程颐在旧党复起时受司马光、吕公举荐，除作为秘书省校书郎外，哲宗还授崇政殿说书。程颐有比其兄更为高扬的儒家师儒气质，据载他在给小皇帝（哲宗）讲书时态度是非常严肃，甚至严厉的。有一次正当春日，在讲课休息期间，年幼的哲宗起来活动活动身子，顺便走到院子折了根柳枝玩耍，程颐看见了马上谏曰:“今万物生荣，不可无故催抑。”如此小事，贯彻了儒家泛爱万物的思想，程颐也要与皇帝较真，弄得小皇帝不高兴，把柳枝一扔，回到书房。（《寓简》卷五）程颐还从思想上和理论上否定王安石新学的意义。如元佑元年他在《上太皇太后书》中说:

臣以为今日至大至急，为宗社生灵久长之计，惟是辅养上德而已。历观前古，辅养幼主之道，莫备于周公。周公之为，万事之法也。臣愿陛下扩高世之见，以圣人之言为可必信，先王之道为可必行，勿狃滞于近规，勿迁惑于众口。（《二程文集》卷六）

程颐借周公之名，要朝廷实行古法，不要受亲近众口的影响，这显然是针对王安石新学而说的。

除了与王安石，以二程为代表的所谓洛党与三叔父子为代表的川党（蜀党）以及以刘挚、梁焘等为代表的朔党也有着不同程度的冲突，并最终导致了“元佑党禁”，理学遭受到创始以来第一次政治厄运，洛学的传授被视为非法，程颐个人的身体和精神也遭受了不同程度的打压。宋徽宗曾下诏:“追毁程颐出身文字，其所著书，令监司觉察。”（《宋史·徽宗纪》）程颐被迫迁居龙门之南，遣散弟子。政府不许民间教授传习所谓“元佑学术政事”。一些趋炎附势的干禄小人，迎合宋徽宗、蔡京集团的意图还不断地上书要求斩草除根，禁绝洛学的流播。从此以后，洛学凋零20多年。

宋徽宗与蔡京打着王安石新学的旗号进行的一系列倒行逆施，最后断送了北宋王朝。这又成为南宋君臣以理学攻击王安石新学的口实，这样就在建炎、绍兴年间出现了对新学的批判运动，也同时就是理学的复振的开始。到了乾道、淳熙年间，理学的传播迎来了黄金时期。在相对宽容的文化政策下，理学获得了新的发展，一时名家辈出，朱熹、张栻、吕祖谦等影响较大，时称“东南三贤”。其中对理学思想进行集大成的是朱熹，他创立了理学中的闽学学派。理学在民间的影响越来越大，自然引起朝廷的注意，自孝宗即位后，朱熹就多次被引荐入朝为官，而几乎每一次他都坚辞不就，政治声誉日隆。淳熙七年（1180），大旱，朝廷下诏求直言，朱熹应对道:

天下之务莫大于恤民，而恤民之本，在人君正心术以立纪纲。盖天下之纪纲不能以自立，必人主之心术公平正大，无偏党反侧之私，然后有所系而立。君心不能以自正，必亲贤臣，远小人，讲明义理之归，闭塞私邪之路，然后乃可得而正。

今宰相、台省、师傅、宾友、谏诤之臣皆失其职，而陛下所与亲密谋议者，不过一二近习之臣，上以蛊惑陛下之心志，使陛下不信先王之大道，而说于功利之卑说，不乐庄士之谠言，而安于私瞽之鄙态。下则招集天下士大夫之嗜利无耻者，文武汇分，各入其门。所喜则阴为引援，擢置清显，所恶则密行訾毁，公肆挤排，交通货赂，所盗者皆陛下之财。命卿置将，所窃者皆陛下之柄。陛下所谓宰相、师傅、宾友、谏诤之臣，或反出入其门墙，承望其风旨；其幸能自立者，亦不过龊龊自守，而未尝敢一言以斥之；其甚畏公论者，乃能略警逐其徒党之一二，既不能深有所伤，而终亦不敢正言以捣其囊槖窟穴之所在。势成威立，中外靡然向之，使陛下之号令黜陟不复出于朝廷，而出于一二人之门，名为陛下独断，而实此一二人者阴执其柄。

