但是对于陈焕章而言，证明了孔教是一种宗教，只是其理论建构的第一步，关键在于他还必须还击科学主义者对于宗教的攻击。在启蒙运动之后，宗教在西方社会的地位也日趋衰落，而在科学主义和进化论的理论模式中，宗教代表着迷信和落后，在这种背景之下提倡孔教显然有点不合时宜。因此陈焕章接下来的另一篇重要文章《论中国今日当昌明孔教》，就是要回答这些问题。

自鸦片战争，特别是在甲午战争失败之后，中国人开始反省中国失败的原因，一部分人逐渐开始怀疑作为中国传统之象征的孔教。而民国之后，随着儒家的合法地位的消失，对于儒家的怀疑和质疑之声也越来越高，在这样的社会氛围中，要确立孔子的教主地位，陈焕章首先要批驳的便是将中国的积弱归结于孔教的做法。反之，西方诸国的兴起是由于其内在的精神不自觉地符合孔教的精神，而中国的落后是因为背离了孔教。“欧美之强，亦最近之事耳。其所以强之故，皆暗合于孔教者也。我中国所以积弱之由，实显悖于孔教者也。欧美所以强之故，在养民、保民、教民、通民气、同民乐。”[44]而这些是《论语》、《春秋》、《孟子》等儒家经典的基本内涵。而且孔教对于中国的进步也产生了巨大的作用，如“废封建而免割据之分争；废世卿而免贵族之压制；不立巨子以绝教徒之专横；裁抑君主以重民权之尊贵；学校遍立、选举普通，则人人可徒步而至卿相；分田制禄，口分世业，则人人可得地以养身家；天地之性人为贵，故人权独尊，而奴隶之制废矣；天下无生而贵者，故平等相尚，而阶级之制破矣；轻徭薄赋，尚德缓刑，虽无成文之宪法，而有孔教经义以代之。举凡人身自由、信教自由、言论自由、出版自由、集会自由之属，他国于近世以流血而得之者，吾中国早于二千年前，以孔子经义安坐而得之。”[45]同样，也正是因为孔教会，才使得中国的古老文明能经历数千年而不坠。

孔教在历史的作用如此之大，并不能证明孔教适用于当时的中国，所以陈焕章从个人、家庭、国家、社会等方面进行论证，将孔子思想和当时流行的自由、平等思想和国家主义、民族主义的观念进行了比较，得出的结论是孔教完全适合于今日的中国。

对于个人，陈焕章认为将孔教描述成只注重家庭不注重个人是不正确的，他说孔教是有“自由”精神的。他从《大学》之修齐治平的条目来证明个人是儒家的出发点，因此为自由的确立创造了可能性，但自由不等于“自任”，所以儒家特别强调修身，但不能因此而否定儒家对个人自由的肯定。

对于家庭，陈焕章认为孔教肯定男女平等，“男女有别”不足以否定男女有别，在这里他援引康有为的“大同”、“小康”的观念来化解，指出男女有别只是据乱世的说法，到了升平世、太平世就男女无别了。对于家庭妨碍国家主义观念的看法，陈焕章也认为不尽然。“盖国家之下，不能无家，犹中央政府不能无地方政府也。”[46]即使家族主义发达伤害到国家意识的确立，也不能采取“家庭革命”这样的激进方法来矫正。

陈焕章还对皇权政治下的“君臣关系”进行了重新解释。“孔子之教有君臣一伦。盖凡同事者，皆可名曰君臣也。主其事者谓之君，辅之行者谓之臣。”[47]所以君臣关系被解释成上下级的关系。即使是实行民主的政治体制，也并不妨碍使用君臣之伦这一伦。“中国今日改大皇帝为大总统，诚可谓政治之进化矣。然大皇帝为国家之元首，大总统亦为国家之元首。虽其名号殊、其实权殊，而其为元首则一也。美为民主，而其阁员也用英国尚书之名。法为民主，而其阁员也袭昔日大臣之号。盖君臣之伦，只有进化，而并无绝灭。…且夫君臣之道无损于平等自由之理。”[48]陈焕章还用儒家的民本思想来证明孔教的“重民主义”，他指出专制本身是政治发展的必经阶段，孔教与专制之间并非是一种因果关系。且中国的祸害不在专制，而在于长期受专制的束缚，现在进化为共和，不过是圣法中“随时救民”思想的一种体现。

许多学者说过中国古代只有天下概念，并无现代政治意义上的国家概念，因而也就不能产生建立在国家认同基础上的爱国主义，所以孔教是世界主义的而不是爱国主义的。这在民族主义盛行的近代中国，这显然是一个很大的缺点。[49]陈焕章认为孔子思想中深厚的爱国的情感。“孔子虽重礼让，然一语及救国，则以争为主。盖国之存亡，关系极大，此而不争，诚不可谓忠也。世人每谓孔子多言忠君而罕言忠国，然此条之所谓忠，非忠国而何尽忠于国，争以救国为事，而不许他人之亡我国家，此孔子忠国之义也。”[50]

按陈焕章的说法，孔教对于社会的作用主要体现在（1）朋友之道，（2）博爱之道（3）以财聚人的社会政策[51]（4）慈善事业。

对于孔教的将来，陈焕章的主张显然是基于康有为大同理念而综合了当时流行的社会主义、进化论和平等博爱观念。他所列举的有:

一曰混合全球也。破除国界，《春秋》所谓大一统；《礼运》所谓天下为公也。

二曰变化种色也。改良人种，以同一世界之人类。《论语》所谓有教无类也。至于颜色皆变，乃真可谓同化矣。

三曰大振女权也，女子与男子各各独立，《礼运》所谓天下为公也。