洪武十年之前，朱元璋前后一共杀害了三名功臣，他们是：淮安侯华云龙、德庆侯廖永忠、刘伯温。他们两个人的罪名都是违制。华云龙是因为“据元相脱脱第宅，僭用故元宫中物”得罪，《明史》上没有说明华云龙的死因，只是含糊的说他“未至京，道卒 ”，但是，也语焉不详的道出了一点细节－－“召（华云龙）还，命何文辉往代。”，何文辉是何许人也呢？只要看一下他的在明史的本传就知道了，这是一个和李文忠等人齐名的军事特务，是朱元璋的义子，长年负责代替朱元璋监临统军诸将的类似于后来的锦衣卫头子似的人物，以他这样的身份被派到北平显然是特别具有深意的。据谈迁考证，华云龙是被赐死的，死的也还算是体面，因为随后朱元璋让他的儿子华中接替了侯爵，功臣没有除爵，应该是洪武朝的“善终”。

德庆侯廖永忠是兄弟共同辅佐朱元璋，特别值得一提的是，廖永忠为朱元璋办了一件大事，那就是奉命凿沉小明王韩林儿的坐船，给朱元璋解除了后顾之忧，然而，朱元璋为了掩盖自己的真实意图，居然没有封给廖永忠上赏，当然，理由还是老一套，就是亲近儒生、窥测朕意等。曾几何时，廖永忠几乎杀身于鄱阳湖，朱元璋手书：“功超群将，智迈雄师”赐给廖永忠，而后平蜀，以永忠军功最高，呼之为“傅一廖二”（意为傅友德第一、廖永忠第二），洪武八年，永忠因“僭用龙凤诸不法事，赐死”，五年之后，儿子廖权才被允许袭爵，而廖永忠的孙子廖镛兄弟是方孝孺的弟子，后来奉命劝降方孝孺，不果被杀（理由居然是给方孝孺收尸）。

刘伯温和杨宪都是淮西集团的眼中钉，所以，刘伯温虽以大功，止封伯爵，而且，在洪武初年就致仕还乡了。按照朱元璋和刘伯温的次子刘璟的对话，刘伯温是死在胡惟庸的手中，但是，洪武八年，刘伯温死的时候，胡惟庸正是宠信正隆、如日中天，刘伯温之入京的原因按照明史的说法是胡惟庸离间朱元璋造成的，但是，明史作者同时比较晦涩的指出：“帝虽不罪基（刘伯温），然颇为所动，遂夺基禄。基惧入谢，乃留京，不敢归。”刘伯温活着的时候就被夺取爵位，处分显然相当严重，刘伯温佐命朱元璋，屡出奇谋，朱元璋当然不能不考虑他的存在的合理性和非合理性的比例。而刘伯温能够受之胡惟庸推荐的医生之药而不疑，自然是医生来的有背景。这点，刘伯温自己有过预见：“我欲为遗表，惟庸在，无益也。惟庸败后，上必思我，有所问，以是密奏之。”所以，刘伯温的后人见到朱元璋从来只提胡惟庸的毛病，一语不及朱元璋，联系到后来的徐达、李文忠的死因之蹊跷，得证刘伯温之死也应该不是胡惟庸这一层面人物能够下手解决的了的。

胡惟庸案

洪武十三年爆发诛杀宰相胡惟庸事件，随后大肆株连杀戮功臣宿将，此案牵连甚广。

洪武十三年（1380年）正月，丞相胡惟庸称其旧宅井里涌出醴泉，邀请明太祖朱元璋前来观赏。朱元璋欣然前往，走到西华门时，太监云奇紧拉住缰绳，急不能言，拼命指向胡家。朱元璋感觉事态严重，立即返回，登上宫城时，发现胡惟庸家上空尘土飞扬，墙道都藏有士兵。太祖大怒，以“枉法诬贤”﹑“蠹害政治”等罪名，当天处死胡惟庸、陈宁等。同时藉辞穷追其友好，包括开国第一功臣韩国公李善长等大批元勋宿将皆受株连，牵连致死者三万余人，史称胡惟庸案。胡惟庸案与蓝玉案合称胡蓝之狱，诛灭直到洪武二十五年。

洪武十八年（1385年），有人告发李存义与其子李佑，曾同胡惟庸谋逆。洪武十九年（1386年）明州卫指挥林贤通倭事发，经审讯得知，是受胡惟庸指使。李善长为了大兴土木，向信国公汤和借用卫卒三百名。汤和暗中向朱元璋报告。朱元璋颁敕李善长以“元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望怀两端，大逆不道”，其妻等七十馀人被杀。陆仲亨的家奴告发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，曾串通胡惟庸“共谋不轨”。宋濂的孙子宋慎亦受牵连被杀，宋濂本人贬死四川茅州。朱元璋特地颁布《昭示奸党录》。

晚明学者钱谦益说：“云奇之事，国史野史，一无可考。”《明史》说“惟庸既死，其反状犹未尽露”。胡惟庸被杀，朱元璋罢罢左右丞相，废除中书省，其事由六部分理，另设内阁供皇帝做为顾问。内阁大学士只有“票拟”，先送太监，再由太监上呈与皇帝。从此中国再无宰相一职。事实上，早在洪武十一年（1378年），朱元璋就命令以后臣下上奏书，不许“关白”中书省（大臣奏事时，中书省不必知道）。洪武十三年（1380年）废除丞相制度之举，只是不许“关白”中书省的延续，意思是大权独榄，集自古以来皇权、相权于一身，从此六部尚书直接对皇帝负责。