新华澳报发表评论文章称，国民党党主席选举日益迫近，马英九兼任党主席的态势，似也越来越明朗。一旦成为定局之后，马英九同时执掌“国柄”和党权，对国民党生态，将有深远的影响，对台湾政局，也可能产生重大改变。

国民党迁台以来，一直采取以党领政，党魁就是“国家元首”，从蒋介石、蒋经国到李登辉莫不如此，只有严家淦例外。二○○○年政党轮替，连战接任党主席，国民党既失掉政权，也就没有“总统”兼任党主席的问题，直到去年五二○，这个问题才再度成为舆论焦点。不过，马英九在竞选期间，对于“总统”兼任党主席，始终兴趣缺缺，如今可能会做改变，据他自己的说法是“有助于施政的顺利推动”；外界则解读为马英九想要完全主导两岸政策，并直接掌握党机器和“国会”系统的力量。

若加分析，马英九态度上的转变，不外以下原因:其一、“监察委员”及“考试委员”同意权行使过程，部分被提名人遭国民党籍“立委”封杀，甚至连“考试院长”人选都被否决；其二、刘“内阁”上任后首次编列的总预算案，在国民党拥有七成席次的“国会”中，竟然还要召开临时会才能通过，这对马当局的威信是一种伤害，马英九难免认为党中央与“国会”党团应有互动顺畅的纽带；其三、苗栗补选的失利，大安区补选的险胜，使马英九觉得有整合基层的必要；再加上国共论坛，成果卓著，有时却有脚步过快的疑虑。

严格说来，马英九兼任党主席，其实利弊参半。举例来说，兼任党主席之后，可以充分掌握两岸政策的主导权，但“总统”直接站上第一线，反而可能失去回旋的空间，国共平台也难以发挥缓冲功能，甚至每年两党领导人会面，都会产生变量；党政同步，固然可使政务顺利推动，但当局的施政缺失，“总统”就必须完全承担；“总统”主导党机器后，可折冲党提名作业，但选举如果不理想，党主席免不了被人责难；“总统”掌握提名权，可使党籍“立委”不敢造次，惟“国会”运作、“国会”形象及议事效率，党主席也都必须负起责任。

尽管如此，我们认为“总统”兼任党主席，在此时此地，实在是不得不然，也确实有其必要，因为党政分离必然会有嫌隙。党政合一才能确保运作顺畅。以马英九崇尚法治、尊重制度的个性，即使兼任党主席，也绝对不会重蹈威权时代的覆辙。

令人扼腕的是，国民党内部出现一些碎言碎语，或对马英九的动机有所揣测；或对吴伯雄主席的去处大作文章；或对马吴之间的关系造谣生事。媒体据以扩大报导，外界乃怀疑党内有人刻意放话，使严肃的党政制度问题，变成充满权谋的政治算计，对吴主席固然不公平，对马英九及国民党也造成极大的伤害。

马英九是否兼任党主席，当然可受公评，其利弊得失，也见仁见智。不过，我们深信马英九和吴主席，会从“完全‘执政’，完全负责”的思维出发，而非考虑个人之私，更不会计较权位。