不过与其他百科全书不同的是，《本草纲目》是药书，记载天下万物的目的是为了用它们来治病，例如服器部记载了裤裆、汗衫、衣带、头巾、裹脚布、蓑衣、草鞋、死人枕席、日历、钟馗像、桃符、蒲扇、蒲席、锅盖、蒸笼、竹篮、扫帚、马绊绳、厕筹、尿桶等种种日常用品，不是为了介绍它们的日常用途，而是为了说明把它们烧成灰或浸汁能治疗什么样的疾病。这在今天看来难道不有趣吗？　

《本草纲目》收录的很多药方很显然是所谓偏方，对此李时珍有时候会试图给出理论解释证明其有效性。在“水部”，记载了不同时节下的雨水可治不同的疾病，例如夫妻各饮一杯立春雨水后同房，治疗不孕症有“神效”，李时珍解释说，这是“取其资始发育万物之义也”。　

《本草纲目》记载了多个治疗不孕症的偏方，有的比这还要离奇，例如有一个是：在上元节时偷来富家灯盏放在床下，就能令人怀孕。为什么呢？没有解释，也令人百思不得其解。有的偏方虽没有解释，但是可以猜出来其缘由。据《本草纲目》说，鱼骨鲠喉，把渔网煮成汁或烧成灰喝了，就能让鱼骨掉下。它没有给出理论依据，想来是因为既然渔网能够捕鱼，其汁、灰捕鱼骨也不在话下吧。　

对这类奇特的偏方，李时珍显然深信不疑，而且还赞叹其奇妙。他记述说，有人上吊死了，把上吊的绳子拿来烧成灰，水服能够治狂癫，并感叹道：“观此则古书所载冷僻之物，无不可用者，在遇圆机之士耳。”