从永历五年（1651年，顺治八年）起，王夫之开始了为时40余年的隐居生活。最初十年间，为了躲避清人的缉拿，他流徙不定，在祁、邵间朋友家中踯躅二三年。顺治十一年（1654）移居常宁西庄园，由友人王文俨供给饮食，教授乡人《春秋》。顺治十四年（1657）返回衡阳，由于在张献忠入湘时，他避兵南岳，结识了不少释家弟子，于是长居双髻峰寺院之中，直到顺治十七年（1660），才定居在湘西金兰乡茱萸塘，初造小屋，名叫“败叶庐”，次筑“观生居”。越十二年，再徙石船山下，去观生居二里许，因里人旧址筑湘西草堂，并自号“船山”。在这十年流浪生活中，他吃了不少苦，常宁诸生王祥隆有诗描写这时期工夫之的生活状况：“美人坐清湘，闲吟复长啸。十旬五得饥，体癯容愈少。冠盖时叩门，千金不一笑。道逢衣褐游，风雨怜同调……”有一段时间风声吃紧，他不得不变易姓名，混迹于语人之中。

隐士所屏绝的是与政府方面的交往，并不废一般的朋友往来。王夫之是儒学出身的隐士，他的做人没有狂荡不羁，放浪形骸，使人难以接近。在他的亲属中，幸存者唯有长兄介之，介之居于武水之滨石师岭东耐园草屋，夫之常去看他，恒在夜间，由门生异辇而往，康熙二十五年（1686年）介之以81岁的高龄卒于耐园，夫之亲治丧事。王夫之的友人绝大部分是明朝遗老，其中有崇祯朝曾任江西巡抚、后隐于石门山的郭都贤（益阳人，字天门）；隆武朝担任东阁大学士兼右都御史的熊开元（嘉鱼人，字鱼山）；永历朝曾任翰林院编修官的钱秉镫等，武臣有永历故将新安人黄金台，明亡遁入禅林称广明大师，他曾请王夫之写过小传；章旷部将董启行也由华亭远道而来请他为章公撰写词碑。王夫之有不少友人削发游于方外，永历朝曾以东阁大学士、礼部尚书征召的编修官方以智，舍妻子做浮屠为青原主寺僧，他与王夫之长久保持书信往来，彼此以诗词赠答，但王夫之没有逃禅之意，方以智屡遗书王夫之，康熙八年（1669年）王夫之派弟子唐端笏赍书往青原（吉安庐陵）以母病谢绝。

王夫之教授的学生，有很多是为明朝死难者的遗孤或王氏世谊之后，章有漠（字载谋）是章旷的儿子，蒙之鸿是“五虎”之一蒙正发的儿子，管永叙是平生好友管嗣裘的儿子，罗瑄是邵阳罗从义的儿子，王夫之奉母居邵阳中乡，住在罗从义家；李朴大为李继体的儿子，继体是武夷先生同榜旧友，隆武间夫之父兄同居其家；唐端典、唐端笏是武夷学生、介之好友唐克峻二子，唐克恕则是克峻从弟；王祥隆是王夫之居常宁间寓主王文俨的儿子，这些人大多一生不仕，以诸生老死田园。

王夫之以大明遗老自命，从不与当时仕宦之家联姻。他继配的张氏生了一个女儿，嫁与郡文学李报琼的儿子李向明为妻，陶氏所生长子王放有二女，长孙女配与前明兵部尚书刘尧诲的孙子刘法忠，次孙女配与郡文学熊荣祀的儿子熊时干。

40年来，王夫之常常沉浸在往事的回忆中。衡阳是他的许多友人、同僚战斗过的地方，触物生情便是寻常的事情，他写了很多诗哀悼故人，凭吊先烈。他把故人故事写成片段，集为《病枕忆得》、《南窗漫记》。蒙正发（圣功）在解职后写《三湘从事记》叙隆武冬起义，兵败投何腾蛟、章旷，到何腾蛟败没三四年间战事，请王夫之作序，又触痛了他的精神创伤，他在序言中说：“华亭公以劳夭，义兴公以莞终，余与圣功屡不死，而今又从而言之，……余何忍复读三湘纪事哉？”

