1860年6月，曾国藩奉命以兵部尚书衔署理两江总督。在决定驻守地时，他从展开的地图上一眼便看中了群山环绕的安徽祁门。他认为祁门东连浙江，南达江西，既可有效地节制两江属下的江西、江苏、安徽、浙江四省，周围又有天然大山屏蔽，是一个理想的军营驻扎之地。及至实地勘察，却发现情况并非如此。祁门地势形如釜底，仅一条官马大道、一条蜿蜒小径、一条极窄的小河与外界相通，如果这三条出路被切断，祁门便是一处兵家所称的绝地。曾国藩后悔不该匆匆作出驻扎祁门的决定，可奏折已上报朝廷，只有硬着头皮暂且住下。

幕僚们则纷纷劝说他及时离开祁门，另寻合适之地。正在这时，上谕已经到达，曾国藩认为随意更改决策会给自己的刚刚接任造成极其不利的负面影响，于是便一意孤行，没有采纳幕僚的建议，并对再三劝谏的李鸿章厉声斥责不已。

战事瞬息万变，不久，曾国藩的祁门大营便遭到了太平军威胁，两度陷入险境。1860年11月30日，李秀成部将刘官芳率大军攻入安徽黟县羊栈岭，离祁门大营仅60华里。而曾国藩身边只有3000士卒可用，他已写好遗嘱，准备随时战死疆场。幸而李秀成的目标并非进攻祁门大营，只是借道羊栈岭而已。

曾国藩署理两江总督后，同僚及部下都劝他放手大干，尽快进军东南，而他则坚持将进攻重点放在安庆。他认为只有拔掉安庆这颗“钉子”，才能以上制下，反客为主，掌握两军对垒的战争主动权，最终达到围攻天京（即南京），彻底消灭太平天国的目的。为了实现自己的战略构想，曾国藩紧紧围住安庆不放。太平军为解安庆之围，先是直接救援，结果被湘军击退，而后又施行“围魏救赵”的军事行动，陈玉成与李秀成同时进军湖北。即使在武昌危如累卵的情形下，曾国藩也不为之所动，不肯撤安庆之围增援。面对曾国藩如此坚韧而强劲的“定力”，尽管安庆城内的太平军将士苦苦坚守，洪秀全、李秀成、陈玉成等太平天国高层领导人也多次设法营救，但历经两年之久的安庆战役终以太平军的彻底失败而告结束。

安庆陷落，太平天国都城天京的最后一道坚固屏障被清除。千里长江门户洞开，曾国藩完全掌握了进攻太平天国的战略主动权，湘军挥师东下、围困天京、剿灭太平天国不过是迟早的事情罢了。

三

1861年8月21日，咸丰帝病逝，年仅6岁的载淳继承皇位。两宫皇太后与恭亲王奕訢联手发动宫廷政变，清除以肃顺为首的“赞襄政务大臣”集团。两宫垂帘听政后，慈禧一改咸丰帝慎用汉族将领的成规，上台仅12天，就任命曾国藩统辖苏、皖、赣、浙军务，四省所有巡抚、提督、总兵以下各官，均归其节制。两个月后，又加赏他协办大学士衔。

位居人臣之极，曾国藩惊喜之余，更多的是疑虑与担忧。“皎皎者易污，峣峣者易折。”身居高位，他没有半点自傲自大，反比过去更加勤勉谨慎，唯恐无意间招致祸患。他的担忧并非没有道理，当时就有不少权臣向慈禧进言:“楚军遍天下，曾国藩权太重，恐有尾大不掉之势。”

1864年7月19日，曾国藩率军攻入天京，失去控制的湘军士兵为报久困城下、死伤惨重之仇，他们逢人便杀，遇财就抢，见屋即烧。与清朝整整对峙长达11年之久的太平天国心脏之所在，就这样成为湘军的一处发泄之地。

天京陷落，也就意味着剿灭太平天国的目的业已实现，曾国藩的“事功”也由此而达至峰巅。本该扬眉吐气、高兴陶醉的他，却面临着一连串新的操持、疑惧、忧心、困惑与烦恼。

攻克天京，原以为清廷会加功封赏，而实际上曾国藩得到的却是接二连三的严责与警告。如果说口头的或书面的指责尚能忍受，那么军事上的防范之举，曾国藩是无论如何也不能接受的。就在湘军合围天京之时，清廷以种种借口调动其他军事力量，在长江中下游屯兵布防。清廷意图昭然若揭，针对的已不是太平军，而是对清王朝忠心耿耿的曾国藩了。一旦湘军轻举妄动，就会遭致其他清军围攻。不仅如此，清廷还暗中支持左宗棠的左系湘军脱离曾国藩，与其分庭抗礼，以收内部瓦解之功。