清政权入关后，受中原伦理观念影响，对皇室的近亲婚配和乱伦婚配逐渐限制。康熙朝规定:阅选秀女时，秀女中属后族近支或母族属爱新觉罗之女的，应当予以声明。嘉庆朝规定:挑选秀女时，属皇后、皇贵妃、妃嫔亲姐妹的，加恩不予挑选。规定归规定，实际上近亲婚配和乱伦婚配依然存在。顺治帝娶一等侍卫佟国维的姐姐佟佳氏为妻，佟佳氏所生第三子即康熙帝玄烨，她后被尊为孝康章皇后。后来，康熙帝娶佟国维的女儿为妻，她就是孝懿仁皇后；孝懿仁皇后的一个妹妹也嫁给了康熙帝，后被尊为惇怡皇贵妃。这就是说，康熙帝娶了两个同父表妹为妻。佟国维对于康熙帝来说，既是亲舅舅，又是岳父大人。到了晚清，光绪帝同时娶原任侍郎长叙的两个女儿他他拉氏为妻，姐妹俩分别被封为瑾嫔和珍嫔。此类现象还有不少，上述仅是其中两例。

女真(满族前身)初兴时期仅三万人，蒙古则有四十万铁骑。弱小的满族要实现扩张雄心，奉行满蒙联姻，不失为高明之举。金国大汗、大清国皇帝、王、贝勒等贵族娶蒙古女子为妻，又将自己的女儿嫁给蒙古王子王孙，其间夹杂着严重的近亲婚配甚至乱伦婚配，如此相袭，亲上加亲，有的因姑侄同嫁一人，亲到了扯不清伦理的地步。满蒙联姻的结果，带来了灭亡明朝、入主中原的辉煌胜利，同时，近亲和乱伦婚配又伏下了满洲皇族毁灭的因子。

综观清代皇帝，总体上越到后来生育能力越差，所生子女早夭比例越高。

开国皇帝皇太极(崇德帝)，享年五十一周岁，可查的有名分的后妃十五位，仅以此十五位后妃为计算依据，她们和皇太极生了十一个儿子、十四个女儿。十一个儿子中长到十六虚岁以上的成人共七位，四个早夭；十四个女儿中十三位长到十六岁以上，只有一位十五岁死去，子女早夭的比例为20%。