康熙三十一年（1692年）农历正月王夫之逝于石船山下的湘西草堂，终年74岁。他去世之前自作墓志铭，担心后人过誉失实，跋曰：“墓石可不作，徇汝兄弟为之，止此，不可增损一字。行状原为请志铭而作，既有铭，不可赘。若汝兄弟能老而好学，可不以誉我者毁我，数十年后略记以示后人可耳，勿庸问世也。背此者，自负其心。”王夫之是学者，不信鬼魂故遗命禁用增道追荐亡灵。只是在墓碑上写道： “明朝遗臣王夫之之墓”，以志他的民族主义精神。

自36岁以后，王夫之便避居湘西，“晨夕著书，萧然自得”，潜心从事学术研究，撰写出许多著作，据统计，船山著述流传至今的，还有70余种、401卷、470多万字。其主要著作，有《读四书大全说》、《四书训义）、《周易外传》、《尚书引义》、《诗广传》、《周易内传》及《周易内传发例》、《春秋家说》、《春秋世论》、《礼记章句》、《续春秋左氏博议》，以上10余种虽然可以大致归入经学一类，而实际上内容相当广博，在文、史、哲诸方面都颇多发明，还有《周易稗疏》、《书经稗疏》、《诗经稗疏》、《四书笺解》、《说文广义》等；史学一类的，有《读通鉴论》、《宋论》、《永历实录》、《莲峰志》等；哲学类的，有《张子正蒙注》、《思问录内篇》、《思问录外篇》、《老子衍》、《庄子解》、《庄子通》、《淮南子注》、《相宗络索》、《三藏法师八识规矩论赞》、《俟解》、《搔首问》、《黄书》、《噩梦》等，其中《黄书》《噩梦》两书是船山政治思想的集中反映；文艺理论及文学方面，则有《楚辞通释》、《囗斋文集》、《夕堂永日绪论内篇》、《夕堂水日绪论外篇》、《八代文选评》、《八代诗选评》、《唐诗选评》、《宋诗选评》、》明诗选评》等等。这些著述构成船山先生精深缜密而又博大的学术体系，多方面地发展了中国传统学术思想。

作为清初三大师之一，王夫之的功绩主要体现在哲学领域。他在哲学上的造诣极为精深绵密，不但能批判地继承前人学说中合理的部分加以发展，并且善于也勇于创新；他的唯物主义哲学思想极富战斗的批判精神，他对中国两千年来各种唯心主义的思潮如老庄哲学、魏晋玄学、佛教哲学等，进行了总结式的清算，以深入批判和揭露宋明理学的唯心主义理论基础，从而建立起他自己的朴素唯物主义哲学体系。王夫之的这一体系堪称前无古人，达到了当时历史条件下可能达到的最高峰，在世界唯物主义哲学流派中也居于领先地位。

王夫之毕生服膺的前辈先贤，是宋代的唯物主义思想家、关学开山张载。张载字子厚，凤翔眉阝县（今陕西眉县）横渠镇人，学者尊为横渠先生，有《正蒙》9卷。王夫之说：“张子之学，上承孔、孟之志，下救来兹之失，如皎日丽天，无幽不烛。圣人复起，未有能易焉者也”（《张子正蒙注·序论》）；去世前夕自撰墓铭，还有“希横渠之正学而力不能企”之句。实际上，王夫之的哲学贡献远远超过张横渠。张载否定魏、晋以来的以无为本或以心为本的唯心主义本体论，提出以气为本的元气本体论，他认为“太虚无形，气之本体”，“太虚即气”；而气是天地万物的本原，“气本之虚则湛一无形，感而生则聚而有象”，所以，“由太虚，有天之名；由气化，有道之名；合虚与气，有性之名；合性与知觉，有心之名”（《正蒙·太和篇》）。王夫之则大大发展了作为万物本原的“气”这一范畴的哲学内涵，他进一步明确指出，世界统一于物质性的气，气是阴、阳二者的统一体，所谓“阴阳者，气之二体，动静者，气之二几”，“阴阳二气充满太虚，此外更无他物，亦无间隙” （《张子正蒙注·太和篇》）；并且认为气是一切运动变化的主体，运动变化则是气之本质属性：“太虚者，本动者也”（《周易外传》）；“虚空即气，气则动者也”（《张子正蒙注·参两篇》）。

