不过,在主持校务过程中,竺可桢也曾屡屡遭遇怀疑、责难甚至反对。他上任一年之际,校内便出现所谓“国立浙江大学驱竺团”,张贴《宣言》称:“竺可憎,阳假学者之美名,阴行植党营私之丑计,查有实据者计有九大罪状”,如“任职一年,未成半事”,“广植私人,把持校务”,“哈佛为经,东南(即原东南大学——引注)为纬”,“浪费过巨,入不敷出”等等,甚至称陈训慈实为“太上校长”云云。竺可桢断定乃农学院被免职教员所为,“阅后一笑置之,视若狂吠而已”(日记一九三七年五月十一日)。其时,竺可桢更新引进教员,起用原东南大学同事较多且急,致使外界议论纷纷。竺自己也意识到在此问题上需更加审慎:“余以引用至浙大之东大色彩太重……故在可能范围内不欲再加东大之人。”(日记一九三六年五月二十六日)

抗战爆发后,浙大被迫南迁,最初两年,学校几乎在“长征”途中奔走辗转,先落脚浙江境内天目山区和建德,后移至赣西吉安及泰和,随着战事发展,其后又横跨湖南进入广西宜山地区暂住,待南宁失守,浙大再迁贵州遵义、湄潭,至一九四○年方最终安顿下来。此后六年,竺可桢领导浙大在安全宁静的环境里讲学研究,因而得到长足进步。最初的迁徙跋涉,屡驻屡迁,固然由于战争惨烈,局势变化难测,似也与计划不周、战略眼光欠缺有关。还在江西时,教育部长陈立夫即提议浙大径迁贵州,却未能采纳。迁移终了,物理学教授束星北向竺校长讨要“损失费”,并直言:校长大人“无政治手腕,做事迟疑”(日记一九四○年二月二日)。据传,竺可桢颇为倚重的训导长费巩教授也甚为质疑校长的施政能力。正是在带领学校迁徙途中,竺校长的妻子张侠魂、儿子竺衡染上痢疾,医治不利,先后病故。

浙江大学在抗战前期尚不能与著名国立大学比肩而立,“待遇”方面,浙大教授最高月工资额低于同期的武汉大学。竺可桢表示并“不因此而介意”。

在招生数量方面,浙大渐渐兴盛起来,而学生质量还不容乐观。招考分数低于同期的中央大学,西南联大,武汉大学,川大……所取学生乃中下流也,将来欲陶冶成材,大非易事耳。

浙大的起步(或称转折)应是到达遵义和湄潭以后的六年时间里。谈家桢、苏步青等教授后来追忆这段时光,其留恋之情溢于言表,他们称自己学术事业的高峰期就在此一阶段。到一九四五年春浙大在教育部的“待遇”已有所改善(日记一九四五年四月三日)。一九四八年,中央研究院第一次院士选举结果浙大四人,浙大的学术地位已然上升。到一九四九年初,即竺可桢离校前几个月,浙大的教职员人数较之竺可桢接手浙大之初,师生人数增长了一至二倍。

相对说来,浙大的“家底”并不薄。竺可桢初到学校即发现,用于购置图书仪器的经费每年有五万元之谱,以后又有所增加。抗战初期的大迁徙,浙大尽量迂回避敌,除在广西宜山遭遇日军空袭外,基本保持了元气。因而,自宜山迁移至遵义,竟有二千箱“辎重”随行,除图书(含文澜阁四库全书)外,主要是理工科仪器设备。为完成此次迁移,竺可桢向教育部长陈立夫提出需要三十一万元迁移费。陈谓:北大自北平至昆明只用十一万元,故只能先拨六万元给浙大。竺氏据理申辩:“北大无仪器可运,而浙大则有二千箱之设备也。”(日记一九四○年一月十六日)后来联系贵州省主席吴鼎昌等地方大员,派出汽车编队接运,方顺利入黔。大学的灵魂固然在于教师,而图书仪器设备则是他们施展才能的工具保障。竺可桢深识此理,重视“校产”积累,这未尝不是浙大能够后来居上的一个物质因素。

作为大学校长,竺可桢视野开阔,思虑深远,用他自己的话说,需要“哲学思维”。他对于战争环境下的办学方针与政府动向非常敏感,而内心则坚守作为人类文明成果的共有大学理念。第二次世界大战,两大阵营博弈厮杀,在竺可桢看来,乃是人类社会走向专制或自由的武力较量。在国内,国民党政府曾经效仿德国,推出许多强硬举措,抗战开始后,更以“战时体制”强化管理,在大学内增设党团组织,施行思想控制。这对于视大学为学术净土、自由“飞地”的竺可桢而言,感觉相当郁闷,认为此乃全民抗战不得已的非常之举,绝非“大学常态”,一旦战争结束,就应回复初始,一仍其旧。

一九三九年九月,竺可桢至重庆美专校街一号见陈布雷,谈三民主义青年团问题:“余谓目前国家对于大学教育方针须要确定,不能徘徊于统制与自由二者之间。三民主义青年团组织以后,使学生分为团员与非团员,实非得计。”(日记一九三九年九月四日)同月下旬,他得知“中央大学自组织三民主义青年团后,罗志希对于毕业学生之升任助教等事,以是三民主义青年团为依归,故学生乃分为团员与非团员之两派矣”(日记一九三九年九月二十六日)。显然,他对罗家伦的做法很不以为然。翌年冬,竺可桢又与已转任外交部长的王世杰谈及此类话题:“余询雪艇以中国究向民主抑独裁方向进行,是否独党专政?雪艇谓,此点即蒋总裁本人亦不能答,在训政时期,则为独党专政。”(日记一九四○年十一月二十七日)