1991年海湾战争“爱国者”防空导弹大战“飞毛腿”导弹彻底震醒了中国设计人员，大家如梦初醒感觉只有痛下决心大幅修改已具雏型的红旗-9样品，使之具有反导能力，这才符合世界防空导弹发展潮流。由于当时国土防空战备紧近紧迫，具有反导能力的红旗-9无法在短期内服役，所以中央只好一方面谈判引进S-300PMU做参考和国土防空应急，另一方面大幅改良红旗-9，使之具有反导作战能力。改良工作在1994年开始进行，主要修改了弹体布局、弹头设计、采用垂直发射技术、引进更高速的CPU和先进专用软件，自动化和反应速度、命中率和杀伤概率等随之大幅提高。但受制于原始设计的局限，其反导弹能力依然无法与S-300相提并论。直到2000年以来，随着中国国防尖端技术的各项突破，红旗-9的反导能力才算出现转机，其间又通过长达数年的测试与试射，终于首批装备部队。

C4I作战系统及微电子科技能力充满西方的外型风格和性能，比导弹本身更让人惊叹。电子技术领域是红旗-9少数领先S-300的单项之一，其精密程度直逼欧美同类产品，这正是90年代以来融合欧俄体系的中国特色兵器发展之路，也因此红旗-9未来改良潜力仍应看好。由此更是随之发展了海红旗-9。

海红-9真正意义在于整合了相控阵雷达解决了中国海军舰艇的区域防空问题，在此之前，中国海军的舰队防空系统一直与世界发达国家的武器系统相比有一定的差距。在旅沪级112、113安装海红七以后，停滞了近十年，才在中华神盾170、171舰上装备中国自己的海红九。而在这期间进口的俄罗斯现代级上的S—N7其实算不上真正意义的区域防空导弹，它的发射距离和发射速度都是二十年前的水平，它只对提高中国海军的舰队防空能力有一定的帮助，也在一定程度上缩小中国海军与世界先进海军在舰队防空方面的差距。而海红九导弹的出现才是中国海军真正意义上的舰队区域防空导弹。中国海军在大量安装海红七舰空导弹以后具备水面舰队的点防空能力；通过在052C型驱逐舰上安装海红九垂发导弹使舰队获得舰队面防空能力；在051C型115、116投入现役后中国海军水面舰队就具备一定的区域防空手段。这样就为中国海军走向蓝水提供了一定的条件，同时也为中国海军舰队在抗空中饱和对舰攻击方面得到现实可行的解决方法。