北京陷落后，慈禧让袁世凯接济经费，他半点儿也不敢怠慢，先后派人送去白银21万两、绸缎200匹及大量食物。仓促逃亡的慈禧得了袁世凯接济，心里的感激自不待言。慈禧到达西安，袁世凯运送大批军火以供保卫之用。和约将成之际，他又作好了迎接慈禧回銮的充分准备。袁世凯摸准了老佛爷的脾性与心思，一年多的逃亡生涯，她是受足了气吃够了苦；如今再次回京，她需要的就是金钱、体面、豪华与排场。所以，袁世凯首先献给慈禧两座豪华的彩棚，一座扎在保定车站，一座设在北京城门，犹如“凯旋门”一样，让败逃而回的慈禧在灿烂的鲜花、亮丽的彩灯照耀下，产生一种虚幻的凯旋感觉；其次，袁世凯献上的是以巧取豪夺手段搜刮弄来的100万两银子，在当时国库空空如也的情况下，100万两白花花的银子，乐得慈禧笑眯了双眼；最后，袁世凯别出心裁地准备了两只供太后赏玩的鹦鹉，当李莲英将鸟笼捧到离慈禧两三尺远的地方时，两只鹦鹉突然亮开嗓门清脆地叫道:“老佛爷吉祥如意！”“老佛爷平安！”慈禧见状，简直笑开了怀，一年来所有的窝囊委屈随着鸟儿殷切的叫声顿时烟消云散。直到这时，袁世凯心中的一块石头才终于落地。

于是，“众望所归”的袁世凯被清廷正式任命为直隶总督兼北洋大臣，成为大清帝国的实际“宰相”。后又一身兼任督办商务大臣、电政大臣、铁路大臣等八个大臣之职，权势远远超过当年的曾国藩与李鸿章。

于是，清朝末期一个新的时代——袁世凯时代就此拉开帷幕。

这是一个被史家与大众忽略了的多少算得上充满生机、焕然一新的时代，其中最亮丽的出彩之处，便是被称为“清末新政”的社会变革。清末新政无论是改革的广度，还是其力度与深度，都超过了戊戌维新变法。慈禧为清除镇压“百日维新”带来的负面影响，推动这场新的改革，赦免了除康有为、梁启超和孙中山三人之外的其他所有维新派、革命派党人。就实质及影响而言，清末新政的有力推动者、实际执行者便是大权在握的袁世凯，在增练新军、创建巡警、改革司法制度、推行地方自治、发展实业、广兴教育这些新政改革方面，袁世凯作出了功不可没的贡献。只因他后来称帝自为，一生中的诸多功绩被有意无意抹杀殆尽了。

然而，袁世凯并不满足于此，他想继续前进，将这场改革运动推向极致——由器物而制度，实行君主立宪。他逢人便称:“官可不做，法不可不改。”并自告奋勇地提出将直隶作为立宪的试点省份，面奏慈禧太后，说立宪应先组织内阁，从改革官制入手。按袁世凯的改革方案，立宪最重要的是设立资政院与责任内阁。资政院为疏泄舆论的清议机构，责任内阁实质上就是架空皇帝，由总理大臣、副大臣代替皇帝行使职权。袁世凯的这一涉及制度的深层改革方案，虽能推动大清帝国的封建专制向西方民主政体转型，但也不乏其个人私心。他想在拥有京津军警力量的同时，进京与庆亲王奕同时组阁，奕为国务总理大臣，他做副总理大臣——在控制朝政的同时，也为自己预留后路——慈禧已是日薄西山，说不定哪天腿一蹬眼一闭，光绪就会从瀛台走上前台，成为名副其实的皇上。袁世凯心里比谁都清楚，光绪对他的出卖定会不依不饶。而与奕同时组阁架空皇位执掌朝政大权，哪怕慈禧故去，他也没有后顾之忧了。

袁世凯的做法遭到了来自方方面面的反对。皇室宗族得知袁世凯不让他们参与政事后，醇亲王载沣拔出手枪抵住他的胸膛厉声叫道:“尔如此跋扈，我为主子除尔奸臣！”幸亏奕及时赶来排解，载沣才没有扣动扳机；守旧派认为这种政治权力的重新分配会引起社会动荡，难以施行；立宪派认为袁世凯推行的只是“大臣专制政体”，而不是真正的君主立宪体制；就连那些太监，听说袁世凯的改革方案中有一项是裁撤他们，于是，百余名太监趁他下朝之际将其拦住，百般谩骂围攻，又是奕出面劝解，才给袁世凯解了一围。要说这些都算不得什么，最关键的是此举引起了慈禧的疑忌与不满，她担心责任内阁制成立后君权旁落。因此，袁世凯的立宪改革不但没有成功，反被慈禧的另外两名宠臣——瞿鸿几与岑春煊借机参了一本（史称“丁未大参案”）。袁世凯几乎动用了所有看家本领，通过花钱打点、疏通关系、伪造假证等手段，好不容易才没有“翻船”。但仍被慈禧以明升暗降之法让他离开北洋新军，进京担任军机大臣兼外务部尚书。