吕秀莲宣扬台独理论。基于的理由同样还是《旧金山对日和约》中的台湾地位未定论。其中不提台湾归属的做法和美国的《与台湾关系法》一样，受限于美国国内的法律体系，至今仍然有效，且优先权大于《中美三个联合公报》。中国政府和人民对此坚决反对。

蒋氏家族统治台湾时期，对台独言论多以刑事犯罪做处理，但未对台独行为从理论上驳斥。台湾当局现任领导人马英九是首位从理论上批判台湾地位未定论的台湾地区领导人。他去年五月上任后不久，就于六月间指示国史馆必须重视《台日和约》签署的场景。当日本驻台交流协会代表斋藤正树发表类似台湾地位未定论的言论后，台湾“外交部”政务次长夏立言立即召见他，表示遗憾及抗议。