即使明成祖朱棣的子孙后代也认为建文帝的下落是个谜。明神宗朱翊钧就是一例。他即位伊始，曾下诏为被杀的建文朝大臣建祠庙祭祀，并颁布《苗裔恤录》，对他们的后裔给予抚恤。看来他对被明成祖赶下台的建文帝颇有一点追怀敬仰之情。万历二年十月十七日，他在文华殿与内阁大学士们谈起建文帝的事，提出了一个思虑已久的问题:听说建文帝逃亡，不知真伪如何？再次提出了明朝的第一号无头公案。内阁首辅张居正如实回答:我朝的国史没有记载这件事，听前朝故老相传，说靖难之师进入南京城，建文帝化装逃亡。到了正统年间，有一个老和尚在云南驿站壁上题诗一首，有“沦落江湖数十秋”之句。御史召见此人询问，老僧坐地不跪，说:我想叶落归根。查验后才知道是建文帝。张居正的这一说法，记载在《明神宗实录》，与祝允明《野记》所说大体相同，可见在明中晚期，关于建文帝的下落已经不再忌讳，事实的真相逐渐明朗。

看来，明人野史关于建文帝逃亡生涯的记载，并非向壁虚构。不妨将其始末简单勾勒如下。

建文四年六月，建文帝得知南京金川门失守，长吁短叹，想自杀以谢国人。翰林院编修程济说，不如出走流亡。少监王钺跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一个宝匣，并且交代说，如有大难，可以打开。众人一起赶到奉先殿左侧，打开这个红色宝匣，但见里面有度牒三张，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。第一张“应文”度牒写着:“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”程济立即为皇上剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。吴王教授杨应能表示愿意剃度，随帝流亡；监察御史叶希贤毅然说，臣名贤，无疑就是“应贤”，也剃度改装随从。当时在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要随从流亡。建文帝说，这么多人一起行动，势必引起怀疑，决定由九人陪他前往鬼门，在神乐观乘船至太平门。少顷，杨应能、叶希贤等十三人赶来。一行二十二人开始了流亡生涯。建文帝交代，今后互相以师弟称呼，不必拘泥君臣之礼。兵部侍郎廖平建议，随从不必多，更不可多，挑选没有家室之累又有膂力五人足够，其余遥为应援。当场决定杨应能、叶希贤称为比丘，程济称为道人，这三人左右不离建文帝；其余六人往来道路，运送衣食。第一站来到吴江县的史彬家中。八月十六日，建文帝与两位比丘、一位道人同行，其余人等星散。十月，来到襄阳的廖平家。获悉跟踪者也已到此，大家商议后便决定前往云南。

明成祖派遣户科都给事中胡前往西南地区，打着探寻道教宗师张三丰(即张邋遢)的幌子，其实是为了侦查建文帝的下落。消息传来，建文帝决定遁迹深山。

永乐八年三月，工部尚书严震以出使安南(即今越南)的名义，至云南秘密探访建文帝的踪迹。某一天，严震偶然在云南道中遇到建文帝，两人相对而泣。建文帝问他:你准备怎么处置我？严震回答:皇上请便，臣自有办法。夜间，严震自缢于驿站。建文帝见踪迹暴露，再次躲进白龙山。

长期的野外生活，使得他身心疲惫，颜色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被发现，不敢出山觅食、求医，狼狈到了极点。这时史彬等三人赶来，境况顿时改善。几天后，三人离别，抱头痛哭一场。建文帝交代，今后不必再来，一则道路艰险，二则关津盘查严密。

永乐十年三四月间，一直随从建文帝的杨应能、叶希贤相继病逝，建文帝收了一名弟子，赐名“应慧”。永乐十四年六月，建文帝足疾发作，程济进城觅药，才得痊愈。这使建文帝感到危机时时迫近，便口述流亡的经过，由程济笔录，写成《从亡传》，建文帝亲笔写了序言，命程济藏于山岩中。此后几年，建文帝奔走于云南、贵州、四川之间。永乐十八年十月，在程济的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，赋诗一首，其中两句为:“登高不待东翘首，但见云从故国飞。”流露了他此时此地思念故国的复杂心情。

永乐二十二年二月，建文帝东行。十月，在旅店遇到史彬。史彬关切地问起道路起居，建文帝说:近来强饭，精爽倍常。于是同史彬下江南，回到吴江史彬家中。这时史彬的从叔祖史弘从嘉兴赶来，在客堂见到老和尚，问史彬:大师从何而来？史彬不答。史弘把史彬拉出，说:此建文皇帝也。史彬矢口否认，史弘说我曾在东宫见到过，是我的救命恩人。史彬只得如实相告。史弘顿首后，哭泣着询问近况。建文帝说:赖各位从亡者给我衣食，得以周旋于险阻之间。二十年来，战战兢兢，今日想来，可以终老了吧！随后在史弘的陪同下，游览天台山，到宁波渡莲花洋。