六十年代后期陈明仁（中）与大子陈扬钊（右）次子陈扬铨（左）合影

陈明仁自顶撞蒋介石后，心中亦有顾虑，所以当宋希濂、杜聿明等劝说后，他还是硬关着头皮到蒋的别墅谒见他。陈明仁直奔蒋介石的客厅（他的性格及他与蒋的师生关系，他是常常不经侍从室传达就可直接出入的）。当时夫人宋美龄也在，蒋夫人见陈明仁到来，很高兴地接待，并安慰陈说：“校长对你一向爱之深，责之严，你这样顶他，当时他怎不生气呢？事情过去了，也就没事了！”蒋介石则叹了口气说：“你这样倔强的脾气，只有我才能容你、用你啊！”这件事就这样了结。

此事发生后，陈明仁虽没有受到什么处分，但他当时正是广西昆仑关抗击日军侵略立功受奖的人物，原拟提升为七十一军军长，为此事不仅军长当不成，反而被夺走了预二师的兵权，以明升暗降的手法，委任陈明仁为七十一军副军长。

1942年，七十一军奉命调到云南，军部长期驻扎云南保山。他经常率部在滇西与日军作战。在陈明仁率军占领龙陵后，奉命继续向缅甸方向挺进，当时新二十八师由于长期作战，伤亡很重，所剩官兵不足二百人。某夜，敌人突袭至七十一军前沿阵地，情况十分危急，刘师长电话告急，军长钟彬接电话后没有发言。放下话筒木然呆坐，陈明仁见势不妙，立即拿起话筒，问明情况后，当即作了指示，并说：“如失了一寸土地，军法从事。”刘师长接陈明仁电话后猛然醒悟，抱着战死的决心，坚守阵地，稳住了部队阵脚，事后，刘师长说，由于副军长果断的指示，增加了他决一死战的决心，所以才以少数兵力顶住了敌人的进攻。是夜，陈明仁判断敌人还会来偷袭，决定在军部只留下少数兵力，以三分之二的兵力埋伏在阵地前沿左右两侧，待敌来袭时出其不意，予以猛烈回击。果然不出所料，是夜日军突然来袭，刚到七十一军前沿阵地，就遭到七十一军埋伏炮火的猛烈袭击，敌人仓皇撤退，我军乘胜紧追，日军伤亡很大。这次战斗缴获了大批枪械弹药，并俘获日军官兵数十人。紧接着，全军奉命乘胜追击，以破竹之势连连攻下遮放、畹町、芒市等各重要据点，于中缅交界处——南坎与英、美盟军会师。陈明仁的军事才华受到英、美盟军的高度赞扬，又获国民党的奖赏。此时陈明仁英勇善战不仅在国内闻名，在国外亦到处传扬。此役后，陈明仁被提升为七十一军军长，率部返回芒市机场，再乘飞机凯旋回昆明。

国民党大势已去陈明仁军心动摇

1945年日本投降后，陈明仁所率七十一军奉命由滇西调到江苏昆山、常熟、苏州、无锡一带布防，任务是“防共剿共”，但当时没有直接作战。

1946年春，七十一军又奉命北上，全军从上海乘美军运输舰开抵秦皇岛登陆北上，与解放军作战。那时陈明仁的长子陈扬钊也在该军八十八师当排长，到东北后不久就调任到师部当参谋，没有与他在一起，但陈扬钊经常随师长胡家骥去军部见父亲陈明仁，当时陈明仁还对蒋介石忠心耿耿。