阎应元被江阴人民推为城主后，想尽办法守城，歼毙清军无数，致使清将咬牙切齿发狠说：

“我们一路得北京，下南京，未尝费力。江阴拳大的地方，怎敢如此抵抗！”

清廷震怒，刘良佐、李成栋、土国宝等降将以及满将石堪、博洛等人统二十万大军，把江阴城团团包围。

刘良佐骑马，环城高喊，让江阴人投降。阎应元凭城大骂：“我只是一个小小典史官，尚为国尽忠。汝为朝廷侯伯高官，不能以死报国，如今还有脸面来见江阴父老！”于是，阎应元大书一帜：“留千古半分忠义，存大明一寸江山。”

刘良佐惭甚。但是，为了向清廷主子有交待，他“发明”用三层厚牛皮做的攻城皮帐，让士兵躲在下面，进逼城墙。

牛皮坚韧，城上矢石投之，皆反跃弹起，不能射入。

阎应元派人取人粪和以桐油煎煮，在城头上煮开后立即泼下，牛皮帐顿时被烫穿，下面的清军，非死即伤，损失数百人，一轮攻城只能告歇。

相持数日，清军无法破城。

忽一日，清军见江阴城门忽洞开，以为有人献城接应，立即开始进攻。城中百姓在阎应元事先安排下，皆伪降。有清军将领占据官署，以为得计。

没高兴多久，江阴士民伏兵大发，有壮士挟双斧，舞动如飞，杀入官署，一斧砍下清将头颅，然后大呼杀出。伏兵四合，江阴人民又杀掉入城未及逃跑的数百清兵。

阎应元布疑兵于城外江岸之上，“大明忠义营”字样的灯笼此起彼伏，引诱清军来攻。清军发兵，却不见一人。疑惑之中，江阴城中有民兵缒城而下，主动劫营，趁乱杀死不少清军。