岭南时期

1948年底，任教广州岭南大学。1952年院系调整，岭南大学并入中山大学，自此一直担任中山大学教授，为历史系、中文系讲授两晋南北朝史、唐史、唐代乐府等三门课程。1960年7月被聘任为中国中央文史研究馆副馆长。1954年，陈寅恪写成《论〈再生缘〉》，油印稿由章士钊带到香港，辗转由香港友联出版社出版，一时轰动海外，议论纷纭，引起北京方面的注意。有关方面与郭沫若、周扬、齐燕铭等人交换意见后，决定在内地出版陈着和郭亲自校订的十七卷本《再生缘》，以回应海外议论。然而，由于这部乾隆年间的虚构作品语涉“征东”，在上世纪60年代初的特殊国际环境下，周恩来、康生出面中止了对《再生缘》的讨论，陈着与郭氏校订本也被搁置起来。胡乔木拜访陈寅恪时，陈氏因言：“盖棺有期，出版无日。”即指此事。[12][13]

文革时期

国务院副总理，时人称为“南霸天”的陶铸敬重陈寅恪的学识和人品，1957年亲自关心陈寅恪的眼疾。1962年，陈寅恪滑倒於浴盆内，右腿折断，陶铸派三名护士轮班照顾，助手爲黄萱。中国文化大革命时，陶铸被江青打倒，陈寅恪同时遭到迫害，红卫兵冻结寅恪夫妇工资，多次写书面检查交待，声明：“我生平没有办过不利於人民的事情。我教书四十年，只是专心教书和着作，从未实际办过事。”珍藏多年的大量书籍、诗文稿，多被洗劫，有诗云：“涕泣对牛衣，卌载都成断肠史；废残难豹隐，九泉稍待眼枯人。”。刘节代替寅恪受批斗[14]。1969年10月7日在广州因心力衰竭且骤发肠梗阻麻痹逝世。蒋天枢《陈寅恪先生编年事辑》卷下，“己酉年一九六九先生八十岁”条目载：“……旧历五月十七日，先生八十诞辰。……阳历十月七日（依陈垣《二十史朔闰表》推算，为旧历己酉年八月二十六日乙卯）晨五时半，先生逝世。……。”。次月21日，唐篔亦逝[15]。

学说

陈寅恪开创以诗证史、以史解诗的学术方法[16]，很明显是继承了钱谦益“以诗证史”的方法，陈寅恪曾言：“对古人之学说，应具了解之同情，方可下笔”[17]。例如在《元白诗笺证稿》一书中提出白居易以「七月七日长生殿」为寝殿之误[18]，「长生殿」前身是祀神之「集灵殿」，「唐代宫中长生殿虽为寝殿，独华清宫之长生殿为祀神之斋宫」[19]。

不古不今之学

陈寅恪曾自言：「平生为不古不今之学，思想囿於咸丰、同治之世，议论近乎湘乡、南皮之间。」对於「不古不今」之义，历史学家有不同的说法，在中国有罗志田、桑兵；在台湾，除了汪荣祖着有《史家陈寅恪》专书以外黄清连、王震邦及逯耀东等亦有专文对此进行探究。而「不古不今」含义至今仍尚有分歧，兹举数家之言如下：

依汪荣祖的说法「不古不今」为中古史，因陈寅恪本身也是以中古史见长，亦曾言：「喜谈中古以降民族文化之史。」因此，此说得到多数认同。逯耀东则进一步认为「不古不今」系指经学而言，即超越今古文经学，专治乙部之学(按：乙部为古代图书分类之史书)，故可作两方面探讨，初为乙部之书，进为专指魏晋隋唐之史。而桑兵认为「不古不今」并非由字面上来解释，应从其时代背景做观察，「不古不今」为「不新不旧」之意，引申为治史不拘泥於古亦不疑古。但是根据钱宾四教授的想法，首开今古之争的两汉经学，就不存在实质的今古差异，仅是虚拟的差异。

然而王震邦认为若欲探究其本源，应回归冯友兰《中国哲学史》中，冯书内提及「旧瓶新酒说」，即新思想出现时，若新酒之量不极多旧瓶仍可容纳，但若环境大变，旧瓶不能纳时，应破旧瓶而立新瓶。而「不古不今」是陈寅恪对「旧瓶新酒说」变体，即「中体（旧酒，为内为本）西（新瓶，为外为末）用」。

陈先生身为一文史名家，不仅在治史上有卓越贡献，在相当早的时候就提出与乾嘉学派治学风气不同意见，他认为若是要了解诗词典故的深意，除找出古典(第一出处)之外，还要找出作者当时的今事，这样才能古今融为一体，这种古典今典共鸣的新传记批评，实际上已经超越中国历来诗词评论的窠臼，乃陈先生晚年着作与早期着作的会通处，也就是陈先生的心史所在。

治学理念

陈寅恪一生治学秉持“独立之精神，自由之思想”[24]。1953年已决定其为中国科学院历史研究所第二所所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公（毛泽东）是政治上的最高当局，刘公（刘少奇）是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。[25]”遂不能就任。仍任教于中山大学。此事於20世纪80年代方公之于世。