1923年2月，孙中山依靠滇桂军击败了陈炯明叛军，依靠抚绥政策平定了旧桂系余孽沈鸿英发起的叛乱，恢复了广东根据地，重组大元帅府大本营，准备北伐。

　　这一时期，孙中山与奉系重要将领于冲汉、李少白、杨宇霆之间也有书信交往。在致杨宇霆的信中，孙中山提到：双方交往应该“相矢以信义，相结以精神”。4月10日，孙中山三派汪精卫赴东北会见张作霖，商谈和平统一问题。4月12日，孙中山致电张作霖，对于张作霖通电辟谣表示赞赏。4月17日，汪精卫由奉天回到上海。

　　5月1日，在沪待命的汪精卫再度衔命赴奉天。在致汪精卫的电报中，孙中山提出了向张作霖借款的要求：“唯协和需五十万元，组安需二十万元，此间因战事剧烈，费款至巨，力难兼顾，拟由兄力向雨公商助见复。”可见，汪精卫此行的主要目的，便是借钱。同日，孙中山致函张作霖，高度评价张作霖提出的“藉武力以济和平之穷”的意见，同时承认粤方“财政过拙，不能因应咸宜”，并提出借款70万元的请求。

　　张作霖在借款的问题上很爽快。5月12日，张作霖派黑吉江防司令公署参谋长沈鸿烈作为代表赴粤拜见孙中山。沈鸿烈带了一艘货轮前往广东，船上满载60万银元、12门山炮及一些迫击炮弹。孙张关系的密切，可见一斑。

　　1924年夏，孙中山派大元帅府外交部长伍朝枢到奉天拜会张作霖父子。张学良让会讲广东话的部将何柱国陪同他参观东北部队和兵工厂。伍朝枢参观各种军事机构非常认真细致，不厌其详地询问起有关军事的各项详情。何柱国估计，他此来除了进一步联系有关讨伐曹、吴的具体步骤之外，还负有考察奉军的实力，要向孙中山汇报奉军到底有多么大的战斗力和多么大的把握等重要使命。因此何柱国在接待中，总是有意识地尽可能让他多看、多知道一些足以显示奉军实力的东西。

　　9月22日，汪精卫奉孙中山之命再赴奉天，与奉系接洽军政事宜，会晤张作霖、张学良父子，商讨讨伐曹锟和吴佩孚的计划。1924年10月5日，曹锟通过贿选当选“中华民国大总统”。此次贿选费高达1350余万元，投票的国会议员每人获5000元银元的支票。消息传出，举国沸腾，各地纷纷通电声讨贿选。翌日，以“三角同盟”为主干的各省代表联席会议立即集会，商议对策。

　　孙中山立即召集粤方要员开会。大家一致认为，时局的发展迫切要求建立正式的革命政府。但孙中山很清楚，“三角同盟”中最有实力的是奉系，建立政府势必令奉系不满。为团结奉系反直，也为了表示和平统一的诚意，孙中山决定信守“不遽设政府”的诺言，没有担任非常大总统，而用大元帅的名义活动。尽管陆海军大元帅大本营的建制仍具有政府的性质，但它在名义上还是一个单纯军事指挥机构。

　　10月8日，孙中山下令讨伐曹锟。曹锟为避免实力派反对，曾以副总统为诱饵讨好张作霖，以取得张作霖的支持。张作霖对于曹锟抛来的绣球不屑一顾，《盛京时报》10月10日报道了张作霖的反应：“对于副座一席，绝不希冀”，“言间面现怒色，似极愤懑。”同时，张作霖还通电反对曹锟贿选。

　　自第一次直奉战争失败后，张作霖除了成功地建立了以反直为战略目的的“三角同盟”外，还企图从直系内部打开缺口。他看中了冯玉祥。吴佩孚自打败张作霖后，踌躇满志，不可一世，与冯玉祥等直系将领关系恶化。冯玉祥痛恨北洋军阀的贪婪腐败，遭到曹、吴的歧视和猜忌。张作霖趁机拉拢冯玉祥，协议联合倒曹。

　　当时，皖系军阀、浙江督军卢永祥处于直系军阀的包围之中，他愿意同孙中山和张作霖合作，共同对付直系军阀。1924年9月1日．卢永祥派其子卢小嘉赴奉天拜见张作霖，请张作霖接济军费、飞机和武器。张作霖满口答应。此时，孙中山也派孙科前往奉天拜会张作霖，协商讨直之事。

　　孙科在他的《八十自述》一书写到了对张作霖的印象：“张作霖个子不高，人也清秀，毫无绿林出身的样子。他当时每天都派车子来接我去他的办公室，共进早餐。早餐也总是那些小米高粱等熬成稀饭，很简单的。吃过以后，他的秘书长就带着一大堆公文进来。他听取秘书长的报告后，也马上用口头指示。秘书则一旁记录。因此，每天一百多宗公文，不到一个钟头都可处理完毕。显然他是一个很聪明的人，在他住所花园里有个拱门，门上刻了‘慎行’两个字。”

　　1924年9月3日，卢永祥通电就任浙沪联军总司令，同时即与江苏都督齐燮元军在上海附近打响第一炮，江浙战争(又称“齐卢之战”)爆发。在吴佩孚的支持下，江苏都督齐燮元、闽粤边防督办孙传芳、福建都督周荫人、江西都督蔡成勋、安徽都督马联甲形成联盟，共同进击卢永祥。翌日，孙中山在大元帅府召开筹备北伐会议，宣布“援浙即以存粤”。5日，孙中山发布了北伐命令。