1951年5 月23日，西藏和平解放协议和中国人民解放军进驻西藏若干规定在北京签订。图为毛泽东宴请西藏地方全权代表阿沛·阿旺晋美（左一）、班禅额尔德尼· 却吉坚赞（右三）作陪。

1952年2月，中国人民解放军西藏军区成立时，中央军委任命阿沛·阿旺晋美为西藏军区第一副司令员。他时刻关心驻藏部队的生产和生活，与部队保持紧密联系，在巩固国防、保卫边疆的工作中，作出了应有贡献。

与此同时，阿沛·阿旺晋美以维护和贯彻执行《十七条协议》为己任，自觉地通过各种方式在贵族官员和各阶层人士中宣传协议，发展壮大爱国力量。可是，走向和平解放的道路并非一帆风顺。1952年初反动组织伪“人民会议”公开进行非法活动，公开反对《十七条协议》，提出要解放军撤出西藏。3月31日，伪“人民会议”煽动1000多名“藏军”和流氓、无业游民，武装包围了中央代表驻地，要求递交“请愿书”。在拉萨街头，武装分子游行示威，呼喊反动口号，闹得人心惶惶，商店关门。有些武装分子公然开枪挑衅，阿沛家的窗户玻璃被打碎。面对危局，阿沛立场坚定，旗帜鲜明，反对骚乱，维护安定，全力支持、配合中央代表和军区领导，按照中央指示，本着有理、有利、有节的政治原则，力争用和平方式平息这一事件。他态度积极，方式灵活，发挥了既是西藏地方政府的噶伦又是西藏军区第一副司令员的双重身份的优势，夜以继日地做了大量工作：一方面劝说其他噶伦维护《十七条协议》，同伪“人民会议”划清界限；另一方面深入了解掌握伪“人民会议”的活动情况，随时向中央代表和军区领导反映，采取应对措施，避免陷于被动。经过多方努力，5月1日，伪“人民会议”被取缔，他们的非法活动以失败而告终。

1954年，阿沛同西藏的其他代表一起，赴北京出席了第一届全国人民代表大会第一次会议。这是西藏人民代表第一次行使管理国家事务的权利。在这次会议上，阿沛当选为国防委员会委员。

1954年11月4日，西藏自治区筹备委员会筹备小组正式成立，阿沛·阿旺晋美成为这个筹备小组的成员之一。经过多次协商讨论，筹备小组于同年年底向国务院提交了成立西藏自治区筹备委员会具体方案的工作报告。

1955年3月9日，周恩来总理主持召开国务院全体会议第七次会议，专题研究成立西藏自治区筹备委员会及西藏有关事宜，通过了《国务院关于成立西藏自治区筹备委员会的决定》。同年9月20日，西藏自治区筹备委员会筹备处在拉萨成立，阿沛·阿旺晋美被推选为处长。经过筹备处全体人员近4个月紧张有序的工作，各方条件均已成熟，中共西藏工委报请中央同意，决定西藏自治区筹备委员会于1956年4月22日成立。

为庆祝西藏自治区筹委会的成立，中央派出以中共中央委员、国务院副总理陈毅为团长的规模庞大的代表团，万里迢迢，跋山涉水，到西藏进行祝贺和慰问，拉萨僧俗人民3万多人热烈欢迎中央代表团。

自治区筹委会成立后，在用和平方式改革旧制度、改造旧政权，并且推动西藏地方政府和西藏领导人自动地去进行这些改革和改造中，阿沛·阿旺晋美进行了勇敢的尝试。他在筹委会筹备处的工作中处理了大量人事工作，安排旧政权的大批官员在筹委会和直属机构及下属机构中担任各种职务，通过对旧官员的改造达到对旧政权的改造。他还担任学习委员会主任，领导在筹委会系统工作的旧官员学习政治理论和时事政策，参加筹委会派出的各种工作组，接近群众，体验生活，转变作风。经过两年多的努力，许多旧官员的思想和作风有了明显变化，中央坚持和平改造的政策初见成效，这使阿沛感到由衷的欣慰。