对秦良玉巾帼不让须眉的英勇行为，大明总督李化龙大为叹异，命人打造一面银牌赠与时年26岁的秦良玉，上镌“女中丈夫”四个大字，以示表彰。

攻下邓坎后，剿匪大军剩勇追寇，接着又顺利地拿下了桑木、乌江、河渡三关，直达播州外围的娄山关。娄山关是播州城外的一道天然屏障，山势高峻险要，仅一条小路通过关口，可谓是“一夫当关，万夫莫开”之地。娄山关由于道路狭窄，无法通过大批兵马，只宜智取，不宜强攻，秦良玉便帮丈夫定下了一个巧取的方案。这天凌晨，秦良玉与丈夫马千乘双骑并驰，沿正路攻向关口，只见两杆长矛上下翻飞，挡关的敌兵一一倒下，而后上的援兵也无法一拥而上。当秦良玉夫妇并肩血战、而敌兵越聚越多时，几千白杆军突然从关口两侧包围过来，敌兵猝不及防，纷纷作鸟兽散。攻下娄山关后，叛军失去了护身符，剿匪大军一鼓作气，攻陷了叛军据点播州城，杨应龙全家自焚而死，这场旷日持久的叛乱终于偃旗息鼓、灰飞烟灭了。

平叛后论功行赏时，石柱白杆兵战功卓著，被列为川南路第一有功之军，秦良玉初次参加大战，立下汗马功劳，除受到重奖外，“女将军”的英名远播四方，闻之者无不肃然起敬。

万历四十一年（1613年），秦良玉丈夫马千乘死于狱中。《明史》记载说，石柱部民状告马千乘，明廷把他逮入云阳狱，不久马千乘病死其中。但他真正的死因，其实是北京万历帝派来的监税太监丘乘云向石柱索取贿赂，马千乘自恃于朝廷有功，不予。这下可羞恼了丘公公，他指使手下捏造罪名，把马千乘逮捕入狱，活活折磨而死，年仅41岁。

马千乘冤死于狱中后，朝廷仍保留了他家石砫宣抚史的世袭职位。而这时马家的继承人马祥麟年龄尚幼，朝廷鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，所以授命她继任了丈夫的官职。

秦良玉毅然接过丈夫遗留下来的千斤重担，来完成丈夫未竟的事业，继续训练白杆兵，管理石砫民众，尽心尽力，尽职尽责。

明神宗万历末年，满人崛起于东北的白山黑水之间，以努尔哈赤为汗，建立后金，公然叛明。明神宗调集八万大军征边应敌，却不料出师不利，八万大军几乎全军覆没。

辽东情势危急，直接威胁着大明之都北京城的安全。朝廷急调全国兵马赴援，秦良玉此时已经46岁了，仍然亲自率领3000名白杆兵，连同自己的哥哥、弟弟、儿子，日夜兼程北上卫边，为国效力。

到了万历四十八年，秦良玉的白杆兵已与后金军队打了几场硬仗，大大挫伤了后金兵的锐气。这时，明神宗驾崩，明光宗继位，光宗在位仅一个月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝宝座。

前后几个月时间，明廷频繁易主。后金乘虚而进，攻占了沈阳，其气焰十分嚣张，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏，为了抢回大明损失的国土，强渡浑河与后金兵激战，无奈因寡不敌众，秦邦屏战死疆场，秦民屏身陷重围。秦良玉闻讯后，亲自率领百名白杆兵，渡河杀入重围，拼死救出了弟弟，抢回了哥哥的尸体。其后，朝廷任命秦良玉为把守山海关的主将。

要塞山海关是东北通向内地的必经之路，后金军屡次派重兵前来叩关挑战，秦良玉都不为所激，只命部下加固防守，终使清兵无法得逞。一次，秦良玉的儿子马祥麟带兵巡关时，被敌军的流矢射中一目，他忍痛拔出箭镞，援弓搭箭向远处的敌人射去，连发三箭，射死三个敌人，后金将领大为震惧，从此不敢轻易再来山海关挑衅了。

短短的时间内遭遇了兄亡子伤，秦良玉悲痛欲绝、肝肠寸断，于是上书皇帝，陈述了自家军队作战及伤亡情况，明嘉宗深为感动，下诏赐予秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，任命其子马祥麟为指挥吏，追封秦邦屏为都督佥事，授秦民屏都司佥事之职，还重赏了白杆兵众将士。

山海关战事暂时平息了，于是秦良玉率部返回石柱。返回之时，正赶上永宁宣抚使奢崇明起兵叛乱，奢崇明的党羽樊龙占据了重庆，听说秦良玉带兵回到了石柱，马上派人携金银厚礼去与她联络，想请她共同举兵；秦良玉大怒，当即斩了来使，火速发兵，溯江西上赶到重庆，出其不意地打败了樊龙的部队，攻占了重庆。紧接着，她又率兵直赴成都，彻底击毁了叛军势力。朝廷闻报后，授秦良玉为都督佥事，并任命她为石柱总兵官。

当解除了成都之围、秦良玉率领白杆兵骑马进城时，成都的市民纷纷涌上街头，扶老携幼，争睹女将军的风采。这时秦良玉已是五十开外，几十年的戎马生涯，不但没催她衰老，反而把她磨炼得愈加英姿飒爽。成都民众将她视为神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜，表达了对这位女救星的无限崇敬之情。

数年之后，贵州水西一带再起事端，有一个叫安邦彦的匪首，在这里自立为罗甸王，招兵买马，很快占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆军入黔平乱，秦良玉雷厉风行，很快就消灭了安邦彦集团，但在这场战争中，秦良玉的弟弟秦民屏战死了，秦良玉再一次遭受了痛失亲人的打击。

明天启七年，明熹宗驾崩，熹宗之弟朱由检继承皇位，史称明思宗，即崇祯皇帝。此时的后金，已经改国号为清。清兵趁朝廷改帝之机，由蒙古人作向导，从龙井关越过长城，直奔通州，京师形势十分急迫。明朝廷再次诏天下诸军镇边勤王。秦良玉接旨后，带领她的白杆兵，日夜兼程赶往京师，并拿出自己的全部家产作为军饷，以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。