且云:“莫大之祸，必至之忧，近在朝夕，而陛下独未之知。”（《宋史·朱熹传》）

朱熹此奏，试图以“讲明义理”“闭塞私邪”求皇帝心术公平正大以立纲纪等理学思想打动孝宗，同时也毫不留情地批评孝宗“近习之臣”，“悦于功利之卑说”，结果惹得龙颜大怒，如果不是有得力的人为之解说，朱熹难免于罪。这下也使得孝宗对理学有了偏见，后来对各种理学学说和理学家再没有什么兴趣。不仅如此，在孝宗后期，由于朱熹等的参与政事，与皇帝信任的一些官员发生了冲突，但他仍然不屈不扰，既是归隐武夷山，还给朝廷传话，表达自己对朝廷任用的官吏的批评意见，这必然引起这些当权者的憎恨，于是，弹奏朱熹的状子不断飞向朝廷，如淳熙十年六月（1183）吏部尚书郑丙上奏云:“近世士大夫有所谓‘道学’者，欺世盗名，不宜信用。”这里指的就是朱熹。监察御史陈贾也奏道:“道学士徒，假名以济其伪，乞摈斥勿用。”（《宋史·陈自强传》）淳熙十五年（1188），宰相周必大推荐朱熹为江西提刑时，有人规劝朱熹:“正心诚意之论上所厌闻，戒勿以为言。”而朱熹则说:“吾平生所学，惟此四字，岂可隐默以欺吾君乎？”于是，他又在朝廷面对孝宗毫不顾忌地批评朝政得失，指责不正的官员，这不得不引起孝宗进一步的厌恶和反理学官僚的忌恨。

宁宗时理学又有了新的发展机遇，因为当朝宗室大臣赵汝愚与宁宗都是朱熹理学的信徒，朱熹应诏入朝，满怀匡正君心的抱负，准备要以儒家大道造就一个诚厚俭约的君主，以符合天意人心。他的新职位是焕章阁待制兼伺讲，为皇帝经筵讲书。因此，他以“帝王师”的姿态，开始以理学影响朝政。可是，朱熹未免高兴得太早了。他很快就发现，当他一接触到“朝廷纲纪”这样的实质性问题时，宁宗与其身边的人就不能容忍。特别是赵汝愚与韩侂胄之间的权力斗争不断地白热化，他是站在赵汝愚一边的，在上书中屡屡有指责韩侂胄的地方，必然引起韩的忌恨。赵汝愚垮台后，韩侂胄利用取得达到政治权力，为消泯理学在朝野的政治地位和社会影响积极支持自己的亲信以及对理学不满的臣僚对朱熹大肆进行政治报复，于是就酿成两宋史上第二次政治文化大清剿——这就是“庆元学禁”。

长期以来，学术界已经形成了一种定见，认为宋明理学是封建社会后期的统治思想，从十一世纪到十七世纪历时七百年之久，比历史上的经学、玄学、佛学统治的时间都长。其影响至今仍然存在，近现代各色反动派曾先后予以利用。⑿事实上，宋明理学之被作为统治思想是后来的事情，理学从元代创立完成了儒、佛、道三教合一的综合思想体系，经过元代统治者的提倡，明代统治者的钦定，才开始成为占统治地位的官方意识形态，通过科举和教育制度向社会的各个方面渗透。清代统治者沿袭明制，其试士内容，力学依然占相当大的比例。这说明理学的正统地位和历史作用，是被统治者捧起来的，是被统治者利用的，是统治者出于政治统治的需要和儒学末流学者的推波助澜所使然的，并非理学家个人之图、之误、之罪。他们个人创立学派、传播知识、教育后学的初衷并没有使自己成为“官学”，使理学意识形态化乃至成为专制思想是他们身后之事，故他们是无过的。就他们个人而言，在世时虽有思想、有知识，却没有成为显贵、高官，也没有获取厚禄，享受优越的待遇。相反，他们许多人都是人生艰难，仕途坎坷，遭受各种迫害和打击，支撑他们的往往就是儒家的理想和人格，是他们对社会的责任感，对历史的担当意识，对老百姓的同情仁爱。

当然，我们今天也应该认识到，理学在明代以后被作为统治思想以后，就开始走向了它的反面。一方面在理学内部，在明初朱学统治地位确立以后不久就越来越僵化、空疏，至陈献章开始转入由南宋陆九渊开创的心学之路，到王阳明集大成；另一方面在理学外部，从明末清初开始，又不断地遇到来自不同思想派别的新一代思想家的批判，反理学的思潮越来越高涨。