罗顺钦在政治上反对权门横征暴敛，体恤民情，在思想上对理学的理气关系说进行了批评和修正，还批评了心学及禅学无限夸大精神作用的一些观点。罗钦顺思想的要旨是理气问题，他对理学的批评也由此问题引申而出。理气问题是宋明理学中的重要问题，朱熹是程朱派理气论的集大成者。罗钦顺论理气，与朱熹的一个根本不同，是把着眼点放在“气”上，以“气”为本，由此表现出与朱熹理气论的根本对立。此外，在理与太极、道与器、人性论等问题上，都对程朱理学进行了批判，但他自己也没有提出更进一步的观点来。罗钦顺还批评了陆王心学及其重要思想来源的佛教禅宗，反对王学把万物的变化归结为“吾心”的变化，认为良知并不是天理，山河大地、草木金石是没有良知的。他觉得陆王心学实为禅学，“象山阳明避其名，而阴用其实也。”（《困知记》卷下）他不能理解禅宗的顿悟学说也加以抨击。这些都反映了罗顺钦反思想专制的意识，以及由于遗失了儒家之道而未能从正面把握儒家基本思想的偏向和局限。

王廷相是一个有远见卓识的政治家、思想家，他敢于正视社会现实，抨击宦官专权，主张改革弊政。他认为社会问题的根源在于吏治不清，贪贿盛行。为批评社会政治，他一生屡遭罢斥，仍无所顾忌。在思想上，他注重实际，反对空谈。他针对当时的学风，提出尖锐的批评，既针对程朱，也针对陆王，“崇朱者以讲论为真诠，守陆者以阐定为要轨，终身畔于圣人之学而不自知，由之各相沿习，误天下后学。”（《雅述》）由此学风而导致学者好高迂腐，不知治理国家、拯救民生之道，对社会毫无用处。他批评朱熹“理于气先”的说法，为学主“思”、“见闻”和“接习”（实行）并重，反对王阳明的“致良知”学说。王廷相把学术研究的目的归结为“兴道致治”，这同他在文学创作问题上主张“文以载道”是一致的。这样的观点虽没有超出儒家治国平天下的传统思想，但在良知天理之说甚嚣尘上的社会环境中，含有重视研究实际的意义，也是明末清初经学致用之学的开端。

明末吕坤在政治上曾上疏陈天下安危，抨击明政府的专制政策，表现了“以理抗势”和“法高于势”的精神，因此遭受打击，不得已称病辞职，隐居乡间二十余年，埋头著书立说20余年，形成了自己的思想体系。他把先秦思孟学派“道高于势”的思想发展为“理尊于势”，认为天子虽然掌握着天下最高的权势，但也应该有所畏惧。权势尽管高贵，但与“理”比较起来，“势之尊，惟理能屈之”。他说:

故天地间惟理与势为最尊。虽然，理又尊之尊者也。庙堂之上言理，则天子不得以势相夺。即夺焉，而理则常伸于天下万世。故势者，帝王之权；理者，圣人之权也。帝王无圣人之理，则其权有时而屈。然而理也者，又势之所恃以为存亡者也。以莫大之权，无僭窃之禁，此儒者之所不辞，而敢于任斯道之南面也。（《呻吟语》卷四《谈道》）

这是吕坤对“以理抗势”精神较为透彻和完备的表述。这里的“理”与宋明理学的“天理”不同，相当于我们常说的道理，它既是政治理性原则，又是天下人心的公意。“势”指君主所掌握的政治权势。他认为，在现实的政治生活当中，理与势之间常常会产生矛盾和冲突。作为儒者，在这样的冲突中只能“以理抗势”，即用理来限制皇权君势的过度集权专制。

吕坤继承儒家的民本思想，认为“天”立“君”的目的是让“君”为“民”服务的，民意是天意的体现，所以君主当以爱民来体现对天意的负责。对于民本君末的关系，吕坤用墙基与墙身、树木与树身等进行比喻，说明民心、民意决不可忽视，它决定着君主的安危，左右着国运的兴衰。“知君身之安危，社稷之存亡，百姓操其权故耳。”（《去伪斋文集》卷一《拟上嘉礼成贺表》）这就有了人民是政治主体的意思。

在学术思想上，吕坤虽然学宗程朱，但他对成为当时思想专制的理学又有许多尖锐、深刻的批评。他立足于气本论，论述“理气”和“道器”的关系，反对理学家以理为天地之本的观点。他公开宣布他的思想不属于道学（即理学），也不属于佛、道二氏，而是“我只是我”。他认为儒（理学）道佛三教都不过是一种“边见”（偏见），自己以“一中”名学，凭着他所尊视的理性，超越于三教之上。针对现实，吕坤尖锐批评当时那些空谈天道性命的道学先生，以“伪”、“腐”二字加以痛斥。“伪”是说他们言行不一，“腐”是说他们空言无用。他深深厌恶“开口便讲学派，便说本体”的道学玄谈，把它斥之为“痴人说梦”，对“国家之存亡，万姓之生死，身心之邪正”毫无用处。对明代盛行的王学，吕坤也十分不满，认为王学最大的弊端是空疏，而对王学的思想核心——知行合一和致良知的批评最尖锐、深刻。不过，吕坤有走向另一极端的倾向，把注重事功，讲求有用作为真正的学术道脉，反复宣传其学说是“真实有用之学”，这就又走入功利主义、实用主义之途。

