然而，新党历经1995—1996年的发展，便因政治诉求失焦、内讧不断等原因逐步陷入泡沫化的危机。

一是诉求失焦。高举“反台独、反黑金、反李登辉”大旗的新党，在成立之初吸引了大批“反李、反台独、要求统一”的选民支持，并在1995年第三届“立法委员”选举中一举夺下21个席位，成为“立法院”中的关键少数。但是1997年后，为了拓展中间票源，新党主要政策出现混乱，如为了凸显关键少数的作用与民进党在“立法院”进行“策略结盟”的举动，使其反“台独”的色彩有所减弱。新党“10人小组”于1998年2月提出所谓的“一中两国”概念，引起党内有关两岸政策的路线之争，使新党的支持者无所适从。

二是内讧不断。在复杂多变的政治形势面前，新党一再出内讧，不仅创党元老之间因权力分配不均而矛盾逐步公开化，创党元老与新生代之间由于从政经历以及党内地位不同也不断产生矛盾。互相叫骂式的内斗使新党团结、清廉、战斗力强的政党形象大打折扣，一些原先对新党抱有希望的支持者也开始由希望变为失望，逐渐回流国民党。新党的民意支持度也逐年降低，由1996年的10%逐步下滑到1999年的3%—4%。

三是票源流失。在2000年3月举行的“总统”选举中，新党在“反扁恐独”的心理下，公开号召新党的支持者全力支持独立参选人宋楚瑜。以宋楚瑜为党主席的亲民党成立后，不仅新党的部分公职人员为了政治出路等原因，纷纷投靠亲民党，新党苦心经营的选票与地盘也有全盘被亲民党接收的危险。亲民党为了自身的发展，不断争取新党优秀人才，进一步加剧了新党的泡沫化危机。

总之，新党的出现，是李登辉制造国民党内恶斗的结果，是国民党分裂、全面走下坡路的开始。