李登辉不仅支持“台独”势力返台活动，而且还于1991年5月17日取消了打击“台独”的法律依据“惩治叛乱条例”和“刑法第100条”。“台独”势力向岛内转移，两股“台独”合流，与李登辉为代表的国民党当局的纵容密切相连。正是李登辉的“独台”主张，成为内外“台独”势力合流的大背景，成为“台独”势力和民进党进行“台独”活动的大前提。

“台独”势力在岛内立足后，政治影响和实力有所扩张，“台独”主张日益公开化。民进党是由“党外运动”发展而来，在“党外运动”高涨时期，“台独”是非法组织，以“基督教长老教会”为代表的“暗独”组织提出“住民自决”，“坚决主张台湾的将来应由台湾1700万住民决定”。当时的一些“台独”分子以“争民主”为名同时兜售“台独”理念，呼应“基督教长老教会”的主张。1986年9月28日民进党成立后，在“党纲”中宣称接过“住民自决”的口号，声称“台湾的前途应由台湾全体住民，以自由、民主、普遍、公平而又平等的方式共同决定”。在当时社会背景下，“住民自决”成为分裂分子鼓吹“台独”的主要口号。

随着李登辉推动“宪政改革”的进程，“台独”组织合法化、“台独活动”公开化的深入，民进党很快把“住民自决”发展为“独立建国”。在1988年4月17日民进党第二次代表大会临时会上，通过的“4·17决议文”声称两岸间只要有不符合民进党政治主张的情况出现，“台湾应该独立”。1990年10月，民进党在“第四次代表大会第二次会议”通过的“1007决议文”公开主张，“我国（即台湾）事实主权不及于中国大陆及外蒙古”。在次年8月和10月，民进党借“人民制宪会议”提出“台湾共和国宪法草案”，借第五届代表大会通过“台独党纲”，声称“基于国民主权原理，建立主权自主自立的台湾共和国及制订新宪法之主张，应交由台湾全体住在李登辉的纵容下，“台独”活动日益猖獗民，以公民投票选举决定”。民进党在这里不仅提出了“独立建国”的目标，还提出了完成的方法，即“公投民进党成立后，发展迅速，成为国民党执政的最大威胁台独”。

“台独党纲”出笼后，引起台湾民众的疑虑，深恐民进党将两岸带向战争的边缘，导致民进党在多次重要选举中受挫。在接连几次败选的打击后，民进党开始对“台独党纲”进行淡化处理。1995年上半年，民进党内“务实台独派”公开提出要修改“台独党纲”。同年9月13日，时任党主席的施明德在美国公开宣称“台湾是主权独立国家，民进党若执政，不必也不会宣布台湾独立”，标志着民进党由主张“建立新而独立的国家”转变为鼓吹“维持现状就是独立”的“事实台独”，企图“借中华民国之壳，行台独之实”，具有极大的欺骗性。1998年7月，针对克林顿总统在上海提出“新三不政策”，民进党中常会发表“七点声明”声称：“台湾为一已经独立的国家，任何改变台湾独立现状的要求，都必须由全体台湾住民以公民投票的方式加以认可。”民进党在这里不仅是对“事实台独”的肯定，还提出如果要突破“事实台独现状（或者理解为如果在现在已经‘台独’的基础上实现两岸统一）”要通过“公民投票”，即“公投统一”。这一口号，成为民进党的基本政治主张。