自从担任毛岸英的老师之后，田家英和毛泽东的交往也就多了起来。那时由于正处于革命胜利的前夜，毛泽东的工作变得异常繁忙，秘书工作加重了，需要增加新秘书，这时在陈伯达、胡乔木的推荐下，田家英开始担任起了毛泽东的秘书。

田家英为人忠厚老实、细致干练，深得毛泽东的信赖、倚重，毛泽东的存折、稿费、印章都交给他，这充分显示了毛泽东对他的信任。

作为毛泽东的日常秘书，田家英把主要的精力与才华都用于协助毛泽东的工作。他事无巨细，凡是毛泽东需要他做的他都尽力做好，从起草文件、下乡调查、处理信访直至保管存折，可以称得上是大管家。他对毛泽东极为敬重，在毛泽东身边工作的他更是深受毛泽东的熏陶与感染，田家英和毛泽东有着共同的兴趣、爱好，这使他们成为了忘年之交。

毛泽东与田家英的诗交较深，他除了欣赏田家英的文采之外还看中他的古文诗词的扎实功底，田家英有看书过目不忘的本领，他能背诵许多像贾谊《过秦论》这样长篇的文章，对他来说，背诵古诗更是他茶余饭后的一个消遣。毛泽东有深夜工作的习惯，为此，田家英也保持着与毛泽东同步工作的习惯。1961年11月16日清晨，忙碌一夜的田家英刚刚宽衣解带，就连续接到机要员送来的毛泽东三封内容相同的信，都是让他查找“雪满山中高士卧，月明林下美人来”这两句诗的出处，田家英知道毛泽东将有新作问世，凭着他对古诗词的深厚功底，没费多大功夫就找到了诗的出处，那是明代高启的《梅花》九诗之一，是婉约派的诗词。毛泽东自己的诗风豪迈雄健，但是他对抒情味浓、艺术性高的婉约派诗词也不排斥，在这些诗的触发下，毛泽东直抒自己的宽广胸怀，写出了很多好诗，其中不乏千古绝唱的革命之诗。

但是由于毛泽东晚年过分强调阶级斗争，在思想上，田家英和毛泽东产生了分歧。田家英向来敬重毛泽东，把他视为导师、父辈，正是因为他对毛泽东的爱之切，才对一些倾向忧心如焚，正是由于他不会“见机而作”，使他成为江青和陈伯达的眼中钉，进而他被安上了“篡改毛主席著作”的罪名。

那是1965年的寒冬，毛泽东再次来到杭州。该年12月他在杭州召集五位“秀才”：陈伯达、田家英、胡绳、艾思奇、关锋召开会议，要他们每人为一本马列经典著作写序，由于那天毛泽东的情绪非常好，便海阔天空地聊了起来，所聊的内容大大超过了写序的范围。毛泽东谈着谈着忽然又转移了话题，针对1965年11月的《文汇报》所载姚文元的《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》和12月8日的《红旗》杂志所载戚本禹的文章《为革命而研究历史》，毛泽东说了一段评论式的话，在他谈话刚一结束，陈伯达就把这事告诉了江青，于是原本只作为毛泽东随口而说的话却要整理出谈话纪要，于是这一任务便落在了田家英的身上。田家英看过纪要后，删去了毛泽东关于姚文元和戚本禹的那段评论式的话，此时的田家英完全是出于正气、正义而删的，不料他的这一举动却触怒了江青一伙，于是他们给田家英安了一个在当时足以置之于死地的罪名“篡改毛主席著作”。