清廷最高当权者慈禧首先打击的对象是洋务派首领奕訢。辛酉政变后，慈禧因为要依靠奕訢，所以对他恩宠有加，但权欲极盛的慈禧绝不能容忍奕訢的显赫权势，当她的统治地位一旦巩固时便处心积虑地削弱奕訢的权力。同治四年（1865年），慈禧以“目无君上”、“暗使离间”等罪名，〔9 〕下诏革去其一切职务。虽然后来在许多王公大臣的请求下又恢复了他的总理衙门大臣、领班军机大臣等职务，但是取消了议政王的称号。同治十三年七月（1874年8月）， 同治由于奕訢不同意重修圆明园，震怒之下以“言语之间诸多失仪”为由，革去奕訢一切差使，交宗人府严议，后经慈禧出面加恩赏还。对于这次事件，奕訢心里自然清楚，虽然是同治出面对他的整治，但也是慈禧对他的又一次警告。经过这几次严重打击，春风得意、锐意进取的洋务派首领奕訢变得小心谨慎起来。慈禧与奕訢的斗争其实质是权力斗争，但是由于被打击的对象是洋务派的领袖人物，所以对洋务运动自然具有不利影响。同治十三年十二月，同治病死，光绪即位，慈禧重新垂帘听政。这次听政不同于上次，她的统治地位已经得到巩固，奕訢在日后行事上只有唯谨唯慎而已。直隶总督李鸿章乘赴京叩谒同治梓宫之机，晋见奕訢，“极陈铁路利益”，请先修筑清江至京师段，以便南北交通，希望得到奕訢的支持。奕訢虽然赞成李鸿章的意见，但却“谓天下无人敢主持”。由于得不到奕訢的支持，李鸿章也“从此遂绝口不谈矣”。〔10〕这次修铁路的动议只到奕訢那里便结束了。光绪十年（1884年），慈禧借国子监祭酒盛昱的一个折子，将奕訢等军机大臣全部罢黜。奕訢这次被慈禧彻底打倒，等到十年后再度出山，那时已是洋务运动的末期，况且那时的奕訢也暮气深沉，不可能有什么作为了。晚清最高权力层的斗争，直接影响了洋务运动的顺利开展。奕訢屡遭打击及至最后被罢免，使洋务运动缺少了强有力的统一领导。这样，洋务运动虽然进行了三十多年，但步子却始终迈得不大。

对于威胁自己权力的奕訢，慈禧可以创造条件将他罢官，对于那些握有一定权力的洋务派官僚，慈禧却创造不出罢免他们的条件，因为慈禧还得依靠他们才能维持自己的统治。如何遏止他们的权势？慈禧采用了“平衡术”的统治手法，即扶植一派牵制一派、支持一派压抑一派。其实，这种手段慈禧早就采用了。洋务派大规模引进西方近代先进的科学技术，引起了以大学士倭仁为首的顽固派的不满。慈禧就有意识地支持、纵容顽固派。洋务派每有一项新的举措，顽固派总要跳出来争斗一番，给洋务派设置障碍。众所周知的同文馆设天文算学馆的争论即为最典型的一例。慈禧还放纵清流派，借用他们的言论牵制洋务派。被奕訢、李鸿章推许为“第一流”洋务人才的郭嵩焘，出使英国归来后，在“清议”的攻击下，只得卸任返回湖南老家，他写的《使西纪程》也遭到诋毁，终至毁版。非但如此，慈禧还在洋务派之间搞平衡术。当年，曾国藩湘系集团势力过于强大，清廷就放任李鸿章淮系集团，使之与湘系集团抗衡。曾国藩死后，清廷又支持左宗棠集团来与迅速发展起来的淮系集团抗衡。左宗棠去世后，清廷又扶植张之洞。张之洞在两广总督任内练新式军队，办军事学堂，创办枪炮厂，开矿务局，移督湖广后又开办汉阳铁厂，设纺织四局，筹办芦汉铁路，成为后期洋务派首领，与李鸿章分庭抗礼，有“南张北李”之称。两江总督兼南洋大臣这个要职，从同治十三年起，清廷都任命湘系集团的刘坤一、沈葆桢、彭玉麟、左宗棠来担任，用意就在于牵制北洋淮系势力。清廷设海军衙门，以李鸿章为会办，同时又任命曾纪泽为帮办，也是为了防止淮系独揽海军大权。

清廷采用这种“平衡术”，实在是出于不得已而采用的统治手法，晚清内轻外重尾大不掉的政治形势使然。然而，这种统治策略的实施严重地影响了洋务运动的发展。这就是它使洋务派官僚各立门户，办洋务畛域分明，各行其事，互不相关，甚而至于相互指摘，攻讦拆台。全国洋务运动虽然声势颇大，但是由于政治斗争的影响，在中央没有形成一个强有力的领导，始终没有一个统一的规划、全盘的安排，办海军建海防，是在中央统一部署下进行的，但在实际建设中也是南洋、北洋、福建水师各行其事，没有形成统一的全国性的近代化海防体系，以至在反侵略战争中被各个击破。其他练兵、办企业、兴学堂、遣留学，大抵也都是各洋务派官僚根据自己的需要而进行的。在这种情况下办洋务，洋务运动的成效可想而知。

从上述的粗略考察可以看出，洋务运动的兴起及其过程与晚清政局密不可分。“辛酉政变”使清政府从封闭中走出来，有利于洋务运动的迅速兴起和发展。但是，晚清内轻外重的政治局势决定了清廷进行洋务运动只能依靠掌握一定实权的地方洋务派官僚，最高权力层的不断争斗，从而导致在中央始终未形成强有力的指导全国洋务运动的领导核心，加之清廷在各大小派系集团中实施“平衡术”统治策略，使各洋务派集团在办洋务的过程中各立门户，畛域互见，难以形成统一步调，遂使洋务运动倍受制约，发展缓慢。