雍和宫在财务管理上有一套严格的管理体制。

乾隆四十年十二月二十六日内务府奏案中有这样的记载：“雍和宫七月份应领香灯钱文因数目错写，多领二十千文，经笔贴式德罄告知，副内管理伯文即当分析报明更正，乃伯文隐讳不报，复于八月份应领数内少领二十千文，以抵上月浮多之数。以至钱粮款项不符，虽无蒙混冒支情事，但有心蒙混冀图迁就了事实属罪无可迁。应将副内管理伯文照钱粮混行造报以至款项不符降一级调用……，笔贴式德罄系承办七月份香灯钱文文领之人，乃将二百一十之数误写为二百三十，以至多领钱二十千文，事后虽经查出报明，究属怠忽于前，应将笔贴式德罄照造册数目错，罚俸一年……。多罗履郡王永成等系管理该处事务之人，未能查处，亦属疏忽，应将多罗履郡王永成、尚书素尔纳、总管内务府大臣英廉均照疏忽例，各罚俸三个月。”这件事在雍和宫整个管理中虽说算不上什么大事，但乾隆年间雍和宫喇嘛人数之多，管理之严由此可见一斑。

此外，雍和宫每年还对教习喇嘛和勤奋苦读的学艺喇嘛进行奖赏。乾隆三十九年，管理雍和宫事务大臣永容奏：“经询问章嘉呼图克图，雍和宫翻经之喇嘛四十三名内有嵩祝寺通晓经意翻译教习喇嘛一名，菩萨顶稍通经文能翻满洲教习喇嘛五名，学习翻经喇嘛三十七名内能翻经喇嘛五名，现今学习翻经喇嘛三十二名。臣伏思，嵩祝寺通晓经意翻译教习喇嘛，菩萨顶稍通经文能翻满洲(？)教习喇嘛现今翻经俱稍有成效，应分别奖赏；其学习翻经喇嘛三十七名内能翻经喇嘛五名，皆伊等有志勤学之所至。似应一体酌量奖赏，以示鼓励……”乾隆时期的雍和宫，就是通过这样一系列严格的管理培养出了一批批出色的藏传佛教人才。

雍和宫作为藏传佛教在京都的学府，在众多大德高僧的辛勤培育下，不少人经过多年刻苦修炼，获得不同的学位。他们中的一部分人回到原籍后成了当地喇嘛寺院的骨干，同时，雍和宫也造就了不少专家、学者。

比如，曾在雍和宫学习的内蒙古察哈尔镶白旗的罗布桑楚勒特木，乾隆三十三年(1768)在雍和宫学成后返回家乡从事宗教、著述等活动。经过在雍和宫学习，他不但精通蒙、藏文，而且对这两个民族的历史、宗教、文化有了更深入研究，

撰写了多部专著，诸如《青册》、《察哈尔格西全集》、《祝颂词》、《甘露》等。以后又在察哈尔查干乌拉喇嘛庙兴办蒙文印经所，刊印了大批经书和文学作品。如乾隆五十六年(1791)，他在该所以经卷规格刊印了著名翻译家阿拉纳于1721年蒙译的《西游记》；他还著书介绍印度的英雄史诗《罗摩衍那》和藏族文学史诗《格萨尔》等，为各民族间的文化交流作出了贡献，成为著名蒙古族学者、文学家、出版家。

又如，雍和宫培养的历算师达喇嘛乌力吉巴图，成了颇有威望的藏传佛教历算学家，他所著《第十四丁卯周的甲子年(1864)历书》，完整地绘出了我国18个省首府和蒙古22个旗的北极高度(即纬度)和距京都的东西偏度(即经度差)。19世纪中叶，这部藏传时宪历传至甘肃拉卜楞寺，被选定为学习时宪历课程的教材。20世纪初又传到拉萨，在各寺院里设置了传学此法的课程。此后，他推算日、月食的方法被载入了每年编制的藏文年历中。由此可见，雍和宫在一定意义上是藏传时宪历的传播站。

雍和宫在清朝培养出了大批的各种藏传佛教人才，这种影响即使到了清光绪年间也还发挥着一定作用。

光绪三十二年(1906)四月初九日，直隶总督沈均禀奏：“窃以近时世，列国竞争，非学术无以振兴我大清之蒙藏各番封，皈依黄教已历数百年，近来各国咸思，伸势力于东北、西北各边地已非一日，是以频起觊觎之患，蒙藏民族屡受其愚，弗可枚举……殆非边陲民智不开，素日一味崇信佛教，不求学术，侮由自招所致乎。为今之计，要使开通边地民智，舍教育他无善策。故先设喇嘛学堂，由教授喇嘛人手，逐渐普及……素有相识雍和宫喇嘛江曲开藏，系英果敏公之侄，壮岁从戎，向随僧忠亲王左宫保带兵转战各省，功绩甚伟。嗣后辞职披剃，蒙恭亲王送人雍和宫北花园为喇嘛，去岁由藏回京，谈及该处民情，……风气未开，职即欲立喇嘛学堂各节向伊謦述。渠意以为然。……拟就雍和宫北花园设立喇嘛学堂，选择青年好学之喇嘛，教以汉文并中国历史，以系其心。并拟设师节一班，以备将来分赴蒙藏各地担任教习之选……”这是一份呈辞恳切的奏折，在边陲危机之际，在蒙藏地区庶民备受欺凌之挥的作用已经与乾隆时期不可同日而语。

新中国成立至改革开放初期，雍和宫经多次修缮整理，国家投入大量资金对雍和宫实施了有效的保护。改革开放以来，雍和宫重新对外开放。从80年代初期开始，雍和宫先后从内蒙、青海、辽宁等地招收了一大批青年喇嘛。现在雍和宫内佛学造诣深厚、同时又承担着繁重的宗教事务管理工作的一些僧人，都是从改革开放初期所招的年轻喇嘛中成长起来的。雍和宫自乾隆年间开始的宗教活动正在逐步得到恢复，雍和宫已成为全国著名的藏传佛教格鲁派寺院，享誉海内外的藏传佛教艺术博物馆。

雍和宫现有两套完备的管理体制。一套是教务管理机构即“雍和宫庙务管理委员会”，由住持喇嘛，副住持喇嘛。德穆奇等人员组成，负责日常宗教事务。另一套是负责雍和宫行政管理工作的，称“雍和宫管理处”，是市政府和市宗教事务局的派出机构。设主任、副主任及若干职能科室。另有一个与旅游开放形势相适应的旅游服务公司。现在，雍和宫的宗教活动和旅游开放事业进行得井然有序，僧人在这里享受着充分的宗教信仰自由。