步平强调，关于焦点之一的“南京大屠杀”，承认这一事实是开展讨论的前提。他说：“只要承认大屠杀的事实就可以”，至于牺牲者人数的问题，不会成为共同研究的很大障碍。

中日两国有关历史共同研究的首次会议，2006年12月27日在北京结束了。日本《读卖新闻》报道，双方在“历史问题不应该成为政治的包袱而妨碍中日合作关系”等认识上达成一致，并商定下次会议于2007年3月在日本召开。

日方代表团主席、东京大学教授北冈伸一在记者会上表示，“首次会议整体气氛非常认真、率直、友好，是个很好的开端。”

据北冈介绍，首次会议讨论了今后研究的开展方法和课题的设定。关于中日双方认识差距较明显的近代史研究，今后将先从两国的研究现状开始讨论。决定把近现代史分成“近代的开始到昭和初期”、“满州事变到战争结束”、“战后”三个时期分别进行研究。

关于具体的课题设定，今后将在分科会上商议。各分科会根据需要可邀请各领域的专家协助研究。第三、四次全体会议分别于2007年12月和2008年6月召开，目标是在2008年拿出研究成果。

《产经新闻》指出，关于“南京大屠杀”和“随军慰安妇”问题，中日两国间的历史认识差距很大。中国想改善中日关系，避免在共同研究中形成意见的激烈对立，给两国关系造成不良影响。为此，2006年12月26日的《中国青年报》发表署名文章，呼吁媒体和舆论要冷静对待。

《产经新闻》报道，2006年2月，中共中央对外联络部部长王家瑞，在与来访的日本自民党政调会长(现任干事长)中川秀直会谈时，曾提议“为了加深相互理解，应该共同研究历史”。中川表示赞成，事情就这样定了下来。中方建议把历史问题同政治分离开来，交给学术界讨论，以改变历史问题阻碍双方关系改善的状态。