东林党人是明中期以后直接在政治上反对专制政治的群体英雄，也是在思想上力纠空谈心性的虚浮学风的重要学派。明朝自万历以后，国家政权逐渐落入宦官之手，他们把持朝政，专权乱政，在政治上乃至经济上实行残酷的独裁统治，整个社会法纪废弛，民不聊生，内忧外患，与日俱增。面对着朝政腐败、国危民艰的社会危机，以顾宪成、高攀龙为代表的东林名士及其他朝野人士，奋起抨击阉党和权贵们的专权乱政，立志革新朝政、济世救民。“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心”，这些东林名士聚众讲学，讽议朝政，不畏邪恶，不屈强暴，以天下为己任，思考救国理民之道。当时还有邹元标、赵南星、冯从吾、周起元、魏大中等在朝正直官员也与东林名士遥相呼应，评议时政，反对阉党。朝野正直士大夫们的忧国忧民的学术政治活动，遭到了阉党权贵们的疯狂镇压。在思想上，他们抨击王学末流的空疏流弊，提倡讲习结合，相互印证的治学观点，以求通过读书、讲学、议政的务实之学，以传统儒家学者关系现实社会人生的忧患意识和救世精神，主张社会变革，解救社会危机，开启了中国儒学中早期启蒙思潮的先声。

明清之际，中国社会正处于“天崩地裂”的历史时期，各种社会矛盾错综复杂，儒家学者置身于激烈的社会变革中，或者走上起兵抗清之路，或者坚守气节，隐居不仕，潜心反思社会巨变，总结明亡教训。他们中如黄宗羲、顾炎武、王夫之、孙奇峰、傅山、朱之瑜、吕留良、陈确、唐甄、颜元等，成为早期启蒙思潮的代表人物。清初早期启蒙思想家对对封建君主专制制度和程朱理学的批判形式是多元化的，内容上各有侧重，其基本思路是通过复兴儒学经世致用的优良传统以救治世道人心。

黄宗羲在明曾经作为“复社”成员进行反宦官权贵的斗争，清兵入关后又招募义军进行抵抗，晚年开始集中精力从事著述。在反思明亡的历史教训过程中，他深刻地认识到了封建君主专制的社会弊端，猛烈地展开了批判，并提出了改革社会的理想方案。他尖锐地指出:君主是“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐”的人物，是“天下之大害”。“今也天下之人怨恶其君，视之如寇仇，名之为独夫。”（《明夷待访录．原君》）他又进一步指出君主专制下的官吏，都是君主的爪牙和帮凶，他们的所思所忧，只是如何压迫剥削人民，维护君主的专制统治。由于他们把视天下和人民为君主的私物，因此只要君主的统治能够得以巩固，便无视“四方之劳扰，民生之憔悴”（《明夷待访录．原臣》），只求自身能够持禄保宠，那管民众的疾苦。即使他们讲求治民牧民之术，也只在免君之危，而不是为了康济时艰。他还批判了封建专制社会的法律制度，指出封建社会的法律，实质上是君主的一家之法，而不是天下的公法。这种一家之法是维护专政君主一家一姓的利益的法，是“非法之法”，这样的“法欲密，而天下之乱即生于法之中。” （《明夷待访录．原法》）在批判否定了封建君主制度之后，他还提出了社会改革方案。他提出“天下为主，君为客”的政治原则，认为国家的政治主体原本是天下百姓，君主的政治活动目的只在于维护天下百姓的利益。在这个政治原则之下，君主应该“明乎为君之职分”，应当“以天下万民为事”（《明夷待访录．原君》），这样才能得到民众的爱戴，天下才能得到平治。他还指出:臣只是君的政治工作中的助手和同事，不是君的奴隶。他有一个很有趣的比喻，说:治天下好像拉一根大木头，要许多人前哼后哈在一起拉；君和臣的关系就是共同在一起拉木头的人的关系。因此在具体措施上，他要求宰相要有权，要与“天子同议可否”。皇帝一人批不完公事，宰相可以做主批行。他希望宰相能永远是有职有权的贤人，皇帝不过是崇高的虚位，则政治就不会不“修明”了。他又主张学校清议，把学校作为“公其是非”的机关，用士大夫的舆论来监督和鞭策政府。很显然，这一套想法颇有走向资本主义“责任内阁”和“议会制”的趋势。在封建社会走向解体的当时，这种资本主义民主思想的萌芽是有其进步意义的。但当时资本主义萌芽还很微弱，黄宗羲的思想还没有足够的物质基础。加以封建历史的局限性，如他想平均土地，就不由不想到井田；想以民意监督政治，又不由不想到东汉的太学清议。从这些古老的制度出发，就不可能不带有历史的缺陷。故黄宗羲的思想只能是政治的乌托邦。