对此，刘伯承、邓小平已有预料。他们联名给卢汉发去电报。根据卢汉等待解放军迅速西进“克日入滇，彻底歼灭残匪”的要求，坚决地表示:“我们已分头派遣部队向云南疾进。如第八军、二十六军继续坚持反对立场，敢于进攻昆明，即请予以迎头痛击。并坚守要点，以待我军赶到，协同歼灭之。”同时，二野前委电示边委和陈赓部:鉴于第八军、第二十六军均向昆明迫近，“你们应即令各部各就现态势分头集结兵力，靠近并监视”，如其确实进攻昆明时，“则应从各方面予进攻者以有力打击（伏击和对侧背袭击尤要），以策应卢汉并通知之。同时乘势将敌退越南的一切可能的道路完全控制和截断”。19日，刘伯承、邓小平联名致电卢汉，鉴于李弥、余程万率部进犯，此间已在滇解放军转滇南部队协个旧专员所部，截击企图南逃之匪部。

12月30日，刘伯承、邓小平电告卢汉:一、成都周围被围的胡宗南等部共20余万人，主力已于27日在新津、蒲江、邛崃地区被歼。余部或放下武器，或临阵起义，成都即告解放。二、对李弥、余程万两部，“请策动其起义转到人民方面来，我们极表欢迎”。

可是，卢汉于12月30日致电刘伯承、邓小平，无奈地表示:策动李弥、余程万两部起义之事，经多方设法，迄今尚无确切表示。现两部正集中于开远、蒙自、个旧一带。综合近日各种迹象，该两匪部尚无起义诚意。十多天以后，卢汉又致电刘伯承、邓小平提出:鉴于李弥、余程万两人已离开滇境，并与台湾蒋匪暗中联络，继续充任他的爪牙。兹为对顽固的反动分子坚决执行惩处计，拟请准予将两人军政委员名义撤销。

刘伯承、邓小平为了争取李弥、余程万并进一步教育卢汉，遂复电相告:我解放大军之由桂入滇部队先头已正向第八、二十六军迫近中，所拟撤销李弥、余程万两人军政委员会名义一事，请暂缓实施。不久，又电告卢汉:“拟请贵部即以不少于三个团的兵力协同我朱家璧部经峨山向墨江攻击前进，配合陈部合歼敌匪，如能以汽车输送部队，则收效更大。”卢汉电复:起义之四个团，于上月底即已与朱家璧商定归他指挥。刘伯承、邓小平对起义后的卢汉很信任，不断地把西南战况向他通报。12月23日，他们电告卢汉，“胡匪逃往西昌和西康之退路已被我全部截断”。宋希濂于19日“被我生俘”，“请适时派队相机追击南逃之敌，我已分令滇南地方解放军破坏道路并向南逃之敌施行截击。重庆机场被敌破坏，正修理中，待可用时当奉告”。

1950年2月20日，卢汉致电刘伯承、邓小平，主动提出:云南自去年12月9日起义以后，为便于处理过渡期间军政事务起见，曾经暂组云南人民临时军政委员会，“原系暂时性质，即应撤销。停止行使一切职权，准备移交”。卢汉最终完全站到了人民方面。

1950年元旦，二野向全国各战略区党政军民发出“感谢支援电”，赞扬并感谢兄弟部队在协同入川入黔作战中发挥的积极作用

在重庆，经中共西南局常委办公会议决定，以刘伯承、邓小平、张际春、李达暨第二野战军全体指战员名义，于1950年元旦向全国各战略区党政军民发出“感谢支援电”。电报高度赞扬并特别感谢“四野四十七军、五十军、四十二军，鄂独一、二师及工兵部队，在协同入川入黔的作战中，表现了吃苦耐劳、英勇奋斗和守纪律的模范”。第一野战军第十八兵团在贺龙率领下神速前进，是西南战役迅速完成、敌主力胡宗南部被迅速歼灭的“主要原因之一”。可以说，“西北党政、人民和一野兄弟们在协助西南解放和干部的援助上尽了极大的努力”。

在解放大西南中，二野与四野开展了密切配合。1949年10月下旬，四野为将宋希濂部就地歼灭在鄂西或乌江以东地区，保障野战军主力进军广西侧后安全，并配合二野进军西南，决定以位于湘鄂西地区第四十二军一部、第四十七军主力、第五十军及湖北军区独立一、二师共9个师的兵力，发起对宋希濂部的作战。

在部队向湘西开进途中，邓小平于9月10日起草、签发了和刘伯承、张际春、李达联名的四A电报中，通报了二野第三、五两兵团行进时间、路线之后，提请四野首长林彪、邓子恢、萧克、赵尔陆等依据华中作战情况，电告两大野战军相互配合时的四个问题，“以便通知三、五两兵团注意”。为防止开进中“发生拥挤和交叉运动”，达成作战配合的要求，电报建议:“二野在通过华中地区时的作战事宜，统归四野首长指挥，以求一致，此点请军委决定。”最后，军委批准了这个建议。