非典救火

2003年3月，新一届政府组成，吴仪当选国务院副总理。

几乎与此同时，非典开始在中国南方暴发，这种可以通过空气传染的疾病迅速在全国蔓延。

新一届政府成立18天后，世界卫生组织发出警报，将中国列入非典疫区。

关键时刻，国务院紧急撤掉卫生部部长和北京市市长。4月23日，吴仪兼任新成立的国务院防治非典型肺炎指挥部总指挥，4月26日兼任卫生部部长。

由副总理兼任一部部长，此前并不多。人们对吴仪也抱有极大的信心。

早在4月9日，吴仪在中南海会见世界卫生组织驻华代表和非典型肺炎专家组成员时，谈及非典疫情，没有使用卫生部原部长张文康在几天前国务院新闻发布会上对外界所说的“有效控制”一词，而是用了“有效遏制”。一字之差，务实的态度已然显现。

同时，吴仪以尊重科学的态度，向当时敢于发言的钟南山院士谦虚问计。钟南山在接受南方都市报记者采访时回忆说，他当时向吴仪提出，应该整合北京的医疗力量，不能再各自为战。很快，各医疗部门被调动整合起来，卫生部开始每日公布感染病例，北京加快建设了小汤山医院，国务院加紧修订了《传染病防治法》，SARS被正式列入传染病中。非典开始得到遏制。

两年之后，吴仪回忆自己临危受命的经过时说，“我已是60多岁的人啦，再让我重新去分管一个我不熟悉的领域，哎，我真的压力不小啊！不过，家宝同志当时告诉我说，‘没关系，你先帮我把农村合作医疗的工作给抓好就行’。当时我就想，上就上吧。就这样，我挑起了遏制非典的重担。”

再战艾滋病

在成功遏制非典后，吴仪承担了另一种传染病的防治工作。2004年2月，国务院防治艾滋病工作委员会成立，吴仪担任主任。

艾滋病虽然不像非典那样传播迅猛，但此前，由于血站管理不善，艾滋病已经在河南等地有暴发趋势，如不及时控制，后果不堪设想。

在主抓艾滋病防治之初，吴仪即有针对性地高调提出，要加强采供血机构管理，依法严厉打击非法采供血行为和“血头”、“血霸”。