到了一九四五年上半年,抗战胜利在望,未来如何办学,成为上层知识界热议的话题。三月,在中央团部,“邵力子主张党与团分开。如党团经费出自国库,则国民大会成立以后党之经费不能在预算内,而团则最好成为高级童子军,为无党派色彩的。邵意余甚赞同”(日记一九四五年三月二十八日)。数日后,竺可桢又与教育部长朱家骅、中央大学校长吴有训及陶孟和等“谈战后高等教育,余主张大学学术自由,不能用标准化办,课程必须简化”(日记一九四五年四月一日)。显然,竺可桢将学术自由奉为大学之本,而对于将学校政治化的做法却极难接受。他在浙大的一次训话中公开声言:“本人希望学生应埋头求学问,否则从军可也。在学校闹党派,则不特于抗战无益,学校亦不成其学校,故本人主张政党须一律退出学校。”(一九四五年四月二十三日)

抗战胜利前后,各方面要求对高等学府终止战时管束,“恢复常态”,并将之与未来预行“宪政”相连接。一九四五年五月十八日,国民党第六次全国代表大会通过决议:“一、本党在军队中原设之党部,一律于三个月内取消。二、各级学校以内不设党部。三民主义青年团改属于政府,担任训练青年之任务。”(荣孟源主编:《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》下册,932页,光明日报出版社一九八五年版)在战后民主浪涛汹涌澎湃前夕,国民党可谓顺应“舆情”,主动调整,但留下了三青团在学校的尾巴。八月底《大公报》发表题为《教育复员》的社论,提出高等教育应与建国相配合,尤其应注重充实理工科,但大学发展方向不必雷同,那些有名无实的大学一律不许恢复,大学须培养自由研究学术的空气,所有党派退出学校,学生不准加入任何政党云云。竺可桢读罢此文,赞许其中若干主张,但感觉尚不完备,于是赶写《我国大学教育之前途》一文投寄《大公报》发表。他认定:“大学乃社会之光,不应随波逐流。”并引苏东坡诗句“世事浮云变,此心孤月明”,以寄心志。

出于自然科学家的自信与清高,也缘自对国民党观察和认识的不断深入,竺可桢对国民党当局一再拉他入党,并给予中委的做法,初而被动,继而反感,最后甚而尽力抵制。一九三八年五月三十日,张其昀(晓峰)和陈训慈来,“以(陈)布雷函相示,嘱余加入国民党,因上月代表大会后,党中有改组之意,其中有一办法,即拉拢教育界中人入党。余谓国民党之弊在于当政以后,党员权利多而义务少,因此趋之者若鹜,近来与人民全不接近,腐化即由于此,拉拢若干人入党,殊不足改此弊”。他对陈布雷的“好意”并未领受。第二年三月八日,有人带来国民党入党文书请他填写,他表示“至于入党一事容考虑之,但以作大学校长即须入党实非办法也”。此时大学校长必须加入国民党已成“钢性”规定。故而,一九四三年五月十二日,中央训练团来人,“嘱余填入国民党志愿书,现大学校长中,只余一人非党员,而实际余于日前开三民青年团干事监事联席会议时宣誓入团,故实即等于入党。今日填就交去”。其后,他在日记中写道:“余对国民党并不反对,但对于入党事极不热心,对于国民党各项行动只有嫌恶憎恨而已。因余已允于前,故不能不寄此入党申请书。近来党中人处处效法德国纳粹,尤为余所深恶而痛绝。”(日记一九四四年七月十三日)到了一九四八年初冬,国民党重新登记党员,代理教育部部务的次长陈雪屏致函竺可桢。“要余重新登记为国民党党员,关于政治党派,余均不感兴趣。前被选为中央委员实非余意料所及,故虽经(陈)布雷来函,余亦未去登记也。”(一九四八年十一月十一日)

还在出任浙大校长之前,竺可桢对孔、宋家族的专权腐败就十分反感。“今日见《大公报》载财部孔庸之告诫财部人员不得操纵公债,任意买卖。下午晤吴保之,知全系鬼话。财部司员全能操纵公债,盖欲操纵公债之价格必非仅购千元万元所能上下,必也至数千百万,则非财政当局而谁乎?保之又说,财部次长徐堪本一北京时代之财部科长,国民政府成立后,寅缘至银行界。近以为宋蔼龄、孔祥熙做公债投机事,以消息灵通,所赢巨万,为孔宋所信用,遂得为财次并中央委员。新近徐遣一女往美留学,予以六十万元之支票。中国政治之黑暗至于如此,安得不亡国?”(日记一九三六年二月九日)

及至抗战后期的一九四四年,竺可桢尤其留意欧美人士对中国政局的评论,他阅读威尔基《天下一家》一书,摘录其要点谓:“蒋对他那因婚姻而联结的特别家族和那些早年共事的伙伴的忠心是不可变、有时甚至是不近情理的。凡是在重庆待过一下的人无不可以看到:这个年轻的共和国已经形成了它自己的一种行帮裙带关系,它自然而然地使某些人身居高位。”(日记一九四四年七月二十日)他读到美国女作家赛珍珠发表在《生活》杂志上的文章《关于中国问题的警告》,所作节录称:“与蒋介石有关而且包围着他的一些力量,无论从人民或抗战观点看来,都是不好的力量。……在中国更孤立的时候,官僚的势力在增长中。……要去掉弊害,主要官僚的贪污,须先从上层下手。”(日记一九四四年九月十八日)

一九四九年五月解放军进入上海,竺可桢与生物学家秉志(农山)议论起江山易主的变局,他们不禁感叹:“国民党之失,乃国民党之所自取。在民国二十五六年蒋介石为国人众望所归,但十年来刚愎自私,包揽、放纵贪污,卒致身败名裂,不亦可惜乎?”(日记一九四九年五月十六日)可见,国民党的专权腐败,早已使许多知识分子与之离心离德。