孔祥熙是蒋介石的连襟，其特点是“以领袖之意志为意志”，一切惟蒋之命是听，因此，深得蒋的喜欢。傅斯年上书之后，孔祥熙曾于4月25日上书蒋介石，要求辞职，但为蒋慰留。

傅斯年等联名上书，多方面说明孔祥熙不能担任行政院长

第一次上书无效，傅斯年不肯罢休，酝酿再次上书。不过，这一次不是个人行动，而是与人联署了。

1938年7月6日，国民参政会第一届大会在武汉召开，傅斯年被聘为参政员。会前，傅斯年即积极活动，制造倒孔舆论。孔祥熙听到风声，在参政会报告时特别卖力，企图讨好参政员。但是，傅斯年等仍于7月12日致函蒋介石，从才能、信望、用人、友邦观感等方面，条分缕析地论证，孔祥熙不足以担任行政院长一职。函称：

第一，就中国官场应付技巧言，孔祥熙可称超群的上等人才，然而，对建设近代国家、主持大政的良规大义，却毫无所知。

第二，孔祥熙纵容夫人、儿子聚敛金钱，奢侈、豪华，“实为国人所痛恶”。

第三，孔祥熙用人唯亲，凡山西同乡及旧时同僚，都优为安插。

第四，孔祥熙国际舆论不佳，难以得到援助。

第五，孔祥熙以孔子后裔自负，而“持身治家”，每多“失检”。

函件最后，傅斯年等要求蒋介石为抗战前途计，“审察事实，当机立断”，免去孔祥熙的职务，以慰四海之望。

蒋介石事前就知道傅斯年在酝酿联名上书，很不高兴。书上，自然没有结果。

第三次上书，52人联名，向孔祥熙发动猛烈进攻

1938年10月，广州、武汉相继失守。28日，国民参政会第一届第二次会议在重庆召开。

会前4天，在国民参政会谈话会上，傅斯年等发表激烈的抨击孔祥熙的谈话，得到多人同情，于是，决定再次联名上书蒋介石，继续讨孔。会议推7人起草。同月27日定稿。

函件要求严格考核国家要员的功过与声名，分别晋升或罢退。函件特别严厉地批评了抗战以来的外交和财政，认为所有“迟缓、疏忽、懈怠，以及人事纠纷”等等问题及其损失，都在于有关官员的不称职。函件最后将责任归结到孔祥熙身上：

即如行政院长之大任，在平时已略如外国之首相，在此时尤关于战事之前途。若其人一切措施不副内外之望，则国家之力量，因以减少者多矣!