陆征祥之所以将王正廷列为第二位，一方面是欣赏王正廷的才干，另一方面也是为了对外显示中国统一的缘故，避免像代表名额那样再受日本挑唆，渔翁得利。然而，陆征祥别具匠心的安排却遭到了北京政府的反对。收到陆征祥的电报后，北京政府以大总统徐世昌的名义发布命令，将代表顺序调整为陆征祥、顾维钧、王正廷、施肇基、魏宸组。这一调整明确的传达了对广州军政府的不信任，成为日后代表团内部磨擦不断升级的导火索。

2月20日，对调整顺序不满的施肇基首先向陆征祥发难，逼他拿出总统更改排名的密电，并指责他出尔反尔，说了假话。委曲求全的陆征祥不得不眼泪汪汪地拿出电报方才了事。顾维钧见势不妙，以健康不佳借机离开。王正廷则火上浇油，指责顾维钧“幕后操纵，想名列第二”。第二天，北京政府为平息这场风波，致电代表团承认上次更改系临时更定，最终仍以陆征祥报送大会的次序为准，排名问题才得以解决。但此时，代表团内部已经分裂为两派，一派同情陆征祥，一派支持王正廷、施肇基。两派的矛盾仍在继续升级。

顾维钧在其回忆录中记录下了3月初一次会议上极富戏剧性的情景:

“通常长桌上首给会议主席陆总长留有一个座位。可这次我看那儿放着两把椅子……施斌先生（新任代表团秘书长，系由王正廷安排进来），讲赵麟荪（王正廷的私人秘书）告诉他，王正廷代表南方，如同陆总长代表北方一样，既然地位相当，就应像联合主席那样并排就坐。”而更有趣的是，“大家步入会议室时，陆总长对这样的座位安排皱了皱眉头，但是他在紧靠着我的左侧椅子上平静的坐下。而王正廷却神态庄严地走进门来，坐在右侧椅子上……王正廷博士竟无所顾忌地宣布开会，并且要求听取汇报。会议进行中，王正廷得寸进尺地把肘部向左侧挤去，每挤一次，陆总长便不得不挪让一次，直至最后离开桌子，坐到我这一边来了。”受其刺激，陆征祥于3月7日晚独自出走，不知去向，立即在代表团里引起一场轰动。

陆征祥去了瑞士，他以生病为由向北京政府提出辞职。在获知事情真相后，北京政府电令代表团，授予陆征祥决定任何问题之权利，而其他代表概不能以个人名义对外擅自发表言论，这场针对陆征祥的磨擦才略微缓解。然而，王正廷并不善罢甘休，竟然杜撰一则顾维钧即将与曹汝霖女儿结婚的假消息发往广州，旋即见诸各大报端，一度在国内掀起轩然大波。因为南北对立而引发的内部磨擦时起时伏，一直持续到和会结束，严重干扰了代表团的正常工作。

公理梦碎

除了无休止的内部斗争，陆征祥还要面对代表团内部的观念分歧。

尽管北京政府和陆征样不愿将山东问题诉诸大会，但由于山东问题是对中国主权危害最大、中国人民又期待甚殷的焦点问题，而出席和会的中国代表团中以顾维钧为代表的亲美派从未放弃将山东问题提交和会的努力。

1月21日，顾维钧等人在陆征祥缺席的情况下作出了废除“二十一条”，直接收回德国在山东特权的决议。陆征祥得知后，不得不向代表团通报，中日两国已在1918年秘密签署山东问题换文，阻止了顾维钧等人主动提出山东议题的要求。

然而，陆征祥信守中日秘密协定的努力并没有换来预期的结果。1月27日，日本代表在“十人会”上悍然提出要继承德国在山东一切权益，而对“交还中国一层，一字不提”。直到此时，陆征祥才彻底看清了日本妄图吞并山东的侵略意图。

由于对日本的突然袭击毫无准备，陆征祥不得不称病回避了这次会议，而让代表团自行决定赴会人选。这才出现了施肇基拒绝出席、王正廷不愿发言的尴尬局面。