1949年2月25日凌晨1时，“士兵解放委员会”拘禁了包括邓兆祥在内的所有在舰军官。邓兆祥原有起义思想基础，但不知下层士兵已在酝酿哗变，当他得知这是在中共南京市委、上海地下党领导下进行时，毅然参加起义，下令开航，使军舰顺利驶向解放区。
1949年3月，中共南京市委委员朱启銮和情报系统干部白沙化装成商人，冒着生命危险过江到达合肥人民解放军前委司令部，送去国民党京沪杭警备总司令汤恩伯的《京沪、京杭沿线军事布置图》、《长江北岩桥头堡封港情况》、《江宁要塞弹药数量表》等重要敌情资料，为配合解放军解放南京作出了贡献。
1949年4月21日，毛泽东、朱德向解放军发布了“向全国进军”的命令。第二天下午，一向主张进行“京沪杭大决战”的国民党京沪杭警备总司令汤恩伯做出了弃守南京的决定；不过他同时又命令撤离前务必炸掉港口、火车站、机场和重要仓库。4月22日，敌工兵营长带领爆破小组炸毁了下关火车站部分设施之后，又去破坏老江口火车轮渡栈桥。这个栈桥是南北交通的咽喉，栈桥工人竭力阻止，但手中没有武器，情况危急。这时，在老江口水上警察局岗楼上守望的地下党员潘逸舟一面喊话示警，一面用机枪扫射，阻止敌人破坏。分工负责保护栈桥的中共党支部委员林大宗立即带领起义警察奔向栈桥援助，敌人狼狈逃窜。从3月国民党宣布“封江”之后，长江上的大小船只便统统被赶进了内河，解放军在江北根本找不到任何船只。百万大军，被滔滔江水阻隔，关键时刻南京市委显露身手。4月23日夜晚，下关电厂、下关机务段轮渡所工人驾驶着“京电号”、“凌平号”过江到达浦口；24日中午，被策反的水上警察局二号巡艇也开到浦口；紧接着，南京市委又组织民船和停泊在下关沿江一带的公、私营轮船公司的大小机动船只一齐出动(老江口的火车轮渡，一次能装载一个团的部队、战车)。
24日凌晨到中午，经过轮渡往返不停地运输，停留在浦口一带的解放军三十五军全军人马顺利过江。经过激烈战斗，悬挂在总统府上的青天白日旗被扯下来了。这天下午，设立在励志社的解放军第八兵团第三十五军军部门前，一辆吉普车嘎然而止。为首的一位中年妇女告诉哨兵，她需要去见三十五军何克希政委。
哨兵犹疑满腹，他不知道这位穿着旗袍的老百姓凭什么资格要见军首长。可是，当他把中年妇女通报的姓名转报值班室后，何克希却立即跑了出来：“陈修良同志，我正在到处找你！我正在到处找你！好啊，我们胜利会师了！”
会谈结束后，将军又立即派两个警卫员护送陈修良到寓所搬取行李。当军用吉普停在一间普通的民居前时，人们怎么也想不到穿着朴素、一天到晚外出“打麻将”的张太太，竟然是共产党的南京市委书记!
4月27日，刘伯承、邓小平进驻南京，中共中央决定重组南京市委：刘伯承为书记、宋任穷为副书记，陈修良任组织部长、张际春任宣传部长、陈同生任统战部长、陈士渠任卫戍总司令。不过陈修良没在这个岗位上干多久，1950年她被调往上海，从此就离开了南京。
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