阿沛·阿旺晋美（右）与毛泽东

当时迫于权势压力，又不了解人民解放军的政策，加之个别分裂主义分子带头误导、煽动，与会官员们几乎众口一词，对两大问题均表示赞同。按照旧例，阿沛·阿旺晋美以孜本身份作为会议的主持人之一，不能发表自己的意见。但是他从丰富的历史知识出发，认定西藏是中国领土的历史事实改变不了，“西藏独立”不可能实现，感到如果会议通过上述方案，付诸实行，必将给西藏带来灾难性后果。为此，他声明抛开旧例，提出了两点意见：一是大家都知道西藏自古是中国的一部分，这是历史事实。西藏问题只能由中央政府解决。因此，应派一个代表团去北京，同中央政府商谈。二是同解放军只能谈判不能打仗。国民党号称有八百万军队，还有美国帮助，同解放军打的结果是彻底失败，最后跑到台湾去了。我们西藏男女老少齐出动，也只有一百万，既没有经过训练，更没有武器，怎么能打赢呢?打的结果只能带来不堪设想的灾难。

阿沛是第一位站出来表示不同意见的。那些原来随声附和的人，或者有异议而不敢发言的人，听了他的话立即活跃起来，说阿沛的意见有道理，应该把他的意见同原来的两个方案一起，作为会议通过的共同意见上报噶厦和摄政最后决定。会议情况很快传到社会上，引起强烈反响，大家普遍认为阿沛不顾个人安危提出意见，完全是为西藏着想。此后到1951年期间，他曾5次向达赖喇嘛、摄政和噶厦报告促请派代表同中央政府谈判。

1950年年初，中央人民政府宣布了和平解放西藏的方针，号召西藏地方政府派代表到北京同中央人民政府就和平解放西藏事宜进行谈判。这使阿沛·阿旺晋美和那些主张和平谈判的人们受到鼓舞和支持。也是在此时，摄政达札和噶厦任命阿沛为增额噶伦兼任昌都总管，接替任期已满的前任总管，主持昌都地区的文武事务。阿沛在赴任前，向噶厦和摄政写了报告，请求准许他到昌都后不接任总管职务，而是“一路东去，溯水寻源，找解放军谈判”。但是这个请求没有被批准，阿沛只好去昌都接任总管。

在去昌都的途中，阿沛耳闻目睹了由于扩军备战，动员民兵上前线，极大地加重了老百姓的负担，许多地方的老百姓已经断粮，生活苦不堪言。到达昌都后，阿沛立即向噶厦写报告申述百姓的苦难，提请停止扩军备战。在没有得到批准前，他就下令遣散了已被派往金沙江一线布防的8000多名民兵，要他们各自回家种地养畜，恢复生产。10月中旬，解放军被迫发动昌都战役，击溃金沙江西岸一线的藏军，向昌都镇挺进。此时，阿沛率总管府主要官员离开昌都镇西行，在距昌都一日行程的朱贡寺住下来，等待解放军前来接收。同时他派出官员分三路去寻找解放军接头谈判。解放军进到朱贡寺后，他积极协助解放军遣散了从前线溃退下来的藏军全部士兵。

昌都解放后，回到昌都的阿沛·阿旺晋美受到了解放军的热情欢迎和优待。经阿沛与解放军十八军前线指挥所王其梅将军商谈，达成了解放军暂停西进，争取同西藏地方政府进行和平谈判的临时协议。阿沛和在昌都的西藏地方政府官员40人两次联名签署报告，以亲身经历和对共产党解放西藏的方针政策的理解，说明解放军进军西藏是为了保卫国防，帮助西藏发展建设，敦请西藏地方政府指派代表同中央人民政府进行和平谈判。

西藏和平解放的首席谈判代表：缔结历史性的《十七条协议》，毛泽东说“你们办了一件大好事”

在中央人民政府和平解放西藏方针的感召下，西藏地方政府终于改变了态度。1951年2月，达赖喇嘛和噶厦任命阿沛·阿旺晋美为西藏地方政府首席全权代表，和另外4位全权代表赴北京，同中央人民政府进行和平谈判。阿沛-阿旺晋美出发前，给达赖喇嘛写报告，要求明确承认西藏是中国领土，同意人民解放军进藏，谈判才能成功。