徐后还重视用儒家的纲常名教、道德规范教育妇女，她采择《女戒》、《女宪》等书内容及马皇后的言论，写成《内训》20篇，接着又编了《劝善录》颁行天下，以教化百姓。徐后是古代后妃中极少数留下著作的一位。

成祖有4个儿子，长子朱高炽、次子朱高煦、三子朱高燧均是徐后所生。朱高炽于洪武二十八年(1396年)被册封为燕世子，永乐二年(1404年)立为太子。他性格仁厚，喜好读书，但体胖，行动迟缓，不为成祖所喜。朱高煦性情暴躁、诡计多端，是个无赖，却很会打仗，曾多次救父亲于危难中，成祖以为“类己”封他为汉王。朱高燧生性机敏，亦为成祖所爱，受封为赵王。汉、赵二王多行不法，并暗中勾结，欲夺太子之位。对两个儿子的性格、品行，徐后看在眼里，忧在心头，她曾提醒成祖说：“汉、赵二王品行不端，要选挑廷臣对他们进行引导。”徐后生前，汉、赵二王有所收敛，但后来觊觎皇位图谋不轨。宣德初，汉王谋逆，终被其侄宣宗平定。

徐后有一个哥哥、两个弟弟，有趣的是同在建文朝做官的弟兄两人，在“靖难之役”中一个帮建文皇帝，另一个帮燕王朱棣。哥哥徐辉祖在建文帝失败后宁死不肯依附妹夫成祖，成祖恨得咬牙切齿，但他毕竟是自己的大舅子，父亲太祖又曾经赐徐达子孙三代免死券，经过一番思想斗争之后，成祖没有处死徐辉祖，而是削去他的魏国公爵位，把他幽禁起来。徐辉祖于永乐五年(1407年)去世。徐后的弟弟徐增寿从小与姐姐的感情很好，“靖难之役”中毫不犹豫地站在姐夫一边，曾多次把建文朝廷的有关情报密告给燕王，还为燕王在北平密谋起兵打掩护。当燕王的军队渡过长江，向南京逼进时，徐增寿准备作内应时被发现，结果死在建文帝的剑下。燕王攻进南京后，见到小舅子的尸体放声大哭，即位之后，追赠徐增寿为阳武侯，谥号“忠愍”，后来又准备为他增爵。当成祖把这一打算告诉徐后时，徐后坚决不同意，但成祖执意将徐增寿封为定国公，并让他的儿子徐景昌袭爵。封诏下来，徐后说：“这绝不是我的意愿。”因此始终不向成祖道谢。徐后这样做，除了不愿自己的亲眷以私情受禄，还有难言的苦衷。哥哥辉祖虽说与丈夫为敌，但身为朝廷大臣，宁死忠于建文帝，并没有错，却被削夺了爵位；弟弟增寿同样是建文帝的臣子，却背叛建文帝，虽说是为帮助自己的丈夫而惨遭杀害，但这种背叛君主的行为为国法所不容，给他加官封爵不利于皇权的巩固。深明大义的徐皇后对此自然有苦难言。

永乐五年(1407年)夏天，由于长期的劳累和操心，徐后突然病倒，经过御医的多方调治，不见效果，病情日益严重，不久便卧床不起。她预感到死神即将来临，于是对守在自己身边的丈夫说：“虽说当今天下太平，不再打仗，但广大老百姓还没有得到休养生息，望圣上多加体恤。”喘了口气，她接着说：“用人要广求贤才，明辨是非正邪；要教好子孙，礼遇宗室，不要放纵外戚，以免他们恃权骄横，不守国法，扰害百姓。”成祖听着这番忧国恤民的话语，想到自己将失去这位贤德的皇后，眼泪直往下流。望着泪流满面的丈夫，想起过去那些恩恩爱爱，徐后泪如泉涌。泪水朦胧中，她想起了别的什么，连忙拭去眼泪，把太子朱高炽叫到床头，对他说：“当年李景隆攻北平时，你父王统兵在外，我们母子留守，北平的将士们誓死抵抗，兵员不够，将校士民之妻闻令而起，身披甲胄，拿起武器，登上城墙，与将士并肩作战，终于保住了北平。战争胜利后，你父王即位，我正位中宫，可谓富贵至极，而当年身冒矢石、登城守御的将校士民的妻子，至今没有得到应有的报偿。我一刻没有忘记这件事。最近你父皇要到北平巡视，我本打算陪同前往，向北平的姐妹们表示敬意和慰问。现在我病倒在床，只能抱恨终天了。”听着这情真意切的话语，太子大声痛哭，徐后拉着儿子的手，嘱咐说：“我死后，儿不要太伤心，以免哭坏身体，我的丧事要简省，不要增加臣民的负担。”是年七月四日，徐后诀别人世，享年46岁。

徐后死讯传出，朝中上下无不为之惋惜、痛哭，成祖更为失去这样出色的皇后而悲恸万分。他在灵台、天禧二寺设大斋，听群臣拜祭，并为她举行了隆重的葬礼，上谥号“仁孝文皇后”。同年十一月，将她编辑的《劝善录》、《内训》刻印颁赐群臣。永乐七年(1409年)成祖在北京天寿山为自己营建陵墓，竣工后先将徐后安葬其中。