1927年11月25日深夜（实际是26日凌晨）2时半，守灵人员秘密地将孙中山的遗体从楠木棺（即“第三棺”）移入美式棺（即“第一棺”），用棉花药水包裹防腐，藏到碧云寺内东侧水泉院的山洞内，以防不测。这是孙中山遗体的第三殓。

1928年初夏，张作霖败退东北，于6月4日在皇姑屯被日本人炸死；6月7日，守灵人员将孙中山遗体重新移回楠木棺（即“第三棺”）。这是孙中山遗体的第四殓。

如果仔细琢磨，这段“史实”似有许多疑点。

其中最重要的一点是:使用福尔马林保存遗体，不仅需要特殊材质的容器，还得由专业医务人员配置操作才行。这样的工作，是军人出身的守灵人员所难以完成的。更不必说“用棉花药水包裹防腐”了──如此处理方式，遗体难免会接触空气，怎能保持原样？

在奉安大典完成后出版的《总理奉安实录》一书和2001年8月出版的《香山公园志》中，均没有关于孙中山遗体移藏水泉院的记载。作者曾与香山公园有关人士探讨当年守灵人员移灵的情况，他认为不太可能。别的不说，仅看水泉院的那个山洞，虽环境幽静，却并不深邃，即使勉强移灵，把遗体藏在与金刚宝座塔这么近的地方，不但未必隐蔽，反倒有欲盖弥彰之嫌。“移灵”一说，也许是守灵卫士无奈之中想出的计策:故意散布传言，让人以为孙中山的遗体已经不在碧云寺了，以此转移视线。

当然，这些只是推测。毕竟时隔80多年，历史的真相难免益显模糊了。

1929年5月，南京政府正式拉开奉安大典的帷幕。5月20日下午2时，孙科与协和医院的史蒂芬医生来到碧云寺，在守灵人员协助下，将中式楠木棺（即“第三棺”）内的防腐液放净（有关资料记为“保护油”，这一细节表明，孙中山的遗体是浸在棺中的防腐液即“保护油”里的），史蒂芬将遗体揩净后用白色绷带包裹周身，然后移入美式沉香木棺（即“第一棺”），暂时重新放回石龛之内。这是“第五殓”。

22日晨7时，迎榇专员指挥守灵卫士将灵榇移到金刚宝座塔前下方的普明妙觉殿。8时许，宋庆龄等人赶到，由史蒂芬医生及助手、护士将遗体以白绸裹缚，并为孙中山理发、更衣。原来是准备穿中山装的──这是最恰当的方案，但医生比较有经验，说人的遗体长度比生前要缩短好多，中山装需要身架雄伟，并不适用。所以，最终是仿照回教葬礼的方式，内裹白绫、外着长袍马褂。

更衣完毕，在宋庆龄等家属的守视下，由孙科等人将遗体移入另一具新棺──特制的美式铜棺。这具棺椁是1925年决定将孙中山土葬之后，治丧处特地向美国订购的，早在1925年8月便已运抵上海，存放在香山路孙中山故居内；1927年5月转运至南京；1928年12月运抵北平。此为孙中山遗体的第六殓、“第四棺”。

11天后，这具承载孙中山遗体的铜棺安置于南京中山陵。

四具棺椁的最终归属

孙中山所换下的衣物置于中式楠木棺（即“第三棺”）内，依然存在碧云寺金刚宝座塔的石龛内，作为“孙中山先生衣冠塚”，供后人瞻仰。而奉安时停灵的普明妙觉殿则辟为“总理纪念堂”；1956年以后改为“孙中山纪念堂”，那具苏制“水晶棺”（即“第二棺”）便存放在纪念堂内。

如此，孙中山使用过的四具棺椁中，三具已有归处，惟有那美式沉香木棺（即“第一棺”）却似乎不明去向。据有关资料说，1929年7月，曾特地在紫金山麓的小茅山万福寺设立了一个“奉安纪念馆”，展出与奉安大典有关的文物及各界赠送的礼品，那具美式沉香木棺（即“第一棺”）也陈列其中。但是，日本发动侵华战争以后，纪念馆被彻底破坏，所有物品全然流失而不知下落，其中也包括那“第一棺”。

不过，多年以后，居然出现了一丝线索。