部长级会议是亚太经合组织决策机制中的一个重要组成部分，在每年领导人非正式会议前举行。会议的主要任务包括:为领导人非正式会议召开进行必要的前期准备；贯彻执行领导人会议通过的各项指示，讨论区域内的重要经济问题，决定亚太经合组织的合作方向和内容。部长级会议实际是“双部长”会，即由各成员的外交部长（中国香港和中国台北除外）以及外贸部长或经济部长、商业部长等（中国香港和中国台北派代表）出席。首次会议于1989年在堪培拉召开。

高官会议是亚太经合组织的协调机构，始于1989年，通常由当年举办领导人非正式会议的东道主主办，每年举行3至4次会议，主要负责执行领导人和部长级会议的决定，审议各工作组和秘书处的活动，筹备部长级会议、领导人非正式会议及其后续行动等事宜。高官会议下设4个委员会和11个专业工作小组。4个委员会是贸易和投资委员会、经济委员会、高官会经济技术合作分委员会和预算管理委员会。11个专业工作小组分别为产业科技、人力资源开发、能源、海洋资源保护、电信、交通、旅游、渔业、贸易促进、农业技术合作和中小企业。

秘书处于1992年9月在新加坡设立，为APEC各层次的活动提供支持与服务。秘书处最高职务为执行主任，任期一年，由每年亚太经合组织会议东道主指派。副执行主任由下届APEC会议东道主指派，一年之后成为执行主任。

工商咨询理事会是亚太经合组织的常设机构，1995年11月在日本大阪正式成立，其前身是1993年成立的太平洋工商论坛。它的主要任务是对亚太经合组织贸易投资自由化、经济技术合作以及创造有利

的工商环境提出设想和建议，并向领导人和部长级会议提交咨询报告。理事会的主要任务是鼓励工商界人士参与亚太经合组织合作进程。每个亚太经合组织的成员派3名具有代表性的工商界人士参加理事会。工商咨询理事会秘书处暂设在菲律宾马尼拉，经费由各成员缴纳。理事会主席采取轮换制的原则，即由当年亚太经合组织领导人非正式会议的东道主担任工商咨询理事会主席。工商咨询理事会每年召开3－4次例会，并在每年亚太经合组织领导人非正式会议期间，与各成员领导人举行一次对话会。

中小企业部长会议的目的正是为了找出影响亚太经合组织中小企业发展的领域，协调政策措施并讨论如何在这些方面加强合作，推动各成员中小企业的共同发展。中小企业在亚太经合组织经济体中占有重要地位。该地区95％的企业为中小企业，雇用了80％的劳动力，占国民生产总值的30％－60％和整个出口的35％。但由于规模和实力原因，中小企业在发展中遇到了特有的困难。

妇女领导人会议由亚太地区经济体中商业、政府、学术界和民间、社会等方面的妇女领导人组成，是亚太经合组织框架内形成的妇女论坛，它不设领导机构和常设机构。其目的主要是为亚太地区妇女设立一个进行交流的论坛。它提供、传播、推动并应用与性别相关的知识和信息，重点为中、小企业的女企业家开展经贸合作提供机会，并向亚太经合组织提出意见和建议。2000年文莱会议决定成立了由7人组成的妇女领导人会议协调组，负责承担宣传联络、监督、咨询等工作。妇女领导人会议每年举行一次，由当年亚太经合组织会议东道国主办，会议议题一般与政府会议主题密切相连。