如果发生紧急事态，你应推动中日军队共同合作。”菊池武大据此指令，选调了十多个富有实战经验的军官，组成“日本军事顾问团”，参与奉军司令部制定作战计划，布置战守，指挥攻防。两军鏖战之际，又补给奉军急需的子弹4000万发，炮弹10万发。奉军雪中得炭，一举突破了直军阵地。

更有甚者，日本关东军还与奉军“并肩战斗”。奉军大将郭松龄与冯玉祥的国民军秘密结盟，在滦州倒戈反奉。日本政府视其为“给东北带来赤色威胁”，陆军相宇垣指示关东军以武力支持奉军。关东军司令部遂向郭军发出密告:如果战乱有危及铁路附近属地及邻近地区日本权益时，日军不能漠视。

郭军来势凶猛，直逼奉天，关东军开始武力援奉，第十师团开进奉天，并向郭军送去了所谓“禁令”:不准渡辽河作战，不准进入南满路沿线30公里处。紧接着，第十二师团的一个混成旅和炮兵部开赴奉天并布防，关东军司令部也迁进了奉天城。

一时被郭军打懵了头的张作霖，靠着关东军的支持缓过气，从吉、黑两省调来5万生力军交给日本军事顾问团指挥，向郭军反扑。关东军的重炮部队也参加了战斗，猛轰郭军，造成郭军重大伤亡。

奉军由盛转衰被逐出关；不顺从日本人张作霖毙命皇姑屯

奉军的势力伸展到长江流域，特别是取得江苏和上海的地盘后，激化了与直系军阀孙传芳的矛盾，孙传芳联络直系残部及冯玉祥等共同反奉。

1925年10月25日，孙传芳自封为浙闽苏皖赣五省联军总司令，不宣而战，攻打在江苏和安徽的奉军。当地的直系军阀纷纷发兵响应，奉系的安徽督办姜登选、江苏督办杨宇霆不敌直军，率部北撤徐州一线。冯玉祥的国民军与孙传芳相呼应，奉军陷入了两线作战的不利形势。张作霖决定放弃南方，固守北方，由段祺瑞出面调停。他放弃了徐州，又从关外调来大批援兵，部署在京津地区，以对付冯玉祥的国民军。

如前所述，冯玉祥利用奉军内部矛盾，策动奉军第十军军长郭松龄“内部开花”。11月30日，郭松龄通电所部5万余人为东北国民军，敦促张作霖下野。12月5日，郭军占领锦州后，向奉天进兵。

郭军属奉军中的精锐，连续攻下了连山、新民等地。至12月中旬，日本关东军公开出面干涉，布兵奉天，遏制郭军攻势。陷于绝望的张作霖得以起死回生，从黑龙江、吉林调来军队反攻，激战数日，双方均有很大伤亡。到了12月下旬，孤军作战的郭军在奉军与关东军的联合进攻下，终于不支兵败，郭松龄也被俘身亡。

这一仗，第十军伤亡过半，残部有的被冯玉祥收容，有的被张学良招归。

冯玉祥利用奉军与郭军交战的机会，向盘踞天津的李景林部进攻，夺取了直隶。张作霖再组“统一战线”，于1926年初夏与吴佩孚联合对付国民军，山西晋系军阀阎锡山也加入了直奉联军。国民军在三方联合攻势下节节败退，最终撒往西北，在反对倾向革命的冯玉祥的共同目标下，张作霖与吴佩孚建立了北京政府摄政内阁。

1926年7月9日，广州国民政府的国民革命军出师北伐，采取各个击破的战略，先打吴佩孚，再打孙传芳，最后打张作霖。冯玉祥的国民军等一些军阀，均纷纷加入了北伐军行列。