晚年的蒋介石夫妇

蒋介石在台湾（野餐）

蒋介石得知廖文毅在日本组织了“台独政府”，极其愤怒，多次指示蒋经国注意该组织的动态，并采取措施进行狠狠打击。由于廖文毅“台独”组织的总部及主要成员不在台湾岛内，逮捕不太方便，蒋介石和蒋经国决定用软硬两手打击该组织：一面公开号召该组织成员主动投诚，并派特工到日本，打入廖文毅的“台独”组织内部进行策反；一面对其在岛内的同伙进行严惩，没收其所有财产。

根据蒋氏父子的指示，台湾“调查局”局长沈之岳曾数次到日本，对廖文毅“台独”组织的主要成员进行跟踪、策反。经过艰苦努力，“调查局”的特工成功策反了“台湾民主独立党”的中央委员陈哲民，然后以陈哲民为突破口，陆续策反了10余名“台湾民主独立党”的中央委员。

蒋介石的攻心战术令廖文毅惊慌失措，他派了一名杀手潜回岛内，企图通过暗杀蒋介石使自己摆脱困境。谁知杀手行动败露，行刺未果反而被台湾特工人员盯上，杀手虽然成功地逃回了日本，但仍难逃一死，最后神秘地暴尸日本街头。这件事使廖文毅意志更加消沉。1965年5月，经过国民党当局的多次工作，廖文毅终于放弃独立主张回到台湾。此后，“台湾民主独立党”群龙无首，渐渐萎缩，少数死硬分子后来又成立了一个“台独”组织，但却难以为继，最后自行解散了。“台独”势力也因此遭受重大打击。

在台湾光复后的40多年时间里，蒋介石父子用铁腕手段打击“台独”组织，使“台独”势力在两蒋当政期间始终未能在岛内掀起大的波浪。