当然更令清廷憎恶恐惧的就是吕留良通过孔子和朱熹来阐发的民族主义观点。

“晚村身为亡国遗民，于此虽然耿耿，若骨之鲠之在喉，不吐不快，而终有所顾忌不敢一吐以为快者。故于论‘微管仲’一节独表其意曰‘春秋大义，尤有大于君臣之伦’者。此即夷夏也。盖夷夏之防，定于节义，而摇于功名。任惟功名之是见，则夷夏之防终隳。……晚村所以深斥姚江而敬推朱子者，其意亦在是也。”

“夫至于天下之自命豪杰者，皆靡所不为之光棍，则更何论于君臣之义，更何论于夷夏之防！以若是之人心，讲若是之学术，而宛转践踏于异族股蹄之下，亦惟有不惜摇尾乞怜，永沦地狱而已，复何兴复振起之望耶！其时社会已有宋儒之诮，而晚村独深喜宋人”

“晚村（即吕留良）之阐朱学，其意在发挥民族精神以不屈膝仕外姓为主，实非康雍以下清儒之仰窥朝廷意旨，以尊朱阐王为梯荣捷径者所获梦想于万一也。”

真诚信奉程朱理学者受到杀戮迫害，而那些把程朱理学歪曲成为替满清服务工具的奴才却受到满清统治者的竭力褒扬。

钱穆把吕留良的境遇与陆稼书的境遇作了一个对比:

“晚村尝与陆稼书交游，论学甚洽。其后稼书议论，颇多蹈袭晚村。而晚村所以尊朱，实别有其宗旨，与稼书绝不同。……然则晚村之在阐朱学，其意在发挥民族精神，以不屈仕外姓为主。实非康雍以下清儒之仰窥朝廷意旨，以尊朱辟王为梯荣捷径者所梦想于万一也”

“稼书身后，清廷褒崇有加，从祀孔庙，俨然一代儒宗，而晚村合门骈诛，戮及尸骨，今《三鱼堂集》涉及晚村语，皆删削不敢存一字。实则稼书尊朱抑王言论，多袭晚村。惟晚村宗旨在戒人为许衡、吴澄，稼书则不免教人为许衡、吴澄耳。然则处异族淫威之下，国已亡、政亦失，耳言学术思想，其事不可悲之甚耶！”

满清对程朱理学表面尊崇，实则阉割架空，也可以从当时朝鲜人的记载中窥见一二。葛兆光在其长文《从“朝天”到“燕行”—17世纪中叶后东亚文化共同体的解体》的“朝鲜人眼中的清代学术”一节中说

朝鲜人觉得，“清朝的读书人好像对孔子之学，特别是正宗的宋明理学并不那么在行，对儒家学者的著作也不那么尊重。康熙五十一年(1712)，闵镇远在途中看见乡塾，就问学童说，你们读书，以什么书为先。学童回答是《三字经》。接着问，你们教朱熹的《小学》么？回答是‘即今皇帝以为，《小学》中语皆经史之说，既读经史，则不可又读此书，禁天下不得学习矣’。这使得极端尊朱的朝鲜人闵镇远相当不以为然，觉得真是‘可怪’。那个时候，这种诧异和蔑视似乎很普遍，一个叫做韩元震(1682一1751)的朝鲜人，就始终对清人十分鄙夷，他对清儒只推崇吕留良，……从学术的正宗来看，他觉得，完全可以把朝鲜看成是‘中华’，而把清帝国视为‘蛮夷’。”

“这些还剩下表面的理学也已经腐朽，他们对于自我标榜理学的人有名无实，很不以为然，讽刺地说当时清国的理学家，‘先骂二氏，自以为理学者，此习不知创自何典，夫理学贵于躬行实践，若虚诋二氏即为理学，则卑贱矣’。这种‘理学’，在朝鲜的文人看来，不仅不是士人修身养德的学问，不仅来历并不纯粹，而且还是官方设下的学术和思想圈套”

“当他们发现清国的文人讨论《春秋》居然不遵朱熹的说法，‘终不提论华夷内外’时，就故意挑出来质问说，‘文固可佳，而但孔圣之所以作《春秋》，专为上下之分，内外之别而作也，今无此等语，可谓失旨矣’”。

“在这些维护朱子之学立场坚定，而且对于真理在握相当自信和自尊的朝鲜使者面前，一些立场不那么坚定的清人，多少有些愧歉与尴尬，像严诚(1732一？)就向洪大容坦率地承认，‘近时经学荒芜’；潘庭筠(1742一？)也在洪大容的追问下，一面承认‘此时读书，不过记诵而已’，一面打个圆场，讪讪辩护说，‘然天下尽有潜心圣贤之学者，非俗儒之概例也’”。

“正如乾隆四十三年(1778)、五十五年(1790)、嘉庆六年(1801三次出使清帝国，与纪昀、李鼎元等学者都有交往的柳得恭看到的，‘迩来风气趋《尔雅》、《说文》一派……南方诸子所究心者六书，所尊慕者郑康成’。当时在北京的书肆里，竟然连《语类》等朱子学的书也没有，纪昀托人为朝鲜人购这些书，还要到南方去订购，‘受托之人又以为不急之物，可以缓求，故悠忽至今’”。