徐妃果然聪明能干，她不仅很快适应了新的环境，而且积极为丈夫管理王府献计献策，帮助丈夫将府中的各项事务安排得井井有条。徐妃还注意协调王府中的人际关系，使王府秩序井然，因而得到了府中上下的敬重。这一期间，燕王曾几次奉命带兵北征，颇有战功，重要原因之一便在于徐妃为他管理好王府，使他没有后顾之忧。

建文元年(1399年)七月，燕王在北平起兵反叛，发动“靖难之役”。在夺取了北平附近的居庸关、怀柔、密云、蓟州、遵化、永平等州县后，燕王带兵攻打大宁(今内蒙古宁城西)。得知这一消息，建文皇帝派李景隆带领朝廷军直扑空虚的北平而来，朝廷军在北平城下发起了一次又一次的进攻。朝廷军有10多万人，而北平城内连老幼孱弱都算上也不及1万，面对敌众我寡的危险局势，徐妃沉着冷静地与留守北平的长子朱高炽及守城将官一起谋划，部署守城各项事务，号召全体守城将士誓死守城，等待燕王回师。同时，徐妃发动城中将领及士民妻子登城作战。每人发给一副盔甲，徐妃亲自登城督战，城中妇女在徐妃激励下，披甲上阵，抛石块、掷瓦砾，与朝廷军展开殊死战斗，直到燕王回师北平。北平保卫战充分体现了徐妃有胆有谋、沉着机智。

建文四年(1402年)六月，燕王攻占京师，夺取了皇位。徐妃也随之离开了生活21年之久的北平，回到南京。同年十一月，徐妃被册封为皇后，这时她已经40岁，皇族内部残酷的权力战争使她积累了丰富的政治经验。

明朝建立之初，太祖鉴于前代后妃干政的历史教训，规定皇后只能管理宫中妃嫔之事，宫外之事一概不准干预。事实上要做一个母仪天下的皇后，不可能完全置宫外之事于不顾，用徐皇后的婆婆马皇后的话说，便是皇帝是天下之父，皇后是天下之母，子女生活得如何，做母亲的焉有不关心之理，因此马后曾多次出于良好的动机关心朝政，所提的建议均被太祖接受。徐后是一个善于发挥主观能动性的女人，她在一如既往关心成祖饮食起居、管理好后宫的同时，密切关注着成祖的朝政，积极施展自己对丈夫的影响。

徐后读过许多史书，深知治国之道一在关心百姓的疾苦，二在培养爱护国家人才。她提醒成祖说：“南北之间，连年战争，兵民疲惫不堪，为政应当宽俭，务必要使百姓得以休养生息。”接着她建议成祖爱护人才，她说：“人才难得。从前伊尹辅佐商汤，姜尚辅佐周武王，这些都是杰出的人才。今日的贤才都是太祖高皇帝培养造就出来的，望陛下在选拔任用时，不要分什么新旧，要一视同仁，一体擢用。”在如何选拔地方长官方面，徐后也有建议，她说：“地方长官贤明与否，关系着一个地方的民生安危，不能仅仅循资历来选拔地方官，对于那些才能突出的人才要破格使用，而那些才能一般的人，也要根据他们的资格来使用，这两种选拔方法同时使用，必然会取得较好效果。”她还告诫成祖要不惜钱财培养人才。徐后在政治上显示出的卓越见识，令成祖十分欣赏，因而她所提的建议多被采纳。

徐后不仅对治国之道颇有见识，而且对如何当好贤内助也很有见地。徐后在自己做好成祖贤内助的同时，也在想办法帮助那些天子近臣的妻子们做好贤内助。首先她想到了内阁这一新设机构的大臣们的妻子，于是她请示成祖批准她召见内阁大臣解缙、黄淮、胡广、杨荣等7人的妻子，成祖答应了，召见仪式在柔仪殿举行。召见时，徐后对内阁大臣的妻子们表示了亲切的慰问，赐给她们礼物，要求她们体谅丈夫，因为她们的丈夫作为皇帝的秘书和顾问，政务非常繁忙，工作十分辛苦，因此要好好服侍他们，使他们没有后顾之忧，一心一意地为朝廷尽忠尽职。内阁大臣和他们的妻子们非常感激成祖及皇后的恩典，皇恩如此浩荡，他们自然更加卖力为成祖效劳了。接着徐后于永乐二年(1404年)秋天召见六卿、翰林这些国家最重要的官员们的妻子，在表示了对她们的敬意，赐给她们衣服、钱钞后，徐后说：“作妻子的，侍奉丈夫，不能仅注意饮食起居，还要在事业上有所帮助。朋友之间，有些话可听可不听，夫妻之间说什么就容易接受。我在宫中日夜侍奉皇上，经常和皇上谈论如何以民生为念，让百姓安居乐业，我的不少建议都为皇上采纳，希望你们也能这样关心支持丈夫们的工作。”成祖即位后，朝中大臣主要还是洪武和建文的旧人，徐后的这两次召见在笼络人心方面取得了较好的效果。