李自成看见崇祯的尸体时曾经叹息道:“我来与汝共享江山，如何寻此短见？”因为崇祯一死，自己设想的道路就全被破坏了，这以后自己就要面对天下人的唾骂和谴责，所以才有当初杜勋与崇祯的谈判。

据《小腆纪年附考》记载，李自成提出的条件是:“议割西北一带分国王并犒赏军百万，退守河南”作为交换，李自成答应“愿为朝廷内遏群寇，尤能以劲兵助剿辽藩。但不奉诏与觐耳”。可惜崇祯不答应。李自成没有办法，这才攻进北京。

即使进到北京，李自成也没有在北京称帝的打算，他说:“陕，吾之故乡也。富贵必归故乡。即十燕京未足易一西安！”这时被清军和吴三桂打败，正好带着猎物打道回府，回西安做他的山大王。可见，李自成做的不是整个中国的皇帝梦，而是陕西的土皇帝梦。

李自成不登极，被从龙之臣叹为“我主马上天子”，登极则被明之旧臣视为“沐猴而冠”。因此，李自成始终处在极度矛盾与痛苦之中。他没有正式受命，始终没有取得皇帝应该具有的权威。因此，他只能是“寇”。

但是李自成最终还是称帝了，而且是在大败之后。29日，“追尊七代皆为帝后，立妻高氏为皇后。自成被冠冕，列仗受朝。金星代行郊天礼”。大败于山海关，李自成已经是元气大伤，清兵和吴三桂又在后面紧追不舍，这时称帝，追尊七代又有什么用呢？惟一的意义是李自成圆了自己的皇帝梦，有了心理上的满足。

李自成称帝完毕，便开始运柴草入宫及各城门。当夜二更纵火宫中，北京城内陷入火海，“止留大明门及正阳门、东西江米巷一带未烧，盖贼留一面出路也，其未出者，悉为百姓所杀，凡2000余人”。

当初进京时，北京百姓曾对李自成农民军寄予厚望。谁知不久农民军就开始烧杀抢掠，无恶不作。这时李自成退出北京，百姓便随后袭击，一雪前恨。不仅是北京，在河北，山东等大顺地区，百姓也是蜂拥而起，到处袭击大顺官兵。正是“水能载舟，亦能覆舟”，得民心者得天下，失民心者失天下。

四月三十日，李自成离京西撤。退回山西后，李自成不是积极组织防御和反攻，而是四处分兵，自己则一路撤往西安。随后，就有一些部将背叛了李自成，发动兵变。那些明朝降将原本就不是真心归附，这时见李自成兵败，于是相继叛乱。李自成当初竟没有想到这一点，他的锐气好像在进入北京之后就全部消失了。

顺治二年二月，多铎率兵攻破潼关。李自成出战失败，于是放弃西安。离开时，李自成派人洗劫了西安，并将他旧日的宫殿焚毁，他最后还想将整个西安化为灰烬，幸好田见秀没有执行他的命令。

随后又是一路撤退，败仗连连。李自成自此下落不明。

李自成的生死，至今都是一个谜。《明史》给出了两个说法，一种是李自成率20来个人到山中掠食，被村民所困，李自成无法逃脱，于是自缢身亡。另一种说法是，李自成率20来个人外出，正好碰上村民筑堡防贼，村民见李自成人少，便上前围攻，李自成和坐骑陷在泥中，头部中锄而死。村民剥李自成的衣服时发现龙衣和金印，又注意到死者损伤一目，这才猜测到是李自成。