岛内外“台独”合流，是80年代末和90年代初“台独”势力和民进党的重要活动之一。李登辉和台湾当局对“台独”的政策，由蒋家父子时期依法制裁转向“宽让和忍让”后，海外“台独”分子纷纷突破国民党当局“出入境黑名单”的控制回台，组织“台独”活动。

“台独”势力为实现向岛内发展计划，1986年11月14日，民进党海外组织代表团公开闯关回台。1988年8月19日，“世台会”第15届年会在台北县召开，与民进党联手举行“台湾人之夜”活动，这次会议是岛内外“台独”势力“大合流”之始。次年“世台会”在高雄召开第16届年会，“会长”李宪荣偷渡回台。1989年9月28日，许信良由福建外海偷渡入台，但被判刑6年8个月。1989年底“独盟”副主席郭倍宏突破黑名单的限制，闯关潜入台湾，造成当时风靡一时的“郭倍宏旋风”；1991年10月间“独盟台湾本部”成立，郭被推举为“第一副主席”。

1990年6月28日，李登辉建议的“国是会议”召开。他邀请“台独”代表人物彭明敏、陈唐山、蔡同荣等参加会议，这无疑是宣布已经放弃对“台独”人物的制裁，等于宣布“台独”势力可以返台活动参政议政。对李登辉的“恩赐”彭明敏并不领情，以“政治目标不一致”为由，拒绝参加会议。1991年10月，“独盟台湾本部”成立，“独盟主席”张灿被推为第一任主席。12月间他闯关回台，以“叛乱罪”被捕，时隔不久张被释放，活跃在“台独”阵营和台湾政坛。“独盟”在台“现身”，公开成立组织和公开活动，可以说海内外“台独”合流已经完成。

1990年11月起，岛内的“台独”团体召开多次沟通会议，决定联合起来，在“分进合击”的原则下，推动“主权独立运动”。海外“台独”组织在施明德出面召集下，于1990年11月进行了几十年来海外“台独”组织的首次大整合。与此同时，岛内外的“台独”势力又于1991年3月和6月，分别在马尼拉、日本千叶进行了两次“海内外乡亲恳谈会”，联手推动“台独”运动。在马尼拉会议上，各种“台独”势力明确决定“帮助民进党发展”，“力促民进党成为台独主力”。1992年“台独联盟”提出“独盟应在民进党之下推动台独”，在此原则下，海外“台独”组织的重要头目大多加入民进党。“独盟主席、副主席、秘书长”等人已为民进党员，“独盟”成为民进党内主要派别之一。“台湾民主运动海外组织主席”许信良即两次出任民进党主席；“台湾人公共事务会”的核心成员蔡同荣、杨黄美幸、谢聪敏等人成了民进党的骨干分子。