同年11月，孔祥熙免兼财政部长，由俞鸿钧接任，但是，他的行政院副院长一职则仍然未变。22日，傅斯年致函蒋介石称：“昨读报纸，知政府局部改组”，“闻此消息，如闻打一大胜仗，两夜为之不眠，友朋中有为之泣涕者”。但是，傅斯年也指出：“以目下最低之需要论，似尚有一著，留而未下。若下，则此次改革之效至为彰明；不下，恐此次改革之分量减少甚多矣。”傅斯年明确表示：此著，就是孔祥熙还当着副院长。函中，他竭力说明，当时整理财政的急务是：整理税收、惩治贪污、增加效能、更易首长、清理大事件，孔祥熙副院长一职不变，俞鸿钧有职无权，将无法工作。

1944年末，傅斯年致函蒋介石，于外交、内政多所建议，在内政部分，傅斯年再次提出高级官员经营商业，利用政治力量为自己谋利等严重问题，认为其危害远过于直接性的贪污。他把这种情况，称之为“失官箴”。函件说：

欲矫下层之弊，仍必先澄上层之源。上层之弊，未可直言其贪污，然失官箴之处，则甚矣! 以影响论，直接性之贪污，为害固远不逮间接性之失官箴。
傅斯年举例说：孔氏家族开办的“祥记公司”的招牌已高挂重庆林森路多年。又如中国农民银行挂牌出售黄金，一般人买不到，而孔氏家族经营的裕华银行却得以大量购进，高价售出，“此一波折，国家失去不少黄金，裕华得数万万元之净益”。傅斯年由此不点名地批评孔祥熙包庇下属，竭力掩护。他说：“往事不待论，今财政部正有若干重大地方机关舞弊事件，一本其‘大事化小，小事化无’之原则处理之。”

函中，傅斯年要求“裁并一切骈枝机关”，特别强烈要求“彻底禁止官吏及其家属兼营商业”。函末，傅斯年提出：人事改革为事业改革之本，要求蒋介石抓紧时机，“以人事之改革一新中外之耳目，而以事务之彻革随之”。

这回，傅斯年等人的意见起作用了。1945年5月，蒋介石决定另觅行政院正副院长人选。 5月31日，国民党六届一中全会根据蒋介石提议，选举宋子文、翁文灏为行政院正副院长。

穷打猛追，揭发贪污大案

孔祥熙丢掉行政院副院长一职，犹如冰山崩塌。1945年7月，傅斯年出席国民参政会四届一次大会，进一步提出国库局贪污案，导致孔祥熙最后失势。

1943年，财政部将“1942年同盟胜利美金公债”交中央银行国库局分发各地银行发行，总额美金1亿元，折合国币20亿元。1943年10月15日，财政部函知国库局停售该项债票，所有未售出的债票约5千万元，悉数由中央银行业务局购进，但国库局局长吕咸及熊国清等人却在孔祥熙的支持下，利用职权，以低价套购，谋取暴利。据估计，贪污数达国币26亿4千7百余万元。1944年春，国库局的几个青年人多次向重庆国民政府某机关密告，某机关虽然派人调查，却查而不办。在此情况下，他们便向参政员求助。

在参政会上，傅斯年就此案作了口头质询，另一参政员陈赓雅即以准备好的一份提案相示，其中数目、证据具在，要求大会讨论，送请政府严办。傅斯年遂立即签名，领衔提出。