大清国开国皇帝皇太极及其儿子顺治帝的婚配，都是典型的近亲婚配或乱伦婚配。建州女真的领头人努尔哈赤，为统一女真各部落，娶蒙古科尔沁贝勒明安的女儿为侧妃，开与蒙古部落联姻之先河。后来，他的四个儿子都娶蒙古女子为妻。尤其是他的第八子皇太极，为了对付强大的明朝，积极推进满蒙联姻。皇太极改国号为“大清”后，册封的五宫后妃都来自蒙古博尔济锦家族，其中三位漂亮的后妃论辈分乃是姑侄。

先是姑姑博尔济锦氏于明万历四十二年(1614年)嫁给时为贝勒的皇太极，后尊称为孝端文皇后，生了三个女儿；接着，天命十年(1625年)春，她的年仅十三岁的侄女又嫁给当时仍为贝勒的皇太极，后被封为永福宫庄妃，生了顺治帝福临，还生了三个女儿，后被尊为孝庄文皇后；之后，天聪八年(1634年)，她的另一个二十六岁的侄女，也就是庄妃的亲姐姐，也嫁给了继承汗位多年的皇太极，被封为宸妃，生过一个两岁即夭的儿子。

有人统计，皇太极在位期间，满洲贵族仅与蒙古科尔沁部联姻就达十八次之多。皇太极之子顺治帝与其父亲一样，也是近亲婚配或乱伦婚配:孝庄文皇后的两个侄女，都嫁给了顺治帝，一个封为皇后(即孝惠皇后，后被废降为静妃)，另一个封为淑惠妃，顺治帝娶的这两个妻子，是他同一个亲舅舅的两个女儿，都是他的表妹；后来，孝庄文皇后的一个侄孙女，又嫁给顺治帝为妻，后被封为孝惠章皇后。这就是说，顺治帝不仅娶了两个表妹，还娶了表侄女为妻。而从蒙古科尔沁部首领莽古思的角度来讲血缘伦理，他将女儿(孝端文皇后)嫁给了皇太极，又将两个孙女(孝庄文皇后、宸妃)嫁给了皇太极，后又将两个孙女(静妃、淑惠妃)、一个曾孙女(孝惠章皇后)嫁给皇太极的儿子顺治帝福临。

为了增进与强大的蒙古部落的联盟，金国大汗、大清国皇帝、王、贝勒等贵族不仅娶蒙古女子为妻，还把自己的女儿嫁给蒙古王公贵族。清国初创时期，大清国第一帝皇太极，将长女至四女几个十二三岁以上的女儿，都嫁给蒙古各部落的王子王孙。其中，三女固伦端靖长公主、四女固伦雍穆长公主，嫁给孝端、孝庄两位皇后的娘家子孙。其他几个女儿在皇太极死后出嫁，多数也嫁给了蒙古王孙公子。至清政权入关中原后，北不断亲，加强与蒙古各部落的政治联姻，仍为历朝清帝奉行的基本国策。这里边，也存在着近亲婚配甚至乱伦婚配。