1953年至1954年:毛泽东请假休息，刘少奇第三次代理中央主席
1953年12月下旬，毛泽东因病到杭州休养，并主持起草宪法。行前，他在12月24日的政治局扩大会议上提议:在他休养期间，由刘少奇临时主持中央工作。这也是党中央自“七大”以来形成的惯例，每逢毛泽东因事不在中央时，中央的工作都由刘少奇主持。
在会上，刘少奇提出，这一次不要代理了，还是由书记处的同志轮流负责好了。中央书记处的其他成员则都表示赞成毛泽东的提议。中央政治局扩大会议最后决定:“主席请假休息一个时期，在休息期间，由刘少奇同志代理。”从1953年12月24日到1954年3月17日毛泽东从杭州回到北京前，刘少奇一直主持中央工作。在此期间，刘少奇最主要的工作是主持召开了中共七届四中全会，以及纠正过渡时期总路线宣传教育中的一些“左”倾偏向。
此前，高岗曾借毛泽东休假的机会，暗中活动，希望主持中央工作。为找到“同盟者”，高岗还在高级领导干部中四处活动，搞串联，在全国财经工作会议上拉拢陶铸未成，又试图拉拢陈云、邓小平、林彪等人。陈云、邓小平感到事情的严重性，就立刻向毛泽东做了汇报。尽管毛泽东在某些问题上批评过刘少奇，但他对刘少奇的信任却没有动摇过。他听到高岗所说的刘少奇搞宗派、划“圈圈”后，曾经对人说:少奇同志是大公无私的，是正派的，他绝不是那种搞宗派的人。在这种形势下，毛泽东在1953年12月24日的政治局扩大会议上，揭了高饶的盖子，称之为“一股地下水”。毛泽东提议:由中央作一个关于增强团结的决定。
12月29日，刘少奇主持召开中共中央书记处扩大会议，讨论通过刚刚起草的《中共中央关于增强党的团结的决议（草案）》。当天，刘少奇在给毛泽东的电报中，汇报了中央工作情况，并派人将决议草案送到杭州，请毛泽东审阅修改。
1954年1月7日，毛泽东接连写了两封信。一封是给刘少奇及书记处全体成员的。信中提议决议草案“似宜召开一次中央全会通过，以示慎重。中委大多数在京，不在京的是少数，召集甚易，加上若干负重要工作责任的同志参加会议”，并对会议的议程安排做了具体的部署，其中，第三个议程是通过关于加强党的团结的决议。毛泽东在信中提议:“通过关于加强党的团结的决议。报告请刘少奇同志做，事先写好，有四五千字就够了”，报告分三段，其中第三段是“将关于加强党的团结的决议草案的要点加以叙述，请求全会讨论和批准这个决议”，但是，“关于第三个议程，应尽可能做到只做正面说明，不对任何同志展开批评”。毛泽东还要求在报告写好后“请用有线电发给我一看”。
毛泽东的另一封信是写给刘少奇个人的。他在信中说:“如各同志同意开全会，于你的报告稿宣读完毕后，似宜接着宣读你已有准备的自我批评稿，两稿各有一小时左右即够。自我批评稿宜扼要，有三四千字即可，内容宜适当，不可承认并非错误者为错误。如可能，请一并电告我一阅。”2月6日，七届四中全会开幕，刘少奇主持了这次会议，并受毛泽东的委托，代表中央政治局向大会做工作报告。
2月10日，刘少奇又带头向全会做了自我批评:“多年来，我在中央工作，在中央和毛泽东同志领导之下，我是执行了中央的正确路线和尽力去完成中央托付给我的工作的。但是，我在过去一个时期的工作中表现了一些缺点并犯了一些错误，我想利用中央全会这个机会，来加以检讨，并对某些问题略加说明。”
在自我批评中，刘少奇除对第二次全国组织工作会议上已经谈过的关于生产合作互助组、“半工人阶级”的提法、如何对待富农党员等问题又做了一次检讨和情况说明外，还对建国初期负责全国总工会的工作、解放战争后期土地改革工作中一些“左”的做法、1943年延安审干期间发生的一些问题、1946年关于“和平民主新阶段”的提法以及1949年天津视察时的一些讲话也做了检讨和说明。在自我批评的最后，刘少奇深刻剖析了自己缺点和所犯错误的教训，总结出至今仍颇有教益的一段话。他说:“从我发生的缺点和错误来看，最基本的教训，就是我们在工作中必须随时注意集思广益，认真考虑别人的意见，认真发展批评和自我批评，而越是负有重大责任的，就更应该是这样。我们党的一切领导机关，从中央到支部，都必须认真依靠和健全集体领导的制度，使我们的领导工作真正成为集体智慧的领导，从而争取领导的经常正确性，并从而加强我们全党的团结。”他真诚地表示:“我愿意更多地和更好地学习，向马克思列宁主义的著作学习，向毛泽东同志学习，向同志们学习，以求不断地改善党所付托给我的工作。”
在刘少奇的带头自我批评后，接着发言的40余人都作了不同程度的自我批评。
经过这次会议，党的高级干部得到了一次深刻的马克思主义的教育，对维护党的团结的重要性有了比较深刻的认识。经毛泽东认真修改过的《决议》中有这样一段话:“党的团结的利益高于一切，因此应当把维护和巩固党的团结作为指导自己言论和行动的标准，即有利于党的团结的话就说，不利于党的团结的话就不说，有利于党的团结的事就做，不利于党的团结的事就不做”，这也成为全党一致的思想准则。
1954年3月21日至31日，中国共产党全国代表会议在北京召开。会议最后一致通过了《关于高岗、饶漱石反党联盟的决议》，决定将他们开除党籍，撤销其党内外一切职务。从此，刘少奇在党内的地位得到了巩固，并在1954年9月的第一届全国人民代表大会上担任了第一任全国人大常委会委员长。
