这座宫殿之城令人森然的封闭、保守和死寂，对光绪的成长构成了不可挽回的伤害。虽然学习成绩良好，然而除了书本知识以外，人情世故，乃至支配帝国政治的潜规则，他的大脑中却完全是空白。亲政之后，经常接触他的大臣们发现，这个年轻皇帝缺乏基本的社会常识和应变能力。在复杂的晚清世事面前，他表现出令人吃惊的单纯、天真。

进入军事统帅状态的皇帝抑郁一扫而光。他仿照他的那些伟大祖先们的口气，雷厉风行地下达着一道又一道充斥着“决一死战”、“迎头痛击”等雄性词汇的作战方略。亲政以来，他终于能够亲自指挥帝国航船的航向，真正担负起国家的重任，怎么能不殚精竭虑、全力以赴。

然而，战争过程与他的想像大相径庭。清军与日军第一次交锋于朝鲜成欢驿，即遭惨败，不得不退守平壤。对此小挫，皇帝不以为意，胜败乃兵家常事。此战之后，他正式声明对日宣战，命对日本“迎头痛击，悉数歼除，毋得稍有退缩”（《清光绪朝中日交涉史料》）。然而，出乎他意料的是，在正式宣战之后，清军仍然一反他的指示，节节退缩，及至9月平壤之战，朝廷寄予厚望的李鸿章嫡系精兵又一次全面溃败，此后不到半个月，清军全部被赶过鸭绿江，日本不费吹灰之力就占领了全朝鲜。

皇帝大为震怒。他认为这无疑是李鸿章指挥不力的结果。这个老滑头显然缺乏战争的决心和勇气，所以他的部下才这样缺乏血性和忠勇。皇帝以李鸿章未能迅赴戎机，日久无功，拔去三眼花翎，交部严加议处。希望他“激发天良”，痛改前非，用心指挥。（《清德宗实录》）

然而谕旨还没有发到李鸿章处，1894年10月，日本军队突破由三万中国重兵把守的鸭绿江，排闼直入，兵锋直指沈阳。把守鸭绿江的是以敢战闻名的悍将宋庆，他的部下也是中国军队中装备最好、最精锐的部分，中国军人在鸭绿江防卫战中的表现也堪称勇敢顽强，然而在日军的强大火力面前仍然不堪一击。直到这时，皇帝才发现，问题不是清军不“敢于胜利”而是中国的军事实力和日本根本不在同一水平线上。

慌了神的皇帝如同站在大堤决口旁的指挥者，第一反应就是全力以赴地试图堵住缺口。圣旨雪片一样从京师飞来，每一道都口气急迫。皇帝要求将军们竭尽全力把日本人就地截住，不得让他们前进一步。

皇帝不知道，他这样指挥，正是犯了军法的大忌。日军侵入中国境内的那一刻，李鸿章明白了这场局部战争已经演变成一场决定国家生死存亡的命运之战。他给皇帝上了道长长的奏折，提出了“打持久战”的战略主张。他说，形势很明显，敌强我弱，日军利于速战速决，我军利于“持久拖延”。如果我们急于争锋，那么就会在阵地战中迅速消耗自己的力量。李鸿章是中国历史上“持久战”概念的首创者，这堪称对中国军事史的一个重大贡献。 （刘功成《李鸿章与甲午战争》）

然而皇帝却根本听不进李鸿章的建议。他最担心的是日本人接近北京，让他和太后再上演一次仓皇北逃的惨剧。他一日不停地把各地最优秀的军队调上前线。他催战甚急，对所有的前方将帅都不满意。他对他们的态度只有两种，一种是不断的指责，指责他们不负责任，“玩误”，“胆怯”，“无谋略。”另一种是恫吓，动不动就以“有畏葸玩延情弊，即按军律惩办”、“军法从事”、“决不宽贷”的圣旨相威胁。在他的不断催促下，中国最精锐的部队不断被送上锋线，不断被日军吞噬。

皇帝不懂海军作战规律，但是却屡屡瞎指挥。战争正式打响后，光绪皇帝听说日军军舰深入威海、旅顺海口活动，深怕日本海军进攻天津，并由天津威胁北京，遂下令命丁汝昌:“威海、大连湾、烟台、旅顺等处，为北洋要隘门户，海军各舰应在此数处来往梭巡，严行扼守，不得远离，勿令一船阑入，倘有疏虞，定将丁汝昌从重治罪。”（《清光绪朝中日交涉史料》）这道圣旨，导致北洋舰队从此放弃远巡，主动放弃了制海权，极大地束缚了北洋水师，使海军处于单纯防御，被动挨打的境地。

日军围攻威海，制定好了引诱北洋舰队驶出威海卫港，在外海歼灭的战略方针后，光绪皇帝似乎是为了配合日军作战，屡次电旨催逼剩下的几艘战舰，出海作战。只是由于丁汝昌坚决不同意，才没上日本人的圈套。