哈尔滨上下一片惶恐。此前，人们对伍连德的种种轻视和怀疑，都来了一个180度大转弯。对于他的要求，没有人再敢怠慢。伍连德成了人们抵抗这场大瘟疫的惟一指望。

很快，在伍连德指挥下傅家甸被分为四个区。每区由一名医药大员主持，配有两名助理、四个医学生和为数众多的卫生夫役与警察。救急队内分诊断、消毒、抬埋、站岗等诸多岗位。每天，医生带领工作人员挨家挨户检查疫情。一旦发现有人感染鼠疫，立即送到防疫医院，并对病人家属进行隔离。为此，他们还专门从俄国铁路局借来大量空车箱，用作隔离之所。

为了能控制住局面，官府从长春调来1160名步兵对疫区内进行交通管制。政府规定，傅家甸内居民出行必须在左臂佩戴证章，根据各区不同证章分为白、红、黄、蓝四种。佩戴证章者可以在本区内行动，但要前往别区，则必须申请特别批准证。就连区内的军人们也必须严格遵循这一规章，不许随便走动。

同时，伍连德全权接手了哈尔滨防疫局。防疫局下设检疫所、隔离所、诊病院、庇寒所、防疫执行处、消毒所等部门。其中，检疫所专事检查进入傅家甸者是否染疫；庇寒所为无家可归者提供食宿；消毒所各区设立一个，为参与防疫工作的医生、巡警和夫役提供沐浴消毒服务。

按照收治病人的病情，诊病院分为疫症院、轻病院、疑似病院和防疫施医处几种。各病院中均设有医官、庶务、司药生、看护、巡长等职务。既为不同病情的病人提供了治疗，又避免他们之间的交叉感染。

傅家甸的防疫措施为整个儿东北做了一个表率。随后，哈尔滨俄人居住区、奉天、长春、黑龙江全省纷纷仿照傅家甸的模式建立起防疫体系。

1911年1月13日，清政府下令在山海关一带设卡严防。1月14日，停售京奉火车二三等车票，南满铁路停驶。1月15日陆军部派军队驻扎山海关，阻止入关客货。1月16日在山海关沟帮子查有病人就地截留。1月21日下令“将京津火车一律停止，免致蔓延”。至此，关内外的铁路交通完全断绝。

清政府还在山海关设立检验所，将陆路南下的旅客留住5日，以防鼠疫蔓延。

在实行隔离的同时，许多地方开展了奖励捕鼠的活动。在北京，“内外城巡警总厅又颁布捕鼠令，云：照得本京地方预防鼠疫传染，如有捕得鼠子者，均就近送至派出所或区署，每活鼠给铜圆二枚，死鼠给铜圆一枚。并传知各区均立簿册填列收确数，按日报厅。”在汉口，“凡捕一鼠持之警局，给铜圆二枚”。在天津，“刻已晓谕军民人等，嗣后凡捕得老鼠送交该局者，每头给予铜子一枚，以期根株尽绝”。东北三省更把奖金提高至“活鼠毙鼠每个铜币七枚”。据统计，仅奉天省处置的老鼠就有80972只之多。

与此同时，公共卫生也第一次引起了各级政府的重视。吉林省“各关检疫分所于城瓮内设机器药水，见人消毒”。在铁岭，政府向当地民众发送10000多只“呼吸囊”，“勒令人民尽带呼吸囊”，“由巡警随时稽查，如有不遵守者，即以违警论罪”；屠宰行业每日必须消毒一次，内脏必须当场清洗干净，装在专用的板箱内，不准暴露在外，工作人员必须穿白色服装。天津卫生局发布紧急告示，列出喝开水、吃熟食、注意生活卫生等10条预防措施。北京则“令各街巷剃头棚房屋一律裱糊干净，地下均垫石灰，所有铺内伙友，衣服、搭布、手帕每日更新三次”；如发现私自通行于断绝交通之处及随地便溺不遵守公共卫生者，处以5元至30元不等的罚款。

将近一个世纪过去了，即便是从今天的角度看，这些防疫措施也堪称科学。但令伍连德感到困惑的是，在各种防疫措施全面开展后，疫情不但没有得到遏制，反而愈演愈烈。