对于“理”这一范畴，张载未曾深论，而客观唯心主义哲学体系的代表人物如二程，则以理为世界万物的本原，理在气先，“有理则有气”，“有理而后有象，有象而后有数”（《二程粹言》卷1）；朱熹又继承了二程的观点，说：“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人、物之生，必禀此理，然后有性；必禀此气，然后有形”（《朱文公文集·答黄道夫书》）。对程、朱的理一元论，王夫之针锋相对地指出：“理、气一也”（《周易外传·系辞下》），理、气为一物；而且，“有气斯有理”（《礼记章句》卷31），“理只在气上见，……凡气皆有理在”（《读四书大全说》卷5，《论语·子罕篇》），“气外更无虚托孤立之理也”（同上书卷10，《孟子·告子上》），认为气是第一性的，理是第二性的；气决定理，而不是理决定气；气之上绝不存在一个主宰着气的理。

《周易·系辞上》说：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”道和器是一对古老的哲学命题。它们之间，究竟是一种怎样的关系？集客观唯心主义哲学之大成的朱熹认为：形而上和形而下，即道和器，是“破作两片”、截然割裂的。这里所谓“道”，亦即理，就是规律、法则，“顺”则指有形有象、有情有状的具体事物；而道是“生物之本”，器不过是“生物之具”，道器的分别就是体用、本末、上下、虚实之分——“道器之间，分际甚明，不可乱也”（《文集·答黄道夫书》）。所以，在朱熹看来，道是第一性的，是物得以生成的根据、本原；道在器先，道本器末，道决定器。这种唯心主义的道器论在宋明理学中占居统治地位达数百年之久，从无异辞。对此，王夫之进行了全面而深刻的批判，廓清迷雾，就道与器之间的关系作出了唯物主义的总结。他在《周易外传》中说：“形而上者谓之道，形而下者谓之器，统之乎一形”，道和器乃是统一在“一形”之中的；“上下者，初无定界，从乎所拟议而施之谓也”，形而上与形而下之间也不存在一个凝固不变的分界，它们之间的区别本来并且始终都是相对的，是人们观察事物、思考问题时因角度不同 “从乎拟议而施”的，因此，“上下无殊畛，而道、器无易体，明矣。”（卷5《系辞上》）王夫之还进一步指出：“天下唯器而已。道者，器之道；器者，不可谓道之器也”，由此推导出必然的结论：“无其器，则无其道”（同上）。器是体，道是用，器为本，道为末；规律是从属于事物的，却不能说事物是“规律的”事物， “洪荒无揖让之道，唐虞无吊伐之道，……未有弓矢而无射道，未有车马而无御道”，在证明“无其器则无其道”，“据器而道存，离器而道毁”（卷2），因此，“君子之道，尽夫器而已”（卷5）。这就是说，充塞天下的只有具体事物（器）、规律（道）就存在于具体事物之中，离开具体事物，也就无所谓“道”了；只要“尽夫器”，把具体事物认识研究透彻，“则道在其中”，就可以掌握规律。通过以上论述，王夫之大致理清了道和器之间的关系：天下唯器，器体道用，道不离器，道在器中。他的这一认识远远高于前辈及同时学者，代表了中国古代朴素唯物主义的最